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万見
- PDB-5hs3: Human thymidylate synthase complexed with dUMP and 3-amino-2-benz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hs3
タイトルHuman thymidylate synthase complexed with dUMP and 3-amino-2-benzoyl-4-methylthieno[2,3-b]pyridin-6-ol
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / nhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / thymidylate synthase / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / methylation / mitochondrial inner membrane / negative regulation of translation / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KI3 / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.103 Å
データ登録者Chen, D. / Almqvist, H. / Axelsson, H. / Jafari, R. / Mateus, A. / Haraldsson, M. / Larsson, A. / Artursson, P. / Molina, D.M. / Lundback, T. / Nordlund, P.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Nanyang Technological UniversityM060080004.70301200 シンガポール
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: CETSA screening identifies known and novel thymidylate synthase inhibitors and slow intracellular activation of 5-fluorouracil
著者: Almqvist, H. / Axelsson, H. / Jafari, R. / Chen, D. / Mateus, A. / Haraldsson, M. / Larsson, A. / Molina, D.M. / Artursson, P. / Lundback, T. / Nordlund, P.
履歴
登録2016年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Database references
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
E: Thymidylate synthase
F: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,70415
ポリマ－199,0026
非ポリマー2,7029
水19811
1
A: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2355
ポリマ－66,3342
非ポリマー9013
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thymidylate synthase
F: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2355
ポリマ－66,3342
非ポリマー9013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Thymidylate synthase
E: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2355
ポリマ－66,3342
非ポリマー9013
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.202, 108.202, 313.931
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase / TSase


分子量: 33167.047 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 26-313 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Residue 1-25 deleted / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-KI3 / 3-amino-2-benzoyl-4-methylthieno[2,3-b]pyridin-6-ol


分子量: 284.333 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H12N2O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 15% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 34749 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.9 % / Net I/σ(I): 15.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HVY

1hvy


解像度: 3.103→28.106 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2684 1664 4.83 %
Rwork0.1798 --
obs0.1843 34453 99.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.103→28.106 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13594 0 180 11 13785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01414149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09619201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3715303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062024
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1029-3.19410.3791610.24312648X-RAY DIFFRACTION99
3.1941-3.2970.30131380.22342689X-RAY DIFFRACTION100
3.297-3.41470.32951240.23252690X-RAY DIFFRACTION100
3.4147-3.55120.31661260.2152707X-RAY DIFFRACTION100
3.5512-3.71240.25421360.19332723X-RAY DIFFRACTION100
3.7124-3.90770.30381280.18332702X-RAY DIFFRACTION100
3.9077-4.15180.25281220.17462744X-RAY DIFFRACTION100
4.1518-4.47120.2271470.15562719X-RAY DIFFRACTION100
4.4712-4.9190.21661430.14832741X-RAY DIFFRACTION99
4.919-5.62580.28041130.17652780X-RAY DIFFRACTION99
5.6258-7.06920.29141700.19022757X-RAY DIFFRACTION99
7.0692-28.1070.24081560.15052889X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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