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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hxa
タイトルCrystal structure of an UDP-forming alpha, alpha-terhalose-phosphate synthase from Burkholderia xenovorans
要素Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
キーワードPROTEIN BINDING / SSGCID / Burkholderia / UDP / UDP-forming / alpha / alpha-trehalose-phosphate synthase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / trehalose biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase / Glycosyl transferase, family 20 / Glycosyltransferase family 20 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trehalose-6-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an UDP-forming alpha, alpha-terhalose-phosphate synthase from Burkholderia xenovorans
著者: Mayclin, S.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,15014
ポリマ－54,3911
非ポリマー75913
水7,746430
1
A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子

A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,29928
ポリマ－108,7822
非ポリマー1,51826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area6690 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area35250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.180, 171.180, 95.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-891-

HOH

21A-959-

HOH

31A-1023-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / Osmoregulatory trehalose synthesis protein A / Trehalose-6-phosphate synthase


分子量: 54390.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_A3374 / プラスミド: BrovA.00010.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q142X8, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MCSG1 A8 (267517a8): 100mM Tris:HCl pH7.0, 20% (w/v) PEG2000MME, 3mM UDP-glucose, 3mM glucose-6-phosphate, protein conc. 20mg/mL, 20% ethylene glycol cryoprotectant, puck hnk1-2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. obs: 55408 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18.26
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 4.52 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WTX

2wtx


解像度: 2→48.28 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 1958 3.54 %Random selection
Rwork0.157 ---
obs0.158 55377 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3506 0 48 430 3984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7665056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5392248
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006668
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.21221380.18363759X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10550.19741460.173778X-RAY DIFFRACTION100
2.1055-2.16740.22261390.16413783X-RAY DIFFRACTION100
2.1674-2.23740.18441350.15473762X-RAY DIFFRACTION100
2.2374-2.31730.18971440.16123799X-RAY DIFFRACTION100
2.3173-2.41010.22391480.16223784X-RAY DIFFRACTION100
2.4101-2.51980.20081450.16723795X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-2.65260.21121450.16293793X-RAY DIFFRACTION100
2.6526-2.81880.19971240.17143832X-RAY DIFFRACTION100
2.8188-3.03640.19781270.17393838X-RAY DIFFRACTION100
3.0364-3.34190.1961470.16463837X-RAY DIFFRACTION100
3.3419-3.82530.16711350.14193855X-RAY DIFFRACTION99
3.8253-4.81880.16251350.1273862X-RAY DIFFRACTION98
4.8188-48.29620.15951500.16323942X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.91581.1433-1.13936.56620.99849.1970.0030.62430.2574-0.7144-0.19230.1298-0.1175-0.33250.17310.2070.0788-0.09040.33340.03270.264957.4898-31.0189-17.7157
20.54060.2322-0.23090.8101-0.14221.4223-0.04180.00670.077-0.0155-0.04370.194-0.1058-0.37340.05040.15190.0169-0.05510.194-0.03180.222566.097-28.967-6.6623
31.21780.32910.29793.1380.03211.35480.0459-0.02150.02330.0834-0.07830.1404-0.0538-0.13940.03050.1790.0329-0.00450.11520.00340.129384.74-14.4482-22.1933
41.0385-0.0761-0.92440.0901-0.1791.79-0.12610.2004-0.1726-0.19570.0419-0.03370.1966-0.2090.10240.24180.0281-0.05450.0983-0.01610.20780.3492-32.0923-25.0566
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 9 THROUGH 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 44 THROUGH 260 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 261 THROUGH 414 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 415 THROUGH 465 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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