[日本語] English
万見
- PDB-5hqd: Acoustic injectors for drop-on-demand serial femtosecond crystall... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hqd
タイトルAcoustic injectors for drop-on-demand serial femtosecond crystallography
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEINASE / XFEL
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / : / Peptidase M4, C-terminal / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / : / Peptidase M4, C-terminal / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutral metalloproteinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Roesser, C.G. / Agarwal, R. / Allaire, M. / Alonso-Mori, R. / Andi, B. / Bachega, J.F.R. / Bommer, M. / Brewster, A.S. / Browne, M.C. / Chatterjee, R. ...Roesser, C.G. / Agarwal, R. / Allaire, M. / Alonso-Mori, R. / Andi, B. / Bachega, J.F.R. / Bommer, M. / Brewster, A.S. / Browne, M.C. / Chatterjee, R. / Cho, E. / Cohen, A.E. / Cowan, M. / Datwani, S. / Davidson, V.L. / Defever, J. / Eaton, B. / Ellson, R. / Feng, Y. / Ghislain, L.P. / Glownia, J.M. / Han, G. / Hattne, J. / Hellmich, J. / Heroux, A. / Ibrahim, M. / Kern, J. / Kuczewski, A. / Lemke, H.T. / Liu, P. / Majlof, L. / McClintock, W.M. / Myers, S. / Nelsen, S. / Olechno, J. / Orville, A.M. / Sauter, N.K. / Soares, A.S. / Soltis, M.S. / Song, H. / Stearns, R.G. / Tran, R. / Tsai, Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Wilmot, C.M. / Yachandra, V. / Yano, J. / Yukl, E.T. / Zhu, D. / Zouni, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)11-008 米国
National Institutes of HealthP41RR012408 米国
National Institutes of HealthP41GM103473 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Acoustic Injectors for Drop-On-Demand Serial Femtosecond Crystallography.
著者: Roessler, C.G. / Agarwal, R. / Allaire, M. / Alonso-Mori, R. / Andi, B. / Bachega, J.F. / Bommer, M. / Brewster, A.S. / Browne, M.C. / Chatterjee, R. / Cho, E. / Cohen, A.E. / Cowan, M. / ...著者: Roessler, C.G. / Agarwal, R. / Allaire, M. / Alonso-Mori, R. / Andi, B. / Bachega, J.F. / Bommer, M. / Brewster, A.S. / Browne, M.C. / Chatterjee, R. / Cho, E. / Cohen, A.E. / Cowan, M. / Datwani, S. / Davidson, V.L. / Defever, J. / Eaton, B. / Ellson, R. / Feng, Y. / Ghislain, L.P. / Glownia, J.M. / Han, G. / Hattne, J. / Hellmich, J. / Heroux, A. / Ibrahim, M. / Kern, J. / Kuczewski, A. / Lemke, H.T. / Liu, P. / Majlof, L. / McClintock, W.M. / Myers, S. / Nelsen, S. / Olechno, J. / Orville, A.M. / Sauter, N.K. / Soares, A.S. / Soltis, S.M. / Song, H. / Stearns, R.G. / Tran, R. / Tsai, Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Wilmot, C.M. / Yachandra, V. / Yano, J. / Yukl, E.T. / Zhu, D. / Zouni, A.
履歴
登録2016年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
置き換え2016年2月10日ID: 5F80
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 1.42022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6287
ポリマ－34,3621
非ポリマー2666
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area510 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.707, 92.707, 129.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-634-

HOH

21A-677-

HOH

31A-744-

HOH

41A-765-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Thermolysin


分子量: 34362.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
発現宿主: Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: V5IRV7
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: Batch crystallization 15% ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Ambient temp details: Acoustic specimen injector / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: XPP / 波長: 1.36 Å
検出器タイプ: CS-PAD XPP / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.36 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→80.3 Å / Num. obs: 11101 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 22 % / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.585 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
cctbx.xfelデータ削減
cctbx.xfelデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.52→80.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.835 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.751 / SU B: 11.94 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.752 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28803 564 4.8 %RANDOM
Rwork0.21876 ---
obs0.22218 11101 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.409 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0.03 Å2-0 Å2
2---0.07 Å2-0 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.52→80.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2431 0 6 269 2706
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192490
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5861.9223390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.07835036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4475315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7324.435124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.67115356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2151510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02623
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6111.3451263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6111.3451262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0772.0161577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0762.0161578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4941.3761227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4931.3771228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8562.0491814
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.41211.2593518
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.2911.2633460
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.585 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 38 -
Rwork0.268 807 -
obs--99.88 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る