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万見
- PDB-5hr3: Crystal structure of thioredoxin N106A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hr3
タイトルCrystal structure of thioredoxin N106A mutant
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin / thiol redox-reactions
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / ETHANOL / Thioredoxin / Thioredoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.101 Å
データ登録者Noguera, M.E. / Vazquez, D.S. / Howard, E.I. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Santos, J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural variability of E. coli thioredoxin captured in the crystal structures of single-point mutants.
著者: Noguera, M.E. / Vazquez, D.S. / Ferrer-Sueta, G. / Agudelo, W.A. / Howard, E. / Rasia, R.M. / Manta, B. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Santos, J.
履歴
登録2016年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
B: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9308
ポリマ－23,5512
非ポリマー3796
水3,369187
1
A: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9494
ポリマ－11,7761
非ポリマー1733
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9814
ポリマ－11,7761
非ポリマー2063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.238, 33.124, 47.185
Angle α, β, γ (deg.)75.750, 88.850, 68.830
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 2:57 or resseq 59:72 or resseq 74:103 or resseq 105:108))
21(chain B and (resseq 2:57 or resseq 59:72 or resseq 74:103 or resseq 105:108))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLYSLYS(chain A and (resseq 2:57 or resseq 59:72 or resseq 74:103 or resseq 105:108))AA2 - 573 - 58
12ASNASNILEILE(chain A and (resseq 2:57 or resseq 59:72 or resseq 74:103 or resseq 105:108))AA59 - 7260 - 73
13GLYGLYLEULEU(chain A and (resseq 2:57 or resseq 59:72 or resseq 74:103 or resseq 105:108))AA74 - 10375 - 104
14ALAALAALAALA(chain A and (resseq 2:57 or resseq 59:72 or resseq 74:103 or resseq 105:108))AA105 - 108106 - 109
21ASPASPLYSLYS(chain B and (resseq 2:57 or resseq 59:72 or resseq 74:103 or resseq 105:108))BB2 - 573 - 58
22ASNASNILEILE(chain B and (resseq 2:57 or resseq 59:72 or resseq 74:103 or resseq 105:108))BB59 - 7260 - 73
23GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 2:57 or resseq 59:72 or resseq 74:103 or resseq 105:108))BB74 - 10375 - 104
24ALAALAALAALA(chain B and (resseq 2:57 or resseq 59:72 or resseq 74:103 or resseq 105:108))BB105 - 108106 - 109

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 11775.557 Da / 分子数: 2 / 変異: N106A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA, BN17_37301, ECs4714 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SKR2, UniProt: P0AA25*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.66 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The drop was a 1:1 mix of protein (10 mg/ml, in water) and reservoir solution (100 mM sodium acetate, 4 mM CuSO4, 25 % ethanol, pH 4.25)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9202 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→16.227 Å / Num. obs: 59930 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 10.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 1.067 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 117251
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.1-1.141.90.24257571.08389.2
1.14-1.181.90.18658321.07591
1.18-1.2420.15859201.07591.9
1.24-1.320.13559921.0792.9
1.3-1.3920.10660161.0693
1.39-1.4920.08360761.07194.6
1.49-1.6420.06161311.04394.7
1.64-1.8820.04661611.04695.6
1.88-2.3720.0362121.08596.1
2.37-501.90.02258331.06590.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_2247精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KEB

1keb


解像度: 1.101→16.227 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 15.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1634 3032 5.06 %Random selection
Rwork0.1419 56885 --
obs0.143 59917 92.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.86 Å2 / Biso mean: 17.0237 Å2 / Biso min: 6.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.101→16.227 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1626 0 26 187 1839
Biso mean--25.28 24.69 -
残基数----214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2032293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.822623
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1189X-RAY DIFFRACTION6.144TORSIONAL
12B1189X-RAY DIFFRACTION6.144TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.101-1.1180.20161300.1912271240182
1.118-1.13630.20311260.18492505263190
1.1363-1.15590.1891250.16442509263491
1.1559-1.17690.17871170.15912605272291
1.1769-1.19950.19451400.15082535267592
1.1995-1.2240.17931340.1482625275992
1.224-1.25060.17061350.14812519265492
1.2506-1.27970.17821350.14162594272992
1.2797-1.31170.19121330.14082615274893
1.3117-1.34710.16081330.12862605273893
1.3471-1.38680.17161340.13132596273093
1.3868-1.43150.14711530.12812636278995
1.4315-1.48260.15831490.12512630277994
1.4826-1.54190.15011130.12692650276394
1.5419-1.61210.14841480.12542636278495
1.6121-1.6970.15211470.13032659280696
1.697-1.80320.17541700.13522638280896
1.8032-1.94220.14531370.13532676281395
1.9422-2.13720.17581430.13332654279796
2.1372-2.44560.15641600.13182699285997
2.4456-3.07770.16191520.14812708286098
3.0777-16.22840.15671180.15682320243883

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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