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- PDB-5huc: DAHP synthase from Corynebacterium glutamicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5huc
タイトルDAHP synthase from Corynebacterium glutamicum
要素3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
キーワードTRANSFERASE / DAHP synthase / shikimate pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOENOLPYRUVATE / PHOSPHATE ION / TRYPTOPHAN / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Burschowsky, D. / Heim, J.B. / Thorbjoernsrud, H.V. / Krengel, U.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
The Research Council of Norway214037 ノルウェー
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Inter-Enzyme Allosteric Regulation of Chorismate Mutase in Corynebacterium glutamicum: Structural Basis of Feedback Activation by Trp.
著者: Burschowsky, D. / Thorbjornsrud, H.V. / Heim, J.B. / Fahrig-Kamarauskaite, J.R. / Wurth-Roderer, K. / Kast, P. / Krengel, U.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1229
ポリマ－52,1501
非ポリマー9728
水37821
1
A: 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
ヘテロ分子

A: 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
ヘテロ分子

A: 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
ヘテロ分子

A: 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,48836
ポリマ－208,6024
非ポリマー3,88732
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/31
Buried area15250 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area63290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.844, 109.844, 279.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

HOH

21A-615-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-Deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase / DAHP synthase


分子量: 52150.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: Cgl2178 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): KA13 / 参照: UniProt: Q8NNL5

-
非ポリマー , 6種, 29分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 100 mM Tris/bicine buffer 13% MPD 13% PEG 1000 13% PEG 3350 2% triethylene glycol 200 uM PEP 100 uM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→95.13 Å / Num. obs: 36845 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 12.86 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 14.02
反射 シェル解像度: 2.45→2.6 Å / 冗長度: 10.46 % / Rmerge(I) obs: 2.95 / Mean I/σ(I) obs: 0.64 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PHASES位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B7O

2b7o


解像度: 2.45→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 11.032 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25244 1884 5.1 %RANDOM
Rwork0.24303 ---
obs0.24353 34813 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 111.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.85 Å21.92 Å20 Å2
2--3.85 Å20 Å2
3----12.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3472 0 60 21 3553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1771.974899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90737791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8225450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24524.034176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27615587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0681531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214139
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02818
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.65111.1881803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.64811.1861802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.97616.7762252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.97616.7792253
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.16111.4171808
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1611.4311800
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.28517.0762636
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.83586.963916
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.83586.9763917
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.534 117 -
Rwork0.512 2028 -
obs--80.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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