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万見
- PDB-5hqb: A Glycoside Hydrolase Family 97 enzyme (E480Q) in complex with Pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hqb
タイトルA Glycoside Hydrolase Family 97 enzyme (E480Q) in complex with Panose from Pseudoalteromonas sp. strain K8
要素Alpha-glucosidase
キーワードHYDROLASE / glucoside hydrolase / Family 97 / chloride
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl-hydrolase 97, catalytic domain / Glycosyl-hydrolase 97, C-terminal oligomerisation domain / Glycosyl-hydrolase 97, N-terminal domain / : / Glycoside hydrolase 97 / Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal / Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Glycosyl-hydrolase 97, catalytic domain / Glycosyl-hydrolase 97, C-terminal oligomerisation domain / Glycosyl-hydrolase 97, N-terminal domain / : / Glycoside hydrolase 97 / Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal / Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Alpha-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoalteromonas sp. K8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Li, J. / He, C. / Xiao, Y.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of PspAG97A alpha-glucoside hydrolase reveal a novel mechanism for chloride induced activation.
著者: He, C. / Li, J. / Li, W. / Xue, Y. / Fang, Z. / Fang, W. / Zhang, X. / Wang, X. / Xiao, Y.
履歴
登録2016年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,81314
ポリマ－75,5741
非ポリマー1,23813
水16,448913
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.167, 119.167, 181.832
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-988-

HOH

21A-1705-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Alpha-glucosidase


分子量: 75574.344 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 20-680 / 変異: E480Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas sp. K8 (バクテリア)
プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Y0DFX2
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 925分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 913 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.06 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris-HCl (pH 6.5), 0.1M magnesium formate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 137668 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 19.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.699 / Net I/av σ(I): 15.067 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 838357
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.865.90.594135800.8190.2610.650.51799
1.86-1.946.30.479135560.8850.2040.5210.58899.3
1.94-2.036.20.326136390.9420.140.3550.55199.5
2.03-2.1360.249137050.9610.1090.2730.60399.6
2.13-2.275.90.194136360.9710.0860.2130.69999.4
2.27-2.446.30.151137500.9850.0640.1640.63599.8
2.44-2.696.20.12137770.9890.0520.1310.67799.8
2.69-3.0860.091138080.9920.040.0990.75499.7
3.08-3.886.20.073139830.9950.0320.080.944100
3.88-405.90.065142340.9950.0290.0721.01799.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HQ4

5hq4


解像度: 1.8→39.291 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1553 6906 5.02 %
Rwork0.1365 130669 -
obs0.1374 137575 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.54 Å2 / Biso mean: 24.1053 Å2 / Biso min: 10.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→39.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5278 0 77 913 6268
Biso mean--38.89 38.77 -
残基数----662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8537574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005981
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0813243
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8005-1.82090.26122220.24144258448098
1.8209-1.84230.23722360.21694303453999
1.8423-1.86480.21442180.19514327454599
1.8648-1.88840.20292270.18434287451499
1.8884-1.91330.2222280.18494288451699
1.9133-1.93950.20652020.181643404542100
1.9395-1.96720.16652180.150943384556100
1.9672-1.99650.15372360.14734317455399
1.9965-2.02770.1492310.147743014532100
2.0277-2.0610.16452080.145343554563100
2.061-2.09650.17332390.152743084547100
2.0965-2.13460.1642270.145543484575100
2.1346-2.17570.16362210.14284334455599
2.1757-2.22010.15672360.1354318455499
2.2201-2.26840.16071990.144443414540100
2.2684-2.32110.1422370.135343554592100
2.3211-2.37920.16442450.136543404585100
2.3792-2.44350.16692260.13943434569100
2.4435-2.51540.16292250.13943504575100
2.5154-2.59650.16722290.13543744603100
2.5965-2.68930.14542390.132243654604100
2.6893-2.7970.15092540.130743554609100
2.797-2.92420.13872310.12754350458199
2.9242-3.07830.15172290.125843784607100
3.0783-3.27110.15412560.12543914647100
3.2711-3.52350.13122460.118644044650100
3.5235-3.87780.14962210.118344474668100
3.8778-4.43830.14022410.10814396463799
4.4383-5.58920.11812350.114944704705100
5.5892-39.29990.16082440.16024588483298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5620.23740.03250.79520.14520.6828-0.09440.0445-0.0732-0.04640.04330.03370.1083-0.11920.04460.168-0.05220.01520.1072-0.0080.144342.7436-12.540914.7021
21.22410.50070.45561.28450.39782.289-0.11260.1999-0.09-0.32460.1088-0.2016-0.01350.11480.00310.2527-0.07580.0660.1302-0.01080.176167.65543.4343-6.5721
30.84830.039-0.25390.4948-0.06130.6614-0.04960.13590.1425-0.12070.07060.0266-0.1341-0.0995-0.02380.2146-0.0325-0.0340.10770.02550.152146.94715.98634.6615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 20 through 276)A20 - 276
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 586 through 681)A586 - 681
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and resid 277 through 585)A277 - 585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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