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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5htf | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of PrsA1 from Listeria monocytogenes | |||||||||
![]() | Foldase protein PrsA 1 | |||||||||
![]() | CHAPERONE / PrsA / PPIase / post-translocation chaperone / secretion | |||||||||
機能・相同性 | ![]() peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Prehna, G. / Cahoon, L.A. / Freitag, N.E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A structural comparison of Listeria monocytogenes protein chaperones PrsA1 and PrsA2 reveals molecular features required for virulence. 著者: Cahoon, L.A. / Freitag, N.E. / Prehna, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 314.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 263 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31685.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: prsA1, lmo1444 / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 26 mg/mL PrsA1 with a 1:1 mixture of 30% MPD (2-methyl-2,4-pentadiol) 100 mM Na Acetate pH 4.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97941 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→19.782 Å / Num. obs: 37408 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 17.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.782 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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