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- PDB-5hwm: Crystal structure of keto-deoxy-D-galactarate dehydratase complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hwm
タイトルCrystal structure of keto-deoxy-D-galactarate dehydratase complexed with 2-oxoadipic acid
要素Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
キーワードLYASE / decarboxylating / dehydratase / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase / 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity
類似検索 - 分子機能
5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / 2-OXOADIPIC ACID / Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.097 Å
データ登録者Taberman, H. / Parkkinen, T. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Structure and function of a decarboxylating Agrobacterium tumefaciens keto-deoxy-d-galactarate dehydratase.
著者: Taberman, H. / Andberg, M. / Parkkinen, T. / Janis, J. / Penttila, M. / Hakulinen, N. / Koivula, A. / Rouvinen, J.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
B: Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
C: Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
D: Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,98210
ポリマ－134,2494
非ポリマー7336
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10340 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area39250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.520, 119.030, 74.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Probable 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase / 5-keto-4-deoxy-glucarate dehydratase / KDGDH


分子量: 33562.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
遺伝子: Atu3140, AGR_L_3338 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8UB77, 5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-OOG / 2-OXOADIPIC ACID / 2-オキソアジピン酸


分子量: 160.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O5
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: BiCINE, sodium formate, PEG MME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月12日
放射モノクロメーター: SINGLE BOUNCE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.9 Å / Num. obs: 76785 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1803精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.097→47.883 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2782 3838 5 %Random selection
Rwork0.1987 ---
obs0.2027 76762 96.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.097→47.883 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9144 0 46 448 9638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0159649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50913074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2343520
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0965-2.1230.46031330.3572538X-RAY DIFFRACTION89
2.123-2.1510.39221400.33792648X-RAY DIFFRACTION96
2.151-2.18050.40431420.30852707X-RAY DIFFRACTION96
2.1805-2.21160.3591420.28882687X-RAY DIFFRACTION97
2.2116-2.24460.35731430.27062735X-RAY DIFFRACTION97
2.2446-2.27970.31341430.27222712X-RAY DIFFRACTION97
2.2797-2.31710.3441430.23672732X-RAY DIFFRACTION97
2.3171-2.3570.34861430.22712714X-RAY DIFFRACTION98
2.357-2.39990.2971450.20512742X-RAY DIFFRACTION98
2.3999-2.4460.28711430.2012722X-RAY DIFFRACTION98
2.446-2.4960.28551460.19072776X-RAY DIFFRACTION98
2.496-2.55020.2861440.18982746X-RAY DIFFRACTION98
2.5502-2.60950.29471440.20042728X-RAY DIFFRACTION97
2.6095-2.67480.31851440.20822742X-RAY DIFFRACTION97
2.6748-2.74710.32881430.2072715X-RAY DIFFRACTION97
2.7471-2.82790.30821400.21922650X-RAY DIFFRACTION95
2.8279-2.91920.30451210.21462311X-RAY DIFFRACTION83
2.9192-3.02350.26471430.19972707X-RAY DIFFRACTION96
3.0235-3.14460.28891460.19212782X-RAY DIFFRACTION98
3.1446-3.28760.24611450.19192746X-RAY DIFFRACTION98
3.2876-3.46090.27951470.18712795X-RAY DIFFRACTION98
3.4609-3.67770.26671440.1852731X-RAY DIFFRACTION98
3.6777-3.96150.27311470.18062795X-RAY DIFFRACTION98
3.9615-4.35990.2351440.1632747X-RAY DIFFRACTION97
4.3599-4.99030.22271420.15592695X-RAY DIFFRACTION96
4.9903-6.2850.22681310.17442483X-RAY DIFFRACTION88
6.285-47.89540.21131500.18272838X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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