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- PDB-5hsw: KSHV SOX RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hsw
タイトルKSHV SOX RNA complex
要素
  • ORF 37
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*UP*UP*CP*CP*AP*G)-3')
キーワードHYDROLASE / KSHV / EXONUCLEASE / ENDONUCLEASE / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / host cell nucleus / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus alkaline exonuclease, N-terminal domain / Alphaherpesvirus alkaline exonuclease / Viral alkaline exonuclease / Viral alkaline exonuclease / Restriction endonuclease type II-like / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / RNA / RNA (> 10) / ORF 37
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 8 type M (ヘルペスウイルス)
Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Barrett, T.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT083336MA 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: KSHV SOX mediated host shutoff: the molecular mechanism underlying mRNA transcript processing.
著者: Lee, H. / Patschull, A.O.M. / Bagneris, C. / Ryan, H. / Sanderson, C.M. / Ebrahimi, B. / Nobeli, I. / Barrett, T.E.
履歴
登録2016年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32017年5月17日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF 37
B: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*UP*UP*CP*CP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2363
ポリマ－65,1772
非ポリマー591
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.200, 45.900, 67.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ORF 37


分子量: 55257.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 type M (ヘルペスウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P88925
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*UP*UP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 9918.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.5, 10% w/v PEG 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Double crystal Si(111)
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月15日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→44.72 Å / Num. all: 30812 / Num. obs: 9408 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 85.72 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.6 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rrim(I) all: 0.967 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3POV

3pov


解像度: 3.3→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.524
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 454 4.83 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.211 9406 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 101.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--21.7649 Å20 Å214.7759 Å2
2---3.0371 Å20 Å2
3---24.802 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.45 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.3→44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3232 380 4 9 3625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083743HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.955175HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1105SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes59HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes518HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3743HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion516SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4141SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.69 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3172 133 5.06 %
Rwork0.2214 2496 -
all0.2265 2629 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61890.2424-0.43822.5652-1.25275.345-0.01350.06710.0587-0.01310.08690.149-0.073-0.0948-0.07340.10010.0224-0.0221-0.26730.0172-0.320231.5075-12.903298.8108
20.2936-4.91892.14940-0.17310.0075-0.00530.08840.1502-0.090.02810.0568-0.0813-0.0607-0.02280.07770.0311-0.02160.1282-0.05830.069213.9169-1.952481.3492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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