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- PDB-5hrm: Crystal structure of phosphotriesterase from Sphingobium sp. TCM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hrm
タイトルCrystal structure of phosphotriesterase from Sphingobium sp. TCM1
要素Haloalkylphosphorus hydrolase
キーワードHYDROLASE / Phosphotriesterase / beta-propeller / organophosphate degradation
機能・相同性hydrolase activity / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / metal ion binding / : / Haloalkylphosphorus hydrolase
機能・相同性情報
生物種Sphingobium sp. TCM1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.051 Å
データ登録者Mabanglo, M.F. / Raushel, F.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-14-1-0004 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structure of a Novel Phosphotriesterase from Sphingobium sp. TCM1: A Familiar Binuclear Metal Center Embedded in a Seven-Bladed beta-Propeller Protein Fold.
著者: Mabanglo, M.F. / Xiang, D.F. / Bigley, A.N. / Raushel, F.M.
履歴
登録2016年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22016年8月3日Group: Database references
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkylphosphorus hydrolase
B: Haloalkylphosphorus hydrolase
C: Haloalkylphosphorus hydrolase
D: Haloalkylphosphorus hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,41312
ポリマ－217,9744
非ポリマー4408
水17,042946
1
A: Haloalkylphosphorus hydrolase
B: Haloalkylphosphorus hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,2076
ポリマ－108,9872
非ポリマー2204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4910 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area34420 Å2
手法PISA
2
C: Haloalkylphosphorus hydrolase
D: Haloalkylphosphorus hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,2076
ポリマ－108,9872
非ポリマー2204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area34700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.977, 91.273, 96.328
Angle α, β, γ (deg.)78.900, 73.600, 89.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Haloalkylphosphorus hydrolase


分子量: 54493.453 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 88-583 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingobium sp. TCM1 (バクテリア)
遺伝子: had / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A077JBW9
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 946 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.04 M citric acid, 0.06 M Bis-Tris propane pH 6.4 and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.100032 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.100032 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.051→50 Å / Num. obs: 118898 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 14.8 % / Biso Wilson estimate: 28.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.307 / Net I/av σ(I): 27 / Net I/σ(I): 6.5 / Num. measured all: 502450
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / CC1/2: 0.953 / Rpim(I) all: 0.126 / Rrim(I) all: 0.485 / Χ2: 1.057 / Rejects: 0 / % possible all: 95.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.77 Å47.71 Å
Translation6.77 Å47.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1108精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Undeposited coords

解像度: 2.051→28.925 Å / FOM work R set: 0.8622 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2092 1998 1.68 %Random selection
Rwork0.1735 116900 --
obs0.1741 118898 97.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 106.22 Å2 / Biso mean: 41.57 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.051→28.925 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14994 0 8 947 15949
Biso mean--31.86 44.86 -
残基数----1978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01715373
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3720920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1062298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072795
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4655640
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0506-2.10180.23961330.19948134826794
2.1018-2.15860.23481410.19068242838397
2.1586-2.22210.23341460.18728286843297
2.2221-2.29380.24381360.19548398853497
2.2938-2.37580.24721400.19078324846497
2.3758-2.47080.24831490.19538360850997
2.4708-2.58320.26171440.18748363850797
2.5832-2.71930.23631380.1958372851098
2.7193-2.88960.24011540.18698447860198
2.8896-3.11240.23381420.18348360850298
3.1124-3.42520.22361430.17438433857698
3.4252-3.91980.17241470.16138387853498
3.9198-4.93450.14761440.14458377852198
4.9345-28.92820.20611410.1658417855898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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