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Yorodumi- PDB-5hts: Crystal structure of shaft pilin spaA from Lactobacillus rhamnosu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hts | ||||||
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Title | Crystal structure of shaft pilin spaA from Lactobacillus rhamnosus GG - D295N mutant | ||||||
Components | Cell surface protein SpaA | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / Pilin / spaA / probiotic / isopeptide / SpaCBA pili / adhesin | ||||||
Function / homology | Function and homology information Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Lactobacillus rhamnosus GG (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Chaurasia, P. / Pratap, S. / von Ossowski, I. / Palva, A. / Krishnan, V. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2016 Title: New insights about pilus formation in gut-adapted Lactobacillus rhamnosus GG from the crystal structure of the SpaA backbone-pilin subunit Authors: Chaurasia, P. / Pratap, S. / von Ossowski, I. / Palva, A. / Krishnan, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hts.cif.gz | 590.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hts.ent.gz | 494.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hts.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5hts_validation.pdf.gz | 473.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5hts_full_validation.pdf.gz | 478.3 KB | Display | |
Data in XML | 5hts_validation.xml.gz | 51.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5hts_validation.cif.gz | 72.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/5hts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/5hts | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5f44SC 5faaC 5fgrC 5fgsC 5fieC 5hbbC 5hdlC 5j4mC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 30722.514 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 35-302 / Mutation: D295N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus rhamnosus GG (bacteria) / Strain: GG / Gene: LRHM_0426 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)/pLysS / References: UniProt: C7T9P4 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 0.1 M Tris, 15%(w/v) PEG 20000 / PH range: 8.0 - 8.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.95371 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 23, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95371 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→37.9 Å / Num. obs: 64379 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.74 Å / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5F44 Resolution: 2.6→37.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 26.595 / SU ML: 0.269 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.606 / ESU R Free: 0.312 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.46 Å2
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Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.6→37.9 Å
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Refine LS restraints |
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