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- PDB-5hv0: Structural Analysis of Cofactor Binding of a Prolyl 4-Hydroxylase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hv0
タイトルStructural Analysis of Cofactor Binding of a Prolyl 4-Hydroxylase from the Pathogenic Bacterium Bacillus anthracis
要素Prolyl 4-Hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P4H / Dioxygenase / Cupin / Fe(II)/alpha-ketoglutarate
機能・相同性
機能・相同性情報


procollagen-proline 4-dioxygenase activity / L-ascorbic acid binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Prolyl 4-hydroxylase / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit / Prolyl 4-hydroxylase alpha subunit homologues. / q2cbj1_9rhob like domain / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / : / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit domain protein / Prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Schnicker, N.J. / Dey, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
College of Liberal Arts and Sciences University of Iowa 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of cofactor binding for a prolyl 4-hydroxylase from the pathogenic bacterium Bacillus anthracis.
著者: Schnicker, N.J. / Dey, M.
履歴
登録2016年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl 4-Hydroxylase
B: Prolyl 4-Hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,50621
ポリマ－49,4172
非ポリマー2,08919
水7,674426
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.336, 90.336, 51.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

CD

21A-303-

CD

31A-538-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Prolyl 4-Hydroxylase / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily protein / Prolyl 4-hydroxylase / alpha subunit domain protein


分子量: 24708.592 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81LZ8, UniProt: A0A4Y1WAP5*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 445分子

#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細Authors state that this is a cloning artifact from the restriction site.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.8, 0.05 M Cadmium sulfate, 0.9 M Sodium acetate tri-hydrate, 0.1 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→39.117 Å / Num. all: 58550 / Num. obs: 58550 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 15.38 Å2 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.055 / Net I/av σ(I): 9.823 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 322968
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.63-1.725.10.4141.81100
1.72-1.825.50.2742.61100
1.82-1.955.60.1863.71100
1.95-2.15.60.1066.8199.9
2.1-2.315.70.06710.9199.9
2.31-2.585.70.05213.71100
2.58-2.985.70.04116.8199.9
2.98-3.645.50.03318.51100
3.64-5.155.50.03218.4199.6
5.15-39.1175.40.03119.2198.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ITQ

3itq


解像度: 1.63→39.117 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 20.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 2961 5.08 %
Rwork0.1739 --
obs0.1759 58323 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→39.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3156 0 47 426 3629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0253338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8414530
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5711195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.65670.25881270.22352608X-RAY DIFFRACTION98
1.6567-1.68530.26911290.20122609X-RAY DIFFRACTION98
1.6853-1.7160.22571370.20242600X-RAY DIFFRACTION98
1.716-1.7490.2521400.20062589X-RAY DIFFRACTION99
1.749-1.78470.23961330.19692662X-RAY DIFFRACTION99
1.7847-1.82350.24831300.18972701X-RAY DIFFRACTION100
1.8235-1.86590.21861180.18792588X-RAY DIFFRACTION100
1.8659-1.91250.23631320.18912679X-RAY DIFFRACTION100
1.9125-1.96420.24031460.18852668X-RAY DIFFRACTION100
1.9642-2.0220.23231860.18782562X-RAY DIFFRACTION100
2.022-2.08730.21061300.17942690X-RAY DIFFRACTION100
2.0873-2.16190.23311080.17442668X-RAY DIFFRACTION100
2.1619-2.24850.23081840.17592622X-RAY DIFFRACTION100
2.2485-2.35080.23741450.16942659X-RAY DIFFRACTION100
2.3508-2.47470.21981540.17482616X-RAY DIFFRACTION100
2.4747-2.62970.23041350.18142642X-RAY DIFFRACTION100
2.6297-2.83270.221560.18112641X-RAY DIFFRACTION100
2.8327-3.11770.22041440.17572636X-RAY DIFFRACTION100
3.1177-3.56850.19431340.16272659X-RAY DIFFRACTION100
3.5685-4.49490.1811740.14292618X-RAY DIFFRACTION100
4.4949-39.12790.18431190.1662645X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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