[日本語] English
万見
- PDB-5hx6: Crystal structure of RIP1 kinase with a benzo[b][1,4]oxazepin-4-one -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hx6
タイトルCrystal structure of RIP1 kinase with a benzo[b][1,4]oxazepin-4-one
要素Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / inhibitor complex / non-hinge binding / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ATP:ADP antiporter activity / ripoptosome assembly / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of miRNA processing / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death ...regulation of ATP:ADP antiporter activity / ripoptosome assembly / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of miRNA processing / ripoptosome assembly involved in necroptotic process / death domain binding / ripoptosome / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / programmed necrotic cell death / TNF signaling / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / T cell apoptotic process / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / positive regulation of macrophage differentiation / necroptotic signaling pathway / JUN kinase kinase kinase activity / peptidyl-serine autophosphorylation / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of necroptotic process / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / death-inducing signaling complex / negative regulation of necroptotic process / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of programmed cell death / TRP channels / positive regulation of programmed necrotic cell death / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of execution phase of apoptosis / necroptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to tumor necrosis factor / signaling adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of JNK cascade / protein catabolic process / Regulation of necroptotic cell death / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of neuron apoptotic process / Ovarian tumor domain proteases / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / response to oxidative stress / amyloid fibril formation / Potential therapeutics for SARS / protein autophosphorylation / receptor complex / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / Ub-specific processing proteases / protein kinase activity / intracellular signal transduction / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...RIP1, Death domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-65U / Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Campobasso, N. / Ward, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: DNA-Encoded Library Screening Identifies Benzo[b][1,4]oxazepin-4-ones as Highly Potent and Monoselective Receptor Interacting Protein 1 Kinase Inhibitors.
著者: Harris, P.A. / King, B.W. / Bandyopadhyay, D. / Berger, S.B. / Campobasso, N. / Capriotti, C.A. / Cox, J.A. / Dare, L. / Dong, X. / Finger, J.N. / Grady, L.C. / Hoffman, S.J. / Jeong, J.U. / ...著者: Harris, P.A. / King, B.W. / Bandyopadhyay, D. / Berger, S.B. / Campobasso, N. / Capriotti, C.A. / Cox, J.A. / Dare, L. / Dong, X. / Finger, J.N. / Grady, L.C. / Hoffman, S.J. / Jeong, J.U. / Kang, J. / Kasparcova, V. / Lakdawala, A.S. / Lehr, R. / McNulty, D.E. / Nagilla, R. / Ouellette, M.T. / Pao, C.S. / Rendina, A.R. / Schaeffer, M.C. / Summerfield, J.D. / Swift, B.A. / Totoritis, R.D. / Ward, P. / Zhang, A. / Zhang, D. / Marquis, R.W. / Bertin, J. / Gough, P.J.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9494
ポリマ－69,1942
非ポリマー7552
水52229
1
A: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9742
ポリマ－34,5971
非ポリマー3771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9742
ポリマ－34,5971
非ポリマー3771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.600, 101.350, 131.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1 / Cell death protein RIP / Receptor-interacting protein 1 / RIP-1 / Serine/threonine-protein kinase RIP


分子量: 34596.891 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-294 / 変異: C34A,C127A,C233A, C240A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RIPK1, RIP, RIP1
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q13546, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-65U / 5-benzyl-N-[(3S)-5-methyl-4-oxo-2,3,4,5-tetrahydro-1,5-benzoxazepin-3-yl]-1,2-oxazole-3-carboxamide / N-(2,3,4,5-テトラヒドロ-4-オキソ-5-メチル-1,5-ベンゾオキサゼピン-3α-イル)-5-ベンジルイソ(以下略)


分子量: 377.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H19N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.84 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Well solution 26 % PEG 4K, 0.1 M HEPES pH 7.5; co-crystallized with NEC-4 and cmpd 8 back soaked into crystals at 5mM concentration Cryo was transfer 6 % to 25 % glycerol added to well solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→131 Å / Num. obs: 28389 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 43.53 Å2 / Net I/σ(I): 15.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.23→80.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.265 / SU Rfree Blow DPI: 0.209
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2476 1426 5.05 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.2015 28249 99.07 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.6012 Å20 Å20 Å2
2--1.2232 Å20 Å2
3----7.8244 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→80.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8233 0 56 29 8318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018416HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0615270HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1850SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes95HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1204HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8416HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion554SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9024SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.31 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2482 149 5.11 %
Rwork0.2073 2769 -
all0.2095 2918 -
obs--99.07 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る