[日本語] English
万見
- PDB-5hr5: Bovine Heart 6-Phosphofructo-2-Kinase/Fructose-2,6-Bisphosphatase... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hr5
タイトルBovine Heart 6-Phosphofructo-2-Kinase/Fructose-2,6-Bisphosphatase (PFKFB2)
要素6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 2
キーワードHydrolase / Transferase / Bovine PFKFB2
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase activity / fructose 2,6-bisphosphate metabolic process / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase / fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase activity / fructose metabolic process / glycolytic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-2,6-bisphosphatase / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily ...Fructose-2,6-bisphosphatase / 6-phosphofructo-2-kinase / 6-phosphofructo-2-kinase / Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase, active site / Phosphoglycerate mutase family phosphohistidine signature. / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / CITRATE ANION / 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Crochet, R.B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of heart 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase (PFKFB2) and the inhibitory influence of citrate on substrate binding.
著者: Crochet, R.B. / Kim, J.D. / Lee, H. / Yim, Y.S. / Kim, S.G. / Neau, D. / Lee, Y.H.
履歴
登録2016年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9625
ポリマ－60,9971
非ポリマー9654
水9,098505
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.116, 169.482, 85.254
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1163-

HOH

21A-1195-

HOH

31A-1205-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase 2 / PFK/FBPase 2 / 6PF-2-K/Fru-2 / 6-P2ase heart-type isozyme


分子量: 60997.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart / 遺伝子: PFKFB2 / プラスミド: pET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3
参照: UniProt: P26285, 6-phosphofructo-2-kinase, fructose-2,6-bisphosphate 2-phosphatase
#3: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 508分子

#2: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1:1 mixture of protein sample to a mother liquor, pH 7.5 100mM HEPES, pH 7.0 0.5% tacsimate, 13-16% polyethylene glycol 3350, and 3% dioxane.

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.381 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.381 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→46.54 Å / Num. obs: 52151 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 10.9 % / Net I/σ(I): 2.62

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10pre_2100)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K6M

1k6m


解像度: 1.82→10 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1618 2642 5.06 %
Rwork0.1386 --
obs0.1398 49160 97.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3461 0 62 505 4028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0994874
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.091364
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8196-1.85270.17681040.17412061X-RAY DIFFRACTION78
1.8527-1.88830.21661250.15712260X-RAY DIFFRACTION86
1.8883-1.92690.1871120.14912398X-RAY DIFFRACTION91
1.9269-1.96880.16941280.14982554X-RAY DIFFRACTION95
1.9688-2.01460.16231320.13772589X-RAY DIFFRACTION98
2.0146-2.06490.19251640.13672625X-RAY DIFFRACTION100
2.0649-2.12080.16331560.1342657X-RAY DIFFRACTION100
2.1208-2.18320.1621500.12842659X-RAY DIFFRACTION100
2.1832-2.25360.15631380.12612643X-RAY DIFFRACTION100
2.2536-2.33420.16091580.12342648X-RAY DIFFRACTION100
2.3342-2.42760.15551460.12422688X-RAY DIFFRACTION100
2.4276-2.53810.16351300.13252682X-RAY DIFFRACTION100
2.5381-2.67190.16461420.132675X-RAY DIFFRACTION100
2.6719-2.83930.16551520.13992664X-RAY DIFFRACTION100
2.8393-3.05850.17541460.14152692X-RAY DIFFRACTION100
3.0585-3.36620.15131420.14322693X-RAY DIFFRACTION100
3.3662-3.85310.15021590.13632700X-RAY DIFFRACTION100
3.8531-4.85370.13331350.12392760X-RAY DIFFRACTION100
4.8537-100.18491230.16932876X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32670.01540.11020.31490.29230.3054-0.00880.00930.06390.0275-0.0450.1649-0.1289-0.0871-0.00290.1265-0.0048-0.01050.1419-0.00610.148626.446246.003821.215
20.54630.2907-0.13480.74530.12290.7514-0.03350.0390.0039-0.0008-0.04280.19710.0711-0.1812-0.01520.1079-0.032-0.00950.186-0.02680.170616.049833.803720.5209
30.0115-0.02860.01910.0784-0.05090.06630.0852-0.4638-0.09010.2315-0.13380.1236-0.0463-0.00550.00430.2458-0.08550.0650.3189-0.01110.206119.11128.523240.2439
40.29070.0832-0.00770.4337-0.0080.2281-0.01760.0541-0.05020.0513-0.01510.03090.05270.003400.0904-0.00450.01350.1426-0.00610.123534.175237.711423.5628
50.7225-0.05530.19310.38790.44950.6129-0.0511-0.15770.01330.10940.0271-0.0449-0.11920.0527-0.01190.15230.0037-0.00830.1333-0.00680.127938.467869.78243.3581
60.48210.0314-0.06231.02010.13360.9816-0.00090.01680.0136-0.1036-0.03330.1186-0.1079-0.1171-0.01010.11020.018-0.00880.1017-0.01340.107329.568266.904131.0966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 66 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 67 through 161 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 162 through 199 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 200 through 256 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 257 through 315 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 316 through 451 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る