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- PDB-5hxk: Structure of TTHA1265 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hxk
タイトルStructure of TTHA1265
要素Zinc-dependent peptidase
キーワードHYDROLASE / TTHA1265 / protease / complex
機能・相同性: / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / metal ion binding / Zinc-dependent peptidase
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, W.W. / Ran, T.T. / Xu, D.Q. / Wang, M.T.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31170686 中国
National Natural Science Foundation of China31400055 中国
National Natural Science Foundation of China31100028 中国
the Natural Science Foundation of Jiangsu ProvinceBK20140690 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of TTHA1264-1265 complex
著者: Ran, T.T. / Wang, W.W. / Xu, D.Q. / Wang, M.T.
履歴
登録2016年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc-dependent peptidase
B: Zinc-dependent peptidase
C: Zinc-dependent peptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,2783
ポリマ－138,2783
非ポリマー00
水12,791710
1
A: Zinc-dependent peptidase

A: Zinc-dependent peptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1852
ポリマ－92,1852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area5260 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area32210 Å2
手法PISA
2
B: Zinc-dependent peptidase
C: Zinc-dependent peptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1852
ポリマ－92,1852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5040 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area31550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.544, 116.544, 165.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-662-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Zinc-dependent peptidase


分子量: 46092.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1265 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SIU9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.65 % / 解説: rod
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 10000, Ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 88245 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.661 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 4285 4.86 %
Rwork0.187 --
obs0.1889 88190 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.661 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9279 0 0 710 9989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93212849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9285775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02270.28061350.27352749X-RAY DIFFRACTION100
2.0227-2.04650.3131500.26792795X-RAY DIFFRACTION100
2.0465-2.07140.28681420.25222754X-RAY DIFFRACTION100
2.0714-2.09760.30771280.2452750X-RAY DIFFRACTION100
2.0976-2.12520.23611320.22692797X-RAY DIFFRACTION100
2.1252-2.15420.25621330.22752769X-RAY DIFFRACTION100
2.1542-2.1850.27671330.22912770X-RAY DIFFRACTION100
2.185-2.21760.29211500.2252764X-RAY DIFFRACTION100
2.2176-2.25220.31211220.25492804X-RAY DIFFRACTION100
2.2522-2.2890.28361420.23512777X-RAY DIFFRACTION100
2.289-2.32840.27241470.21072775X-RAY DIFFRACTION100
2.3284-2.37070.25051620.20172745X-RAY DIFFRACTION100
2.3707-2.41620.25251360.1992776X-RAY DIFFRACTION100
2.4162-2.46550.24681660.19462779X-RAY DIFFRACTION100
2.4655-2.5190.24361640.19332720X-RAY DIFFRACTION100
2.519-2.57740.24781510.19112790X-RAY DIFFRACTION100
2.5774-2.64170.26821220.1982811X-RAY DIFFRACTION100
2.6417-2.7130.24741490.18682782X-RAY DIFFRACTION100
2.713-2.79260.24711150.19082796X-RAY DIFFRACTION100
2.7926-2.88250.27221380.19362811X-RAY DIFFRACTION100
2.8825-2.98520.22891510.19082801X-RAY DIFFRACTION100
2.9852-3.10420.19821470.18412771X-RAY DIFFRACTION100
3.1042-3.24490.22631400.18442808X-RAY DIFFRACTION100
3.2449-3.41520.2381250.18092831X-RAY DIFFRACTION100
3.4152-3.62790.19331340.16892843X-RAY DIFFRACTION100
3.6279-3.9060.17581510.15932814X-RAY DIFFRACTION100
3.906-4.29540.17721460.14942833X-RAY DIFFRACTION100
4.2954-4.90840.18121700.14732825X-RAY DIFFRACTION100
4.9084-6.15250.20741490.16982892X-RAY DIFFRACTION100
6.1525-100.17141550.15712973X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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