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- PDB-5hsx: Crystal Structure of a Putative Alpha-ketoglutarate-dependent Tau... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hsx
タイトルCrystal Structure of a Putative Alpha-ketoglutarate-dependent Taurine Dioxygenase from Burkholderia xenovorans
要素Putative alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / dioxygenase / Burkholderia xenovorans / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / dioxygenase activity / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta / Putative alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
機能・相同性情報
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Putative Alpha-ketoglutarate-dependent Taurine Dioxygenase from Burkholderia xenovorans
著者: SSGCID / Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
B: Putative alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,95422
ポリマ－71,7312
非ポリマー1,22320
水11,205622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子

A: Putative alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,95422
ポリマ－71,7312
非ポリマー1,22320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint20 kcal/mol
Surface area25040 Å2
手法PISA
3
B: Putative alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子

B: Putative alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,95422
ポリマ－71,7312
非ポリマー1,22320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.190, 132.600, 55.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-790-

HOH

21A-805-

HOH

31B-787-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase


分子量: 35865.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: Bxe_A2155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13YM5
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: BuxeA.00024.i.B1.PS02500 at 24.3 mg/ml, protein was mixed 1:1 with JCSG+(b8): 10% (w/v) PEG-8000, 100 mM Tris base/HCl, pH = 7.0, 200 mM MgCl2, cryoprotected with 20% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月10日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 75552 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 21.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 21.52 / Num. measured all: 554951
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.857.40.4873.7940900551955170.9440.523100
1.85-1.90.3774.8939849536853650.9610.40699.9
1.9-1.950.3046.0538782522952290.9750.327100
1.95-2.010.2357.937890509750950.9810.253100
2.01-2.080.17610.3336714494449440.990.189100
2.08-2.150.14712.3335586478247820.9930.158100
2.15-2.230.12214.6934456463146300.9950.131100
2.23-2.320.10316.9633224446544640.9960.11100
2.32-2.430.08819.6931663424942490.9970.094100
2.43-2.550.0821.8430513409740970.9970.087100
2.55-2.680.06525.6628886388838880.9980.07100
2.68-2.850.05630.2327428370237020.9980.061100
2.85-3.040.04934.6725522348634860.9990.053100
3.04-3.290.04239.7323637326632660.9990.046100
3.29-3.60.03843.7521525300530050.9990.041100
3.6-4.020.03547.1319368272927290.9990.037100
4.02-4.650.03150.417198244824470.9990.033100
4.65-5.690.02950.514538206720670.9990.031100
5.69-8.050.02849.8411376164716470.9990.03100
8.050.02451.0558969719430.9990.02697.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GY9

1gy9


解像度: 1.8→35.098 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1808 2003 2.65 %
Rwork0.1551 73531 -
obs0.1558 75534 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.67 Å2 / Biso mean: 30.9751 Å2 / Biso min: 10.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→35.098 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4280 0 82 627 4989
Biso mean--46.56 38.83 -
残基数----549
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8496169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006792
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8932624
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7999-1.84490.25031230.218351755298
1.8449-1.89480.21931230.190751935316
1.8948-1.95050.21091520.173651925344
1.9505-2.01350.19631430.165951695312
2.0135-2.08540.19231260.158252335359
2.0854-2.16890.20251590.15451885347
2.1689-2.26760.18321560.149451885344
2.2676-2.38710.18831460.153652205366
2.3871-2.53670.19891610.157652365397
2.5367-2.73250.19431310.159152605391
2.7325-3.00730.16831490.155452555404
3.0073-3.44210.17561270.153753125439
3.4421-4.33550.18241480.139753695517
4.3355-35.10510.14771590.151655415700
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.56310.7434-0.02220.38490.25851.1230.034-0.2627-0.35880.2102-0.17240.21750.5178-0.1998-0.0090.3216-0.17530.07020.2126-0.03030.311731.3744-30.4817-5.8845
22.52551.6044-0.28571.1425-0.43080.3862-0.04120.17330.2562-0.07240.02020.47520.1328-0.14040.04690.2115-0.0601-0.01590.2731-0.06280.332528.1853-14.4977-18.9366
31.090.51440.34450.70680.24320.59360.0785-0.0954-0.05770.1017-0.17770.11160.2238-0.14530.07360.1328-0.06340.01630.1992-0.03310.161540.1054-15.9408-9.0798
40.75930.5204-0.07121.42020.3690.49840.0471-0.0838-0.0158-0.0131-0.17140.18730.1038-0.12350.09090.1124-0.0471-0.00040.2152-0.03120.149640.8455-10.3552-8.2405
52.57271.05821.88523.87692.59432.3393-0.02360.35970.0056-0.4816-0.00950.087-0.4218-0.0370.01380.2207-0.0505-0.00950.247-0.04180.265529.6022-21.1702-22.6535
61.36461.49-0.8154.038-0.26181.470.1174-0.43470.32440.1869-0.25890.6508-0.0222-0.3093-0.01040.1764-0.09810.06530.3689-0.12360.280732.6217-5.7952.8301
73.39970.53290.62157.39133.92214.6416-0.03930.4141-0.4824-0.0688-0.23690.44110.454-0.54030.17210.28-0.03170.00720.2075-0.08760.288343.1235-33.687-32.4049
81.5519-1.0919-0.74241.95370.28411.2686-0.02110.0611-0.408-0.1447-0.07250.020.42350.06560.0540.38440.04650.0350.1346-0.04770.302756.3696-39.5802-34.4841
90.65-0.889-0.38232.68330.4640.4056-0.0755-0.0471-0.09780.11140.0784-0.3950.2450.22940.02650.24440.0987-0.00430.26580.00340.268765.1538-26.2191-23.398
100.6919-0.4192-0.02981.565-0.190.73630.0014-0.0091-0.0834-0.1468-0.0943-0.03790.19660.0280.08770.18390.06060.00910.1445-0.01090.156255.1021-21.6852-31.2523
111.9745-0.59711.00422.6225-0.40922.70940.0058-0.1021-0.18370.1033-0.1538-0.54740.17640.40220.08830.21380.1020.00850.30280.06170.29669.7876-14.3608-33.3872
120.58420.1475-0.23141.7049-0.21560.66260.03720.0343-0.0961-0.0843-0.1416-0.06930.13330.01290.10480.17260.06920.01050.1579-0.00090.153155.9632-17.3338-31.1403
133.0106-0.0879-0.45152.9061-0.58830.1922-0.0978-0.7591-0.09520.8057-0.1039-0.02090.10490.45310.16620.51690.04880.02060.36430.00450.244860.4985-32.3762-17.2425
142.0938-0.9830.20670.91960.20460.2230.10460.4695-0.0302-0.6022-0.2924-0.32340.1221-0.0417-0.02260.32130.1680.09140.22950.02480.20763.9709-18.0254-45.3732
153.2325-0.83881.35215.3127-4.24186.0879-0.2043-0.5383-0.38180.45570.2386-1.02881.31450.51180.09470.70050.24110.05160.5557-0.00790.611773.8994-22.3806-32.0265
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 82 )A11 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 112 )A83 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 113 through 164 )A113 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 165 through 266 )A165 - 266
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 267 through 285 )A267 - 285
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 286 through 306 )A286 - 306
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 11 through 26 )B11 - 26
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 27 through 80 )B27 - 80
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 81 through 118 )B81 - 118
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 119 through 164 )B119 - 164
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 165 through 197 )B165 - 197
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 198 through 266 )B198 - 266
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 267 through 285 )B267 - 285
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 286 through 298 )B286 - 298
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 299 through 315 )B299 - 315

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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