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- PDB-6fcu: The X-ray Structure of Lytic Transglycosylase Slt inactive mutant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fcu
タイトルThe X-ray Structure of Lytic Transglycosylase Slt inactive mutant E503Q from Pseudomonas aeruginosa in complex with 4(NAG-NAMpentapeptide)
要素Soluble lytic murein transglycosylase
キーワードLYASE / Lytic Transglycosylase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Lytic transglycosylase, superhelical linker / Soluble lytic murein transglycosylase L domain / Lytic transglycosylase, superhelical U-shaped / Lytic transglycosylase, superhelical linker domain superfamily / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ALANINE / D-GLUTAMIC ACID / Transglycosylase SLT domain-containing protein / Probable soluble lytic transglycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Batuecas, M.T. / Dominguez-Gil, T. / Hermoso, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI104987 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Exolytic and endolytic turnover of peptidoglycan by lytic transglycosylase Slt ofPseudomonas aeruginosa.
著者: Lee, M. / Batuecas, M.T. / Tomoshige, S. / Dominguez-Gil, T. / Mahasenan, K.V. / Dik, D.A. / Hesek, D. / Millan, C. / Uson, I. / Lastochkin, E. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.
履歴
登録2017年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble lytic murein transglycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5786
ポリマ－70,3511
非ポリマー2,2275
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint34 kcal/mol
Surface area29010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.293, 164.293, 55.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Soluble lytic murein transglycosylase


分子量: 70350.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: slt, AOY09_04369, PAMH19_2049 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A069QJX4, UniProt: Q9HZI6*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-3-O-[(2R)-1-amino-1-oxopropan-2-yl]-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-3-O-[(2R)-1-amino-1-oxopropan-2-yl]-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1872.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_1*OC_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCN/4=O/3C]/1-2-3-2-3-2-4-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3N1O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 56分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H7NO2
#5: 化合物 ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 80mM Tris pH 8.5, 12% PEG 8000 and 160mM calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97953 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→142.28 Å / Num. obs: 14530 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 9.4 % / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 9.35
反射 シェル解像度: 3.2→3.32 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OHU

5ohu


解像度: 3.2→142.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 29.105 / SU ML: 0.454 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.542 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27247 681 4.7 %RANDOM
Rwork0.19292 ---
obs0.19667 13847 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 94.973 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20.5 Å20 Å2
2--1 Å20 Å2
3----3.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→142.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5113 0 8 57 5178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195251
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9797131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1311088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.615612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.79622.471263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.28915846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1861559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7479.532453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7459.532450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1814.293062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1814.293063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2779.912798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2769.912799
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.63414.7734070
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.0416053
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.0416054
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 61 -
Rwork0.304 1009 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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