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万見
- PDB-5hx2: In vitro assembled star-shaped hubless T4 baseplate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hx2
タイトルIn vitro assembled star-shaped hubless T4 baseplate
要素
  • Baseplate wedge protein gp10
  • Baseplate wedge protein gp53
  • Baseplate wedge protein gp6
  • Baseplate wedge protein gp7
  • Baseplate wedge protein gp8
キーワードVIRAL PROTEIN / T4 / baseplate / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / viral tail assembly / viral release from host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #200 / baseplate structural protein gp8, domain 2 / baseplate structural protein gp8, domain 2 / baseplate structural protein gp8, domain 1 / baseplate structural protein gp8, domain 1 / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #200 / baseplate structural protein gp8, domain 2 / baseplate structural protein gp8, domain 2 / baseplate structural protein gp8, domain 1 / baseplate structural protein gp8, domain 1 / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain / Baseplate wedge protein gp7, domain VI / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp6 / : / : / : / : / : / : / Baseplate wedge protein gp6-like, helical domain / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain I / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain II / Baseplate wedge protein gp6, domain II / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain III / Baseplate wedge protein gp10 domain 3 / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / : / Baseplate structural protein Gp10, C-terminal domain / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Beta Complex / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp53 / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge protein gp7 / Baseplate wedge protein gp8
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Yap, M.L. / Klose, T. / Fokine, A. / Rossmann, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081726 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Role of bacteriophage T4 baseplate in regulating assembly and infection.
著者: Moh Lan Yap / Thomas Klose / Fumio Arisaka / Jeffrey A Speir / David Veesler / Andrei Fokine / Michael G Rossmann /
要旨: Bacteriophage T4 consists of a head for protecting its genome and a sheathed tail for inserting its genome into a host. The tail terminates with a multiprotein baseplate that changes its conformation ...Bacteriophage T4 consists of a head for protecting its genome and a sheathed tail for inserting its genome into a host. The tail terminates with a multiprotein baseplate that changes its conformation from a "high-energy" dome-shaped to a "low-energy" star-shaped structure during infection. Although these two structures represent different minima in the total energy landscape of the baseplate assembly, as the dome-shaped structure readily changes to the star-shaped structure when the virus infects a host bacterium, the dome-shaped structure must have more energy than the star-shaped structure. Here we describe the electron microscopy structure of a 3.3-MDa in vitro-assembled star-shaped baseplate with a resolution of 3.8 Å. This structure, together with other genetic and structural data, shows why the high-energy baseplate is formed in the presence of the central hub and how the baseplate changes to the low-energy structure, via two steps during infection. Thus, the presence of the central hub is required to initiate the assembly of metastable, high-energy structures. If the high-energy structure is formed and stabilized faster than the low-energy structure, there will be insufficient components to assemble the low-energy structure.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22016年3月23日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_software.details / _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 1.72024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8064
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8064
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baseplate wedge protein gp7
B: Baseplate wedge protein gp8
C: Baseplate wedge protein gp8
D: Baseplate wedge protein gp6
E: Baseplate wedge protein gp6
F: Baseplate wedge protein gp53
G: Baseplate wedge protein gp10
H: Baseplate wedge protein gp10
I: Baseplate wedge protein gp10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)566,2419
ポリマ－566,2419
非ポリマー00
水00
1
A: Baseplate wedge protein gp7
B: Baseplate wedge protein gp8
C: Baseplate wedge protein gp8
D: Baseplate wedge protein gp6
E: Baseplate wedge protein gp6
F: Baseplate wedge protein gp53
G: Baseplate wedge protein gp10
H: Baseplate wedge protein gp10
I: Baseplate wedge protein gp10
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,397,44654
ポリマ－3,397,44654
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C6 (6回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Baseplate wedge protein gp7 / Gene product 7 / gp7


分子量: 119336.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 7 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19061
#2: タンパク質 Baseplate wedge protein gp8 / Gene product 8 / gp8


分子量: 38041.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 8 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19062
#3: タンパク質 Baseplate wedge protein gp6 / Gene product 6 / gp6


分子量: 74492.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 6 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19060
#4: タンパク質 Baseplate wedge protein gp53 / Gene product 53 / gp53


分子量: 22990.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 53 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P16011
#5: タンパク質 Baseplate wedge protein gp10 / Gene product 10 / gp10


分子量: 66281.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 10 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10928

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: In vitro assembled hubless T4 baseplate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 3.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET29
緩衝液pH: 8
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 400-mesh copper CF-1.2/1.3-4C / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: CF-1.2/1.3-4C
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 詳細: Plunged into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 38168 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Calibrated defocus min: 400 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3740 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7.6 sec. / 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1725
画像スキャン横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 38 / 利用したフレーム数/画像: 3-38

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN2.1粒子像選択
2Leginon3.1画像取得
4CTFFIND3CTF補正
7Coot0.8.1モデルフィッティング
9RELION1.3初期オイラー角割当
10jspr最終オイラー角割当
11RELION1.3分類
12jspr３次元再構成
19PHENIX1.10.1モデル精密化PHENIX.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 69920
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45607 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13H2T

3h2t

13H2T1PDBexperimental model
21N80

1n80

11N802PDBexperimental model
32FKK

2fkk

12FKK3PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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