PDB-5hw7: Candida albicans FKBP12 apo protein in P21212 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hw7

タイトル

Candida albicans FKBP12 apo protein in P21212 space group

要素

FK506-binding protein 1

キーワード

ISOMERASE / FKBP12 / prolyl isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of homoserine biosynthetic process / fungal biofilm matrix / macrolide binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / chromatin organization / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.291 Å

データ登録者

Tonthat, N.K. / Schumacher, M.A.

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2016
タイトル: Structures of Pathogenic Fungal FKBP12s Reveal Possible Self-Catalysis Function.
著者: Tonthat, N.K. / Juvvadi, P.R. / Zhang, H. / Lee, S.C. / Venters, R. / Spicer, L. / Steinbach, W.J. / Heitman, J. / Schumacher, M.A.

履歴

登録	2016年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hw7.cif.gz	106.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hw7.ent.gz	82.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hw7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hw7_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hw7_full_validation.pdf.gz	437 KB	表示
XML形式データ	5hw7_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	5hw7_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/5hw7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ht1C 5htgC 5huaC 5hw6C 5hw8C 5hwbC 5hwcC 5i98C 5j6eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zz8-d 1qvs-d 3kn7-d 1xc1-6 7a10-2 2jju-d 3tyh-7 4jp7-d 3tyh-8 3tyh-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FK506-binding protein 1

B: FK506-binding protein 1

26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.813, 80.714, 94.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-215- HOH
2	1	A-237- HOH

#1: タンパク質	FK506-binding protein 1 / FKBP / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rapamycin-binding protein 分子量: 13062.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 遺伝子: RBP1, RBP11, CaO19.11186, CaO19.3702, RBP2, RBP12, CaJ7.0299, CaO19.13810, CaO19.6452 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28870, peptidylprolyl isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

FK506-binding protein 1 / FKBP / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rapamycin-binding protein

分子量: 13062.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876
遺伝子: RBP1, RBP11, CaO19.11186, CaO19.3702, RBP2, RBP12, CaJ7.0299, CaO19.13810, CaO19.6452
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28870, peptidylprolyl isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M Ammonium Sulfate , 0.1M Citrate pH5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.291→50 Å / Num. obs: 12808 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 43.52 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/av σ(I): 23.569 / Net I/σ(I): 16.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.291-2.34	2.2	0.559	1	92.3
2.34-2.38	2.6	0.449	1	95.9
2.38-2.43	2.7	0.468	1	98.9
2.43-2.48	2.9	0.41	1	99.4
2.48-2.53	3	0.399	1	99.8
2.53-2.59	3.1	0.376	1	99.8
2.59-2.66	3.1	0.344	1	99.8
2.66-2.73	3.1	0.284	1	99.8
2.73-2.81	3.1	0.258	1	99.7
2.81-2.9	3.1	0.205	1	99.7
2.9-3	3.1	0.145	1	99.7
3-3.12	3.1	0.121	1	99.8
3.12-3.26	3.1	0.1	1	99.7
3.26-3.44	3.1	0.077	1	99.7
3.44-3.65	3.1	0.062	1	99.7
3.65-3.93	3.1	0.05	1	99.8
3.93-4.33	3.1	0.038	1	99.8
4.33-4.95	3.1	0.029	1	99.4
4.95-6.24	3	0.033	1	98.5
6.24-50	2.9	0.025	1	94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.291→40.905 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.58

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	1280	10.01 %
R_work	0.1791	-	-
obs	0.1839	12793	98.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.64 Å² / B_iso mean: 53.43 Å² / B_iso min: 19.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.291→40.905 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1808	0	0	67	1875
B_iso mean	-	-	-	47.06	-
残基数	-	-	-	-	241

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.423	2510
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	286
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	330
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.146	688

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2906-2.3823	0.3537	130	0.2749	1164	1294	90
2.3823-2.4907	0.2622	138	0.2444	1242	1380	99
2.4907-2.622	0.3104	140	0.2242	1268	1408	100
2.622-2.7862	0.2714	143	0.2219	1287	1430	100
2.7862-3.0013	0.2616	142	0.2153	1282	1424	100
3.0013-3.3032	0.2868	143	0.1831	1279	1422	100
3.3032-3.7809	0.1999	144	0.1767	1298	1442	100
3.7809-4.7624	0.189	147	0.1395	1321	1468	100
4.7624-40.9117	0.195	153	0.1608	1372	1525	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6897	0.4431	1.2426	7.4667	4.1833	3.9042	0.0074	-0.0849	-0.4576	-0.1651	0.1766	0.4136	0.2498	-0.4889	-0.186	0.2625	0.051	-0.036	0.298	-0.0086	0.6395	-0.7567	91.9204	34.7233
2	2.3038	1.1951	-0.4253	6.0806	-0.0121	3.0398	0.3114	-0.1865	0.2087	0.5263	-0.2007	0.3567	-0.4696	0.0457	-0.1026	0.2702	0.0233	0.0176	0.3456	-0.0408	0.3228	8.7055	98.8668	38.1896
3	5.5671	3.6052	0.0562	5.6156	0.7927	2.7637	0.4895	-1.4232	-0.0162	0.6437	-0.4421	-0.6848	-0.1345	0.2054	0.0055	0.3973	0.0319	-0.1095	0.547	-0.0356	0.4931	12.1769	83.3456	45.309
4	3.7771	0.6476	0.2022	3.9804	0.279	3.7837	0.0856	0.0887	0.3676	-0.217	0.0318	-0.0978	-0.227	-0.0523	-0.0999	0.268	0.0067	0.0205	0.2702	-0.0025	0.3287	8.4327	96.3089	32.4592
5	4.1113	-1.4123	-0.8409	5.2523	1.2607	2.5434	-0.0395	-0.0217	0.0963	-0.2159	-0.0273	0.0522	-0.1004	0.031	0.0204	0.2022	-0.0102	0.006	0.2459	0.0338	0.1909	9.1072	86.3822	35.9258
6	9.4926	-0.0021	-2.9188	7.813	-3.9272	5.7514	0.5138	0.6077	1.1976	-0.1812	-0.0355	-0.2567	-0.5198	-0.0274	-0.4689	0.682	-0.051	0.0704	0.4236	-0.0035	0.4557	17.3421	104.6987	10.7333
7	3.6423	-0.0107	1.2373	6.434	-1.1857	5.746	0.3837	1.3674	-0.0591	-1.5412	-0.1282	-0.3497	0.4163	-0.0699	-0.2528	0.7906	-0.0607	0.0442	0.665	0.0352	0.4988	19.4194	89.6432	3.7186
8	2.0014	1.9887	-1.9197	7.1938	-1.7208	8.6801	-0.0378	0.9801	-1.2033	-0.3471	-0.0342	-0.2104	1.5845	-0.3403	0.0443	1.0703	0.0436	-0.136	0.7876	-0.2607	0.6625	10.939	89.5031	-1.3298
9	3.3566	-0.3358	-0.6732	6.137	0.4201	4.4875	0.1038	0.2101	0.3132	0.0473	0.08	-0.3676	-0.6289	0.2937	-0.1739	0.4718	-0.0224	0.021	0.4871	0.0174	0.3809	18.8768	94.5089	12.6646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 12 )	A	3 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 34 )	A	13 - 34
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 35 through 46 )	A	35 - 46
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 47 through 85 )	A	47 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 86 through 124 )	A	86 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 4 through 24 )	B	4 - 24
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 25 through 42 )	B	25 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 43 through 49 )	B	43 - 49
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 50 through 122 )	B	50 - 122

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)