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Yorodumi- PDB-5hqb: A Glycoside Hydrolase Family 97 enzyme (E480Q) in complex with Pa... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hqb | |||||||||
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Title | A Glycoside Hydrolase Family 97 enzyme (E480Q) in complex with Panose from Pseudoalteromonas sp. strain K8 | |||||||||
Components | Alpha-glucosidase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / glucoside hydrolase / Family 97 / chloride | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pseudoalteromonas sp. K8 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Li, J. / He, C. / Xiao, Y. | |||||||||
Citation | Journal: J. Struct. Biol. / Year: 2016 Title: Structures of PspAG97A alpha-glucoside hydrolase reveal a novel mechanism for chloride induced activation. Authors: He, C. / Li, J. / Li, W. / Xue, Y. / Fang, Z. / Fang, W. / Zhang, X. / Wang, X. / Xiao, Y. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hqb.cif.gz | 301.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hqb.ent.gz | 238.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hqb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5hqb_validation.pdf.gz | 882 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5hqb_full_validation.pdf.gz | 883.5 KB | Display | |
Data in XML | 5hqb_validation.xml.gz | 34.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5hqb_validation.cif.gz | 54.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5hq4SC 5hqaC 5hqcC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules A
#1: Protein | Mass: 75574.344 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 20-680 / Mutation: E480Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudoalteromonas sp. K8 (bacteria) / Plasmid: pET22 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0Y0DFX2 |
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#2: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 7 types, 925 molecules
#3: Chemical | ChemComp-CA / | ||||||||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-MG / | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-FMT / | #8: Chemical | ChemComp-UNX / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.93 Å3/Da / Density % sol: 75.06 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1M Bis-Tris-HCl (pH 6.5), 0.1M magnesium formate dihydrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.987 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→40 Å / Num. obs: 137668 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 19.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.699 / Net I/av σ(I): 15.067 / Net I/σ(I): 4.3 / Num. measured all: 838357 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5HQ4 Resolution: 1.8→39.291 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 13.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.54 Å2 / Biso mean: 24.1053 Å2 / Biso min: 10.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→39.291 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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