PDB-5hxl: Structure based function annotation of a hypothetical protein MGG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hxl

タイトル

Structure based function annotation of a hypothetical protein MGG_01005 related to the development of rice blast fungus

要素

dynein light chain Tctex-1

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / dynein light chain Tctex-1

機能・相同性

Dynein light chain Tctex-1 like / Tctex-1-like superfamily / Tctex-1 family / cytoplasmic dynein complex / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / cytoplasm / Tctex-1 family protein

機能・相同性情報

生物種

Magnaporthe oryzae (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Liu, J. / Huang, J. / Li, G. / Peng, Y.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structure based function-annotation of hypothetical protein MGG_01005 from Magnaporthe oryzae reveals it is the dynein light chain orthologue of dynlt1/3.
著者: Li, G. / Huang, J. / Yang, J. / He, D. / Wang, C. / Qi, X. / Taylor, I.A. / Liu, J. / Peng, Y.L.

履歴

登録	2016年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hxl.cif.gz	65.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hxl.ent.gz	47.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hxl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hxl_validation.pdf.gz	421.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hxl_full_validation.pdf.gz	422 KB	表示
XML形式データ	5hxl_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	5hxl_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/5hxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/5hxl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hycC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2yv7-d 5vbr-d 5vb6-d 6r7w-d 5dcx-7 5jsb-5 6op8-d 6tjm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dynein light chain Tctex-1

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: dynein light chain Tctex-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.640, 72.640, 46.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-230- HOH
2	1	A-234- HOH

#1: タンパク質	dynein light chain Tctex-1 分子量: 16854.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnaporthe oryzae (strain 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958) (菌類) 株: 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958 / 遺伝子: MGG_01005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4NCW2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8M ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→46.5 Å / Num. obs: 10166 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8.5 % / Net I/σ(I): 17.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.97→46.5 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.58

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2074	1019	10.02 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.1755	10166	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→46.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	952	0	0	54	1006

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	987
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	1344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.534	345
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	173

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9705-2.0744	0.2374	140	0.1834	1205	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0744-2.2043	0.1982	145	0.1651	1279	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2043-2.3745	0.2272	143	0.1675	1304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3745-2.6135	0.2169	147	0.1729	1313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6135-2.9916	0.1911	146	0.1744	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9916-3.7688	0.2121	150	0.1637	1335	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7688-46.5431	0.1974	148	0.1771	1399	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5914	0.1135	-2.5911	2.6085	0.547	3.1793	0.3181	-0.046	0.474	0.0596	0.2956	-0.5981	0.3086	0.3798	-0.5313	0.2858	0.0497	-0.0159	0.2567	0.0118	0.2473	16.8531	113.5901	53.5322
2	1.9094	-0.2622	-0.9095	6.6024	3.1051	3.7367	-0.1245	-0.1057	-0.4531	1.1417	0.1631	0.0092	0.5995	0.2376	-0.038	0.2543	0.0299	-0.0332	0.1716	0.0193	0.1932	10.7181	94.9521	61.665
3	4.1182	-3.6137	-2.7255	4.8066	4.7957	5.3311	-0.0951	0.0294	-0.2054	-0.0881	-0.0683	0.4688	0.0353	-0.0971	0.1843	0.1509	-0.0096	-0.0128	0.1388	0.0394	0.1289	3.5514	97.094	55.6327
4	4.017	-4.7108	2.1307	6.0247	-2.8327	1.5014	-1.0089	-0.8321	-0.0954	1.205	0.8934	0.1551	0.2562	-0.5564	0.0268	0.3405	0.0798	0.0527	0.2753	-0.0244	0.32	-2.8717	120.5144	60.3696
5	2.3001	-2.8438	0.6066	5.6701	-0.638	0.1637	0.1756	0.0771	-0.0803	-0.163	-0.1657	-0.6129	0.0937	0.0574	-0.03	0.142	0.0046	0.0413	0.123	-0.0028	0.1907	9.1048	102.7918	51.3263
6	1.0978	1.1683	-0.7184	3.1924	-3.4145	4.0715	0.0962	-0.2258	-1.1138	0.0977	-0.0323	0.1513	0.4265	0.0509	-0.1068	0.1873	-0.0058	-0.0963	0.205	0.0409	0.4726	21.3754	99.5808	47.2267
7	3.0943	-0.8526	0.6025	2.928	3.938	6.6807	-0.0462	-0.141	0.1859	0.1174	0.0702	0.1334	-0.4978	0.1684	-0.094	0.2173	-0.0142	0.0706	0.1351	-0.0118	0.1818	13.0434	120.6913	47.9552
8	4.9892	-1.1167	1.7518	4.2497	-4.9901	6.2881	0.0404	-0.0082	-0.36	0.2099	-0.1054	-0.9507	0.3079	0.2693	0.05	0.2023	0.0297	-0.0065	0.1296	-0.0063	0.1267	15.8476	103.9747	56.6231
9	5.7741	-0.5227	-1.0212	1.7005	1.8249	6.1126	-0.6774	-1.5468	-0.29	1.661	0.2322	-2.0941	0.8236	1.4799	0.3762	0.6704	0.0747	-0.1927	0.5335	0.1328	0.9925	19.9165	87.1744	60.2121
10	3.516	-3.2776	1.3843	5.0705	-3.1209	2.7808	0.1603	0.1194	-0.4345	-0.1499	-0.1852	0.0669	-0.003	0.0635	0.0256	0.1254	-0.027	-0.0076	0.1536	-0.0299	0.1741	11.4227	105.8105	52.9298

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 33 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 66 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 67 through 77 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 78 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 121 through 127 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 128 through 134 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 135 through 141 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 142 through 153 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)