PDB-5hsm: CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MARR FAMILY PROTE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hsm

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS MARR FAMILY PROTEIN RV2887

要素

Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887

キーワード

TRANSCRIPTION / HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / DNA BINDING / SALICYLIC ACID BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gao, Y.R. / Li, D.F. / Wang, D.C. / Bi, L.J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural analysis of the regulatory mechanism of MarR protein Rv2887 in M. tuberculosis
著者: Gao, Y.R. / Li, D.F. / Fleming, J. / Zhou, Y.F. / Liu, Y. / Deng, J.Y. / Zhou, L. / Zhou, J. / Zhu, G.F. / Zhang, X.E. / Wang, D.C. / Bi, L.J.

履歴

登録	2016年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hsm.cif.gz	65.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hsm.ent.gz	47.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hsm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hsm_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hsm_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	5hsm_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	5hsm_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/5hsm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hsoC 5x7zC 5x80C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rn1-d 4tvr-d 3kel-2 5ve9-d 4buq-d 5xqp-d 3qf3-3 3f7t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887

ヘテロ分子

17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887

ヘテロ分子

A: Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.540, 71.290, 72.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator Rv2887 分子量: 17012.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv2887, MTCY274.18 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WME9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1M CITRIC ACID PH 3.5, 2.0 M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K PH範囲: 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月22日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→36.44 Å / Num. obs: 11335 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / R_sym value: 0.305 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASES		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→36.44 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 23.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	583	5.15 %	Random selection
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.185	11313	100 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	975	0	10	81	1066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	996
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.121	1349
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.015	380
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	161
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	174

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9002-2.0914	0.2197	138	0.197	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0914-2.394	0.2076	151	0.1741	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.394-3.0159	0.2151	152	0.1969	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0159-36.4467	0.1948	142	0.1797	2781	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3686	-1.2693	-0.5509	1.3521	0.318	0.1263	-0.2319	0.407	-0.5804	-0.1751	0.1042	0.0988	-0.2045	0.8674	-0.0253	0.1947	0.0116	0.0054	0.5773	-0.0236	0.1739	5.3083	-9.4909	3.6377
2	0.1223	-0.041	-0.1379	0.1965	0.0168	-0.0017	-0.0942	0.0308	-0.0777	-0.226	0.0157	-0.0795	0.2378	0.1422	0.0004	0.2735	-0.0319	-0.0184	0.2699	-0.0204	0.2536	3.271	-0.0978	-8.5968
3	0.3188	0.0449	0.3009	0.3366	-0.0825	0.0385	0.1273	-0.212	-0.2299	0.1978	-0.1407	-0.2897	0.1159	-0.2577	0.0019	0.2727	-0.0735	0.0021	0.3071	0.007	0.3367	16.9422	13.2157	-3.4438
4	0.7719	-0.7226	-0.2922	0.7211	0.205	0.3956	0.1917	0.5986	-0.7835	-0.6928	-0.1425	-0.6282	0.3763	0.4983	0.0497	0.351	-0.0514	0.101	0.3738	-0.0502	0.5429	24.4637	10.6104	-9.2654
5	0.2202	-0.0164	-0.0478	0.0542	-0.0124	0.5148	-0.1254	-0.0712	-0.0596	0.0479	-0.1547	-0.6985	-0.1951	-0.0964	-0.0201	0.3438	-0.1356	0.0046	0.3122	-0.0126	0.4221	24.3105	19.9491	-9.0208
6	0.3584	-0.2065	-0.0595	0.3775	0.5199	0.3789	-0.0839	0.1375	0.2311	-0.1328	0.0992	0.1286	-0.394	-0.1423	-0.0008	0.3544	-0.0373	0.0007	0.2628	0.0153	0.2195	3.8505	14.2683	-12.3496
7	0.2922	-0.0653	-0.3102	0.1186	-0.1371	0.2764	-0.142	-0.1081	0.2622	0.5152	0.1319	0.1176	-0.1496	-0.4477	-0.0011	0.2828	0.0715	0.0152	0.2782	-0.0169	0.3059	-11.6244	4.8418	0.2824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 31 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 62 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 75 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 76 through 96 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 97 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 121 through 138 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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