PDB-5hqw: Crystal structure of a trans-AT PKS dehydratase domain of C0ZGQ6 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hqw

タイトル

Crystal structure of a trans-AT PKS dehydratase domain of C0ZGQ6 from Brevibacillus brevis

要素

Putative polyketide synthase

キーワード

LYASE / polyketide / dehydratase / trans-AT / PKS

機能・相同性

機能・相同性情報

DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Brevibacillus brevis (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Hauswirth, P. / Dilmi, J. / Herbst, D.A. / Maier, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structures of Dehydratase Domains from trans AT Polyketide Biosynthetic Pathway.
著者: Jakob, R.P. / Herbst, D.A. / Muller, R. / Maier, T.

履歴

登録	2016年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.2	2018年11月14日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hqw.cif.gz	329.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hqw.ent.gz	275.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kg9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bp2-4 5il6-d 5bp2-1 5bp2-2 5bp3-2 5bp2-3 5bp3-1 4ln9-d 4cvy-2 3bct-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative polyketide synthase

B: Putative polyketide synthase

ヘテロ分子

72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.010, 63.280, 124.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative polyketide synthase 分子量: 36420.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevibacillus brevis (strain 47 / JCM 6285 / NBRC 100599) (バクテリア) 株: 47 / JCM 6285 / NBRC 100599 / 遺伝子: BBR47_39880 / プラスミド: pNIC28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: C0ZGQ6, 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M MgCl and CaCl2, 0.05 M Bicine pH 8.5, Tris/HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→62.035 Å / Num. obs: 24881 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.39→2.53 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2131: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KG9

3kg9

解像度: 2.39→62.035 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	1244	5 %
R_work	0.2105	-	-
obs	0.2118	24881	97.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→62.035 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4298	0	1	124	4423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4400
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.634	5984
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.155	2641
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	687
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	775

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3901-2.4858	0.3808	137	0.3405	2596	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4858-2.5989	0.3227	138	0.3011	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5989-2.7359	0.2909	139	0.2533	2634	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7359-2.9073	0.2765	134	0.243	2559	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9073-3.1318	0.2308	140	0.222	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1318-3.447	0.2574	139	0.2002	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
3.447-3.9457	0.1996	136	0.1882	2607	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9457-4.9708	0.1627	139	0.1602	2628	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9708-62.035	0.2621	142	0.2156	2693	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0694	4.9552	8.84	7.4812	6.4504	2.1044	0.0344	0.5119	-0.7165	-0.2184	-0.1291	-0.6833	0.1401	0.1267	0.1302	0.2875	-0.0075	0.0921	0.4272	-0.024	0.4573	0.4802	59.6313	285.8584
2	1.3932	0.167	0.2707	3.1115	1.6063	1.6159	0.0174	0.1549	0.0784	-0.1595	-0.0191	-0.0338	-0.1158	-0.0565	-0.0142	0.2027	-0.0066	0.0299	0.2513	0.0645	0.4434	-0.9785	72.9463	299.5928
3	4.7107	-1.872	3.7976	6.0003	0.5417	2.1288	-0.03	-0.4559	0.2249	0.4466	0.3345	0.4981	-0.0027	-0.5368	-0.4044	0.2581	-0.0034	-0.0022	0.3121	0.0209	0.5452	-7.9598	80.5255	306.059
4	5.7793	-3.4292	4.3451	9.0378	-7.2456	2.2841	-0.0978	0.0574	-0.2329	0.7557	-0.3281	-0.5842	-0.8474	0.4847	0.4559	0.4703	0.0177	0.0301	0.2994	-0.0277	0.459	-6.3722	78.6079	302.8735
5	4.834	-1.0505	-2.1861	5.3102	0.8528	7.0137	0.0826	1.3287	-0.0825	-1.166	-0.5143	-0.2183	0.3107	-0.4799	0.4326	0.6426	0.0576	0.0276	0.7942	-0.0858	0.6192	1.2857	51.8459	267.1113
6	7.6946	-1.4582	0.2728	7.7604	1.5664	4.1036	-0.0374	0.9792	-0.9841	-1.0477	-0.2991	1.3821	0.7758	-0.6096	0.3417	0.6391	-0.0291	-0.0104	0.9165	-0.37	0.7957	-7.0367	46.6046	270.1838
7	5.3213	-0.7865	-0.8639	5.4953	-1.1576	6.9838	-0.0546	1.8191	0.2474	-1.2629	0.3927	1.2747	0.1626	-1.3438	-0.3689	0.6797	-0.1187	-0.1891	1.5522	-0.176	0.9529	-10.8465	54.2957	264.3842
8	2.7986	-0.5003	0.6785	5.4048	1.1554	4.5414	0.5078	1.5004	-1.3328	-1.5767	-0.3322	0.4295	0.7756	0.0755	-0.0525	1.7424	0.3352	0.0331	1.4357	-0.435	1.2389	8.6708	31.5112	253.4852
9	2.0089	-1.0511	-1.0647	7.5253	-2.8195	5.0379	0.2901	1.3511	-0.6672	-1.1838	-0.096	-0.5761	0.7163	0.5597	-0.1798	1.1214	0.2257	0.2189	0.9753	-0.2078	0.8638	9.4002	41.2753	262.8671
10	8.0624	-2.0088	-1.4665	5.8517	-0.0292	1.6799	0.2178	0.9222	-0.3109	-0.0804	-0.487	1.7277	1.2118	-0.0376	0.1294	1.2087	-0.2018	0.2446	1.0915	-0.6345	1.6647	-3.6497	35.645	262.107
11	5.0212	-2.3163	-1.2493	6.1562	-2.1664	1.7805	0.5715	1.8305	-1.1059	-1.2022	-0.5641	2.0472	1.9288	-0.3836	0.0876	1.4858	0.2652	-0.2194	1.7	-0.5905	1.6823	-2.7631	29.7471	254.4508
12	7.2479	-3.8914	0.5142	9.4105	-3.6776	3.9285	0.3172	1.8636	-2.1397	-0.7752	-1.2268	1.1023	1.8667	0.08	0.8775	1.7044	0.3033	0.1205	1.1766	-0.6017	1.6695	2.7146	29.3144	263.0959

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2214 through 2237 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 2238 through 2449 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 2450 through 2481 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 2482 through 2500 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2214 through 2271 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2272 through 2320 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2321 through 2339 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2340 through 2402 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 2403 through 2426 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2427 through 2452 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2453 through 2475 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 2476 through 2495 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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