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- PDB-5htl: Structure of MshE with cdg -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5htl
タイトルStructure of MshE with cdg
要素MSHA biogenesis protein MshE
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / MshE / c-di-GMP
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus assembly / : / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Type II secretion system protein GspE, N-terminal / MshEN domain / Type II secretion system protein GspE, N-terminal superfamily / Bacterial type II secretion system protein E signature. / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / MSHA biogenesis protein MshE / MSHA biogenesis protein MshE
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.371 Å
データ登録者Chin, K.H. / Wang, Y.C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Nucleotide binding by the widespread high-affinity cyclic di-GMP receptor MshEN domain.
著者: Wang, Y.C. / Chin, K.H. / Tu, Z.L. / He, J. / Jones, C.J. / Sanchez, D.Z. / Yildiz, F.H. / Galperin, M.Y. / Chou, S.H.
履歴
登録2016年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MSHA biogenesis protein MshE
B: MSHA biogenesis protein MshE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9644
ポリマ－32,5832
非ポリマー1,3812
水6,413356
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area14250 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.852, 61.862, 75.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MSHA biogenesis protein MshE


分子量: 16291.353 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-145 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: epsE_3, ERS013202_01172 / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A0H6MG30, UniProt: Q9KUV7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP, Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP / Cyclic di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.54 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Tris 100mM pH 8.0, PEG 3350 20%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97902 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月8日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→50 Å / Num. obs: 234156 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.6 % / Net I/σ(I): 18.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.371→26.426 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 1943 4 %
Rwork0.2014 --
obs0.2025 48521 92.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 53.696 Å2 / ksol: 0.425 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5494 Å20 Å20 Å2
2--3.6704 Å20 Å2
3---2.7568 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.371→26.426 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2201 0 92 356 2649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2663188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.586874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005404
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.371-1.40520.34861330.30313122X-RAY DIFFRACTION88
1.4052-1.44320.30751390.2883161X-RAY DIFFRACTION89
1.4432-1.48570.31981350.2593267X-RAY DIFFRACTION92
1.4857-1.53370.30991390.23823348X-RAY DIFFRACTION94
1.5337-1.58850.28971430.22413376X-RAY DIFFRACTION95
1.5885-1.6520.2541390.21593438X-RAY DIFFRACTION96
1.652-1.72720.221430.20973425X-RAY DIFFRACTION96
1.7272-1.81830.24141430.20373441X-RAY DIFFRACTION95
1.8183-1.93220.2241440.19613454X-RAY DIFFRACTION96
1.9322-2.08130.22171430.18923429X-RAY DIFFRACTION95
2.0813-2.29060.21591400.17923407X-RAY DIFFRACTION94
2.2906-2.62180.19551400.19453399X-RAY DIFFRACTION93
2.6218-3.30220.20821420.18833412X-RAY DIFFRACTION93
3.3022-26.43090.23661200.19852899X-RAY DIFFRACTION76
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.9985 Å / Origin y: -6.2351 Å / Origin z: 2.0627 Å
111213212223313233
T0.1034 Å20.0105 Å2-0.0086 Å2-0.1073 Å20.0019 Å2--0.1086 Å2
L0.2352 °20.1388 °2-0.065 °2-0.3387 °20.0259 °2--0.2557 °2
S0.0212 Å °0.0055 Å °-0.01 Å °0.0108 Å °-0.002 Å °-0.0126 Å °0.0062 Å °0.0082 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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