PDB-5hr6: X-ray crystal structure of C118A RlmN with cross-linked tRNA puri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hr6

タイトル

X-ray crystal structure of C118A RlmN with cross-linked tRNA purified from Escherichia coli

要素

RlmN methylase
tRNA Glu

キーワード

TRANSFERASE/RNA / protein-RNA complex / radical SAM enzyme / transfer RNA / iron-sulfur cluster / TRANSFERASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase / tRNA (adenine(37)-C2)-methyltransferase activity / rRNA (adenine(2503)-C2-)-methyltransferase activity / tRNA methylation / rRNA base methylation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / rRNA binding / response to antibiotic / metal ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Schwalm, E.L. / Grove, T.L. / Booker, S.J. / Boal, A.K.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
著者: Schwalm, E.L. / Grove, T.L. / Booker, S.J. / Boal, A.K.

履歴

登録	2016年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月27日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hr6.cif.gz	436.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hr6.ent.gz	352.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hr6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hr6_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hr6_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5hr6_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	5hr6_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/5hr6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/5hr6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hr7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hg5-1 5hr7-1 5hr7-2 2xrc-1 2xrc-4 4hg5-2 7ds2-d 3lk4-2 4gsu-d 3aa6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (2) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (2) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (2)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (2)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RlmN methylase

C: tRNA Glu

B: RlmN methylase

D: tRNA Glu

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RlmN methylase

C: tRNA Glu

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RlmN methylase

D: tRNA Glu

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.664, 69.821, 149.298
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	RlmN methylase / 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase / 23S rRNA m2A2503 methyltransferase / Ribosomal ...23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase / 23S rRNA m2A2503 methyltransferase / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N / tRNA (adenine(37)-C(2))-methyltransferase / tRNA m2A37 methyltransferase 分子量: 45296.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZPW0, UniProt: P36979*PLUS
#2: RNA鎖	tRNA Glu 分子量: 21807.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 937521852

#1: タンパク質

RlmN methylase / 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase / 23S rRNA m2A2503 methyltransferase / Ribosomal ...

分子量: 45296.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZPW0, UniProt: P36979*PLUS

#2: RNA鎖

tRNA Glu

分子量: 21807.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 937521852

-
非ポリマー , 5種, 58分子

#3: 化合物	ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₁NO₂S
#4: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#5: 化合物	ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン分子量: 251.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₃
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, potassium chloride, magnesium chloride, Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→88.663 Å / Num. obs: 23364 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/av σ(I): 26.296 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Diffraction-ID	% possible all	R_merge(I) obs
2.85-2.9	6.8	1	99.6
2.9-2.95	6.8	1	99.9	0.971
2.95-3.01	6.7	1	99.5	0.822
3.01-3.07	6.8	1	100	0.635
3.07-3.14	6.8	1	99.5	0.575
3.14-3.21	6.8	1	100	0.512
3.21-3.29	6.8	1	99.6	0.446
3.29-3.38	6.8	1	99.8	0.352
3.38-3.48	6.7	1	99.5	0.298
3.48-3.59	6.6	1	99.7	0.259
3.59-3.72	6.6	1	99.9	0.232
3.72-3.87	6.4	1	99.7	0.197
3.87-4.04	6.2	1	99.3	0.163
4.04-4.26	6.1	1	99.7	0.142
4.26-4.52	5.9	1	99.2	0.123
4.52-4.87	5.8	1	99.3	0.106
4.87-5.36	5.7	1	99.7	0.099
5.36-6.14	5.7	1	100	0.099
6.14-7.73	5.6	1	99.8	0.09
7.73-88.663	5.1	1	99.2	0.066

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.88→88.663 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 24.292 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.659 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22811	1700	4.1 %	RANDOM
R_work	0.18175	-	-	-
obs	0.18365	39727	98.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.823 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.52 Å²	0 Å²	0.56 Å²
2-	-	1.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.88→88.663 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5572	2845	76	46	8539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.016	8926
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	1.708	12721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.178	3	16008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.899	5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.694	23.955	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.107	15	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.056	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.824	5.387	2836
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.824	5.386	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.738	8.073	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.737	8.075	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.978	6.475	6090
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.977	6.474	6089
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.171	9.643	9160
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.429	54.837	10795
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.428	54.843	10786
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.878→2.952 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	121	-
R_work	0.288	2724	-
obs	-	-	92.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3098	-0.2124	-0.2264	0.3765	-0.193	0.908	0.0524	0.1113	0.0794	0.0263	-0.0745	-0.104	0.022	-0.1578	0.022	0.1501	-0.0167	0.0287	0.0986	0.0247	0.1133	-3.6642	-4.8395	55.6632
2	0.6415	-0.2083	-0.6556	0.2251	-0.1116	1.3859	0.084	0.2917	0.04	0.0234	-0.1703	-0.064	-0.1098	-0.1433	0.0863	0.1598	0.0212	0.042	0.2928	0.0522	0.0563	8.2441	-5.1174	23.9491
3	0.2989	0.2931	-0.0946	0.4478	-0.0944	0.9931	-0.0301	-0.0407	-0.024	0.0263	0.0068	-0.1471	0.0118	-0.1488	0.0233	0.1336	0.0395	-0.0248	0.0745	0.0042	0.1453	40.7832	-3.3133	18.8936
4	0.6838	0.4046	0.7718	0.3656	0.2241	1.3314	0.1348	-0.183	-0.009	0.0354	-0.1777	-0.0164	0.1381	-0.0905	0.043	0.1152	0.037	-0.0328	0.3201	0.0453	0.0291	52.7756	-2.3013	50.318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 371
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	2 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	18 - 371
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 68

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 58分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 5種, 58分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 5種, 58分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)