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- PDB-5hwu: Crystal Structure of DR2231_E46A mutant in complex with dUMPNPP a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hwu
タイトルCrystal Structure of DR2231_E46A mutant in complex with dUMPNPP and Manganese
要素DR2231
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha helix (Αヘリックス)
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside triphosphate diphosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
putative ntp pyrophosphohydrolase like fold / putative ntp pyrophosphohydrolase like domain / NTP pyrophosphohydrolase-like domain superfamily / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase-like / Phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / : / HAD superfamily Cof-like phosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Mota, C.S. / Goncalves, A.M.D. / de Sanctis, D.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e tecnologiaSFRH/BEST/51724/2011 ポルトガル
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: Deinococcus radiodurans DR2231 is a two-metal-ion mechanism hydrolase with exclusive activity on dUTP.
著者: Mota, C.S. / Goncalves, A.M. / de Sanctis, D.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / entity / struct
Item: _audit_author.name / _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DR2231
B: DR2231
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6747
ポリマ－29,9502
非ポリマー7245
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area12370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.263, 78.014, 141.958
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-339-

HOH

21A-355-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DR2231


分子量: 14974.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
遺伝子: DR_2231 / プラスミド: pET151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RS96
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 % / Mosaicity: 0.37 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: Lithium Acetate, PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.521 Å / Num. obs: 17331 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.85 Å2 / Rsym value: 0.104 / Net I/av σ(I): 7.13 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.213.50.6361.21100
2.21-2.353.50.4311.8199.9
2.35-2.513.50.3172.5199.8
2.51-2.713.50.2443.2199.9
2.71-2.973.50.1555.1199.9
2.97-3.323.50.0978.11100
3.32-3.833.40.05812.9199.6
3.83-4.73.30.04216.9199.6
4.7-6.643.30.04216.3199.3
6.64-41.5213.20.02522.4198.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 2YFC

2yfc


解像度: 2.1→41.521 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 24.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 1640 5.04 %
Rwork0.201 --
obs0.2033 17302 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.27 Å2 / Biso mean: 32.5731 Å2 / Biso min: 13.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→41.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2050 0 37 156 2243
Biso mean--24.13 38.82 -
残基数----268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072146
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8672901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.103805
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.16180.28421270.267425852712100
2.1618-2.23160.35611350.260626192754100
2.2316-2.31130.2991290.245825562685100
2.3113-2.40390.25771660.23082551271799
2.4039-2.51320.32011390.214125612700100
2.5132-2.64570.26871550.220425722727100
2.6457-2.81150.27451210.206225812702100
2.8115-3.02850.27381640.193825632727100
3.0285-3.33310.24361310.18912604273599
3.3331-3.81510.20471580.16772529268799
3.8151-4.80550.1715920.16882619271199
4.8055-41.52940.23831230.2062569269299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1397-0.1244-0.0660.28290.12960.274-0.0384-0.5847-0.20970.1756-0.02720.24550.1224-0.1164-0.00050.27980.01750.03750.3812-0.00830.26870.901110.7315-8.6664
21.686-0.0581-0.57870.64470.09160.7187-0.0239-0.17330.10290.01210.0428-0.0235-0.0640.01320.06950.1977-0.01540.01480.1378-0.03680.200312.017917.8352-20.628
30.7559-0.98740.37931.76-0.36590.2743-0.09120.5421-0.2718-0.099-0.0894-0.39130.5038-0.346-0.21920.2865-0.03240.04010.2958-0.08480.245918.65965.8243-38.1634
41.1235-1.41090.91311.9821-1.12970.7668-0.50510.3136-0.88160.07930.32920.47810.0202-0.51850.36450.3567-0.12960.1260.2855-0.14060.4635-0.3976-1.2472-25.3652
50.3493-0.2445-0.46430.22470.23390.8746-0.1575-0.2326-0.10110.12860.1247-0.07640.22390.42140.03060.24640.01150.02070.2016-0.00410.2223.41476.3945-21.548
60.705-0.2677-0.1820.04370.19380.6066-0.08760.6365-0.024-0.02470.00050.0066-0.0713-0.2234-0.01120.20010.0069-0.00060.1881-0.00160.18946.576217.572-29.6128
70.6945-0.4619-0.47610.49460.00890.6849-0.0517-0.0845-0.00570.0283-0.00250.04670.0475-0.035-0.00140.1756-0.00890.00660.1996-0.04040.15348.865312.9093-17.9668
80.16720.0383-0.05370.15440.0520.53530.0736-0.7010.21060.0736-0.0311-0.0157-0.32070.62-0.73130.3815-0.0450.0190.625-0.19390.360419.587422.2202-4.1373
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 33 )A7 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 34 through 112 )A34 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 113 through 127 )A113 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 128 through 144 )A128 - 144
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 33 )B7 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 34 through 63 )B34 - 63
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 112 )B64 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 113 through 144 )B113 - 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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