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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hun | ||||||
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タイトル | The crystal structure of neuraminidase from A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014 influenza virus | ||||||
要素 | Neuraminidase | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / neuraminidase / influenza virus / H5Nx | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, H. / Carney, P.J. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Stevens, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016 タイトル: Molecular Characterizations of Surface Proteins Hemagglutinin and Neuraminidase from Recent H5Nx Avian Influenza Viruses. 著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Mishin, V.P. / Guo, Z. / Chang, J.C. / Wentworth, D.E. / Gubareva, L.V. / Stevens, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hun.cif.gz | 158.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hun.ent.gz | 130.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5hun_validation.pdf.gz | 427.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5hun_full_validation.pdf.gz | 428.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5hun_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5hun_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/5hun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/5hun | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43960.281 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 80-470 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014(H5N8)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/gyrfalcon/Washington/41088-6/2014(H5N8) / 遺伝子: NA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0C4WVM3, exo-alpha-sialidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 0.16 M Calcium Acetate, 0.08 M Sodium Cacodylate:HCl pH 6.5, 14.4% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 19878 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 47.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 15.114 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.382 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→50 Å
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拘束条件 |
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