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- PDB-5hvq: Alternative model of the MAGE-G1 NSE-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hvq
タイトルAlternative model of the MAGE-G1 NSE-1 complex
要素
  • Melanoma-associated antigen G1
  • Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog
キーワードLIGASE / complex Melanoma antigen RING-containing E3 ligases
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to radiation / Smc5-Smc6 complex / cellular response to hydroxyurea / chromatin looping / regulation of telomere maintenance / mitotic spindle pole / protein sumoylation / chromosome, centromeric region / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / positive regulation of protein ubiquitination ...cellular response to radiation / Smc5-Smc6 complex / cellular response to hydroxyurea / chromatin looping / regulation of telomere maintenance / mitotic spindle pole / protein sumoylation / chromosome, centromeric region / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / positive regulation of protein ubiquitination / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / cellular response to UV / ubiquitin protein ligase activity / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / DNA damage response / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #220 / Non-structural maintenance of chromosomes element 1 / Zinc finger, RING-like / Nse1 non-SMC component of SMC5-6 complex / RING-like domain / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif ...Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #220 / Non-structural maintenance of chromosomes element 1 / Zinc finger, RING-like / Nse1 non-SMC component of SMC5-6 complex / RING-like domain / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Arc Repressor Mutant, subunit A / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog / Non-structural maintenance of chromosomes element 3 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.923 Å
データ登録者Newman, J.A. / Cooper, C.D.O. / Roos, A.K. / Aitkenhead, H. / Oppermann, U.C.T. / Cho, H.J. / Osman, R. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structures of Two Melanoma-Associated Antigens Suggest Allosteric Regulation of Effector Binding.
著者: Newman, J.A. / Cooper, C.D. / Roos, A.K. / Aitkenhead, H. / Oppermann, U.C. / Cho, H.J. / Osman, R. / Gileadi, O.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Melanoma-associated antigen G1
C: Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2464
ポリマ－53,1152
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area24240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.257, 154.327, 53.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Melanoma-associated antigen G1 / Hepatocellular carcinoma-associated protein 4 / MAGE-G1 antigen / Necdin-like protein 2


分子量: 25519.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NDNL2, HCA4, MAGEG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MG7
#2: タンパク質 Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog / Non-SMC element 1 homolog


分子量: 27595.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSMCE1, HSPC333, HSPC337 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WV22, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: As for entry 3nw0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.923→32.36 Å / Num. obs: 14235 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 10

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1682精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.923→32.36 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2678 756 4.97 %
Rwork0.2367 --
obs0.2383 15209 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.923→32.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3537 0 0 0 3537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033607
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6854863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0081380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9226-3.14810.42821410.38862579X-RAY DIFFRACTION89
3.1481-3.46460.34041580.30412892X-RAY DIFFRACTION100
3.4646-3.96510.29871660.25192922X-RAY DIFFRACTION99
3.9651-4.99270.22551450.20912947X-RAY DIFFRACTION99
4.9927-32.36220.23561460.21343113X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3692-1.4272-0.04235.65212.05338.48460.13370.4591-0.7687-0.2620.3838-0.6417-0.1951.0934-0.41760.3728-0.09630.04730.6267-0.07960.612823.139317.637315.7243
23.31751.677-2.05023.53183.24818.4961-0.1721-0.04631.14551.55271.27451.28280.3519-0.12-1.29891.5425-0.02690.07631.71510.21931.12163.9778-0.91647.6873
36.4023.5430.16064.48522.54713.1506-1.73781.96231.7826-1.35191.28471.0038-1.024-0.91880.32761.1089-0.6498-0.12141.24650.20180.5133-11.02912.3214-2.644
42.00815.5543-2.06283.8715-0.52690.8541-0.75413.08221.8634-2.11440.95120.7245-0.5204-0.3486-0.50561.3533-0.39910.19742.09280.23110.7713-13.1392.8753-12.8322
57.2097-1.67413.0842.7568-0.28861.39670.99970.1967-3.603-2.40311.45280.3256-0.69430.0873-2.251.7844-0.8726-0.09581.81220.10261.4726-15.9528-8.4953-7.5068
69.1477-1.3405-0.33418.2147-0.72713.6885-0.95010.3331.4145-0.28920.80021.1774-0.60460.34080.20510.795-0.2092-0.21210.86750.12691.0064-16.73227.05711.5472
78.22191.20012.16056.771-0.71256.0920.2794-0.4487-1.72350.6929-0.1520.61340.7748-0.4128-0.22710.692-0.15820.12240.65620.01670.91871.7815.872623.1592
81.6568-2.43420.92064.77030.32974.17650.79380.04930.4291-0.3302-0.3573-0.6078-0.220.3031-0.42370.5945-0.09080.08620.50270.03370.54485.568229.147114.6434
99.5836-3.7832-5.99452.68873.09427.15520.46250.79380.3528-0.5071-0.3991-0.1082-0.9494-0.6058-0.05120.6095-0.0182-0.03550.44940.05550.448-1.096739.10096.1484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 78 through 161 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 162 through 173 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 174 through 188 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 189 through 219 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 220 through 229 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 230 through 294 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 9 through 67 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 68 through 102 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 103 through 246 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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