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- PDB-5huv: Structure of Candida albicans trehalose-6-phosphate synthase E341... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5huv
タイトルStructure of Candida albicans trehalose-6-phosphate synthase E341R/E346R in complex with UDP-glucose
要素Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming]
キーワードTRANSFERASE / trehalose-6-phosphate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to heat / cellular response to desiccation / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase complex (UDP-forming) / trehalose-phosphatase activity / trehalose biosynthetic process / trehalose metabolism in response to stress / filamentous growth ...filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to heat / cellular response to desiccation / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase complex (UDP-forming) / trehalose-phosphatase activity / trehalose biosynthetic process / trehalose metabolism in response to stress / filamentous growth / cellular response to heat / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase / Glycosyl transferase, family 20 / Glycosyltransferase family 20 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming]
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Miao, Y. / Brennan, R.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1P01AI104533-01A1 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Candida albicans trehalose-6-phosphate synthase E341R/E346R in complex with UDP-glucose
著者: Miao, Y. / Brennan, R.G.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming]
B: Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2874
ポリマ－109,1552
非ポリマー1,1332
水13,241735
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area37480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.638, 98.638, 186.592
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-888-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase [UDP-forming] / Trehalose-6-phosphate synthase / UDP-glucose-glucosephosphate glucosyltransferase


分子量: 54577.336 Da / 分子数: 2 / 変異: E341R/E346R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: TPS1, CaO19.13961, CaO19.6640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q92410, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
#2: 化合物 ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, 40% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.27
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 69000 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.629 / Net I/av σ(I): 31.5 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 514978
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.037.50.44334440.9030.1730.4760.818100
2.03-2.077.50.38434360.9320.150.4130.888100
2.07-2.117.50.33934360.9390.1320.3640.913100
2.11-2.157.50.29434680.950.1150.3160.989100
2.15-2.27.50.26134160.9610.1020.281.011100
2.2-2.257.50.23634340.9680.0920.2531.094100
2.25-2.317.50.21334460.9820.0830.2291.087100
2.31-2.377.50.18734430.9770.0730.2011.176100
2.37-2.447.50.16434440.9820.0640.1761.199100
2.44-2.527.50.14934590.9860.0580.161.232100
2.52-2.617.60.12934350.9880.050.1381.328100
2.61-2.717.60.11234600.9910.0440.1211.366100
2.71-2.847.60.10534320.9920.0410.1121.47100
2.84-2.997.50.09134630.9960.0350.0981.754100
2.99-3.177.50.08634440.9940.0340.0932.283100
3.17-3.427.30.0834510.9940.0320.0863.032100
3.42-3.767.10.07234500.9950.0290.0783.467100
3.76-4.317.20.06334600.9960.0250.0673.39799.9
4.31-5.437.30.04934660.9980.020.0532.418100
5.43-507.60.04335130.9980.0170.0461.917100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Candida albicans Tps1

解像度: 2.002→49.319 Å / FOM work R set: 0.8481 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1705 2017 2.93 %
Rwork0.1447 66831 -
obs0.1465 68938 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.09 Å2 / Biso mean: 26.92 Å2 / Biso min: 10.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.002→49.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7513 0 116 735 8364
Biso mean--25.52 36.53 -
残基数----933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10710534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1462860
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 97 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.0029-2.05290.22181460.1847914937
2.0529-2.10840.21430.173947884931
2.1084-2.17040.19511420.168547164858
2.1704-2.24050.19661440.163247884932
2.2405-2.32050.20391390.159647534892
2.3205-2.41330.17371470.158947554902
2.4133-2.52310.19321470.160647654912
2.5231-2.6560.16861450.150847574902
2.656-2.82220.20241370.159547854922
2.8222-3.03980.1991390.152447684907
3.0398-3.34520.17341470.145347734920
3.3452-3.8280.16821480.128747884936
3.828-4.8180.14171450.11547714916
4.818-26.30790.13931480.139148334981

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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