PDB-5hpi: Crystal Structure of the Double Mutant of PobR Transcription Fact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hpi

タイトル

Crystal Structure of the Double Mutant of PobR Transcription Factor Inducer Binding Domain-3-Hydroxy Benzoic Acid complex from Acinetobacter

要素

p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor / ligand binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

3,4-dihydroxybenzoate metabolic process / : / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baylyi str. ADP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.963 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrejczak, R. / Jha, R. / Strauss, C.E.M. / Joachimiak, A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: A microbial sensor for organophosphate hydrolysis exploiting an engineered specificity switch in a transcription factor.
著者: Jha, R.K. / Kern, T.L. / Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Strauss, C.E.

履歴

登録	2016年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hpi.cif.gz	293.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hpi.ent.gz	240.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hpi_validation.pdf.gz	495 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hpi_full_validation.pdf.gz	506.6 KB	表示
XML形式データ	5hpi_validation.xml.gz	27 KB	表示
CIF形式データ	5hpi_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/5hpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/5hpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hpfSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1pui-1 5hpf-2 4dq7-1 3w30-1 1tzv-d 5hpf-1 5zob-1 6e3b-19 6e3b-10 6we2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

B: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

C: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

D: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

ヘテロ分子

81 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.490, 125.659, 156.673
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	p-hydroxybenzoate hydroxylase transcriptional activator 分子量: 19956.459 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 96-271 / 変異: delta-L141, L220V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baylyi str. ADP1 (バクテリア) 遺伝子: pobR, ACIAD1718 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q43992
#2: 化合物	ChemComp-3HB / 3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-ヒドロキシ安息香酸分子量: 138.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.44 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.0 M Lithium Sulfate, 2.0 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月25日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 16803 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 65.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 7.49
反射シェル	解像度: 2.95→3 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.827 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2104: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
SBC-Collect		データ収集
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBID 5HPF

5hpf

解像度: 2.963→49.013 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2579	817	4.91 %
R_work	0.1967	-	-
obs	0.1998	16651	95.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.963→49.013 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5439	0	77	13	5529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5638
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.977	7696
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.924	3407
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	930
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	988

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9625-3.1481	0.3114	138	0.2694	2318	X-RAY DIFFRACTION	85
3.1481-3.3911	0.3443	123	0.2506	2565	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3911-3.7323	0.2979	127	0.2169	2711	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7323-4.2721	0.2557	139	0.1898	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2721-5.3813	0.2276	152	0.1727	2721	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3813-49.0193	0.233	138	0.1773	2795	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0895	-0.7108	1.143	8.5943	0.4359	5.8061	-0.264	0.0361	0.2224	0.8858	-0.2203	0.934	0.3665	-1.0474	0.7277	0.473	-0.0376	0.0073	0.6283	-0.0664	0.4986	-51.3158	-14.9733	-13.4699
2	1.8161	-1.4702	0.6911	2.5557	-2.7859	7.3594	1.1393	-0.1801	-1.2525	0.2567	0.0778	1.5635	1.6483	-0.0733	-1.1699	1.0313	-0.0072	-0.2067	0.4997	0.1108	0.8829	-48.9233	-24.68	-14.4856
3	1.5223	-2.8511	-0.7157	8.1261	-2.9356	6.816	0.4952	0.1608	-1.033	-0.4164	0.7411	1.7664	0.4859	-1.1115	-0.3413	0.9894	-0.133	-0.0709	0.6751	0.1022	1.3672	-43.6157	-31.4073	-13.5289
4	5.11	-1.7445	0.7956	6.5647	0.2702	5.7349	0.06	-0.0133	-0.1057	-0.2493	0.0787	-0.3039	0.1766	0.082	-0.131	0.4192	-0.0119	0.0388	0.4028	0.0366	0.3298	-33.8589	-22.4067	-14.6736
5	3.9997	-2.1564	0.2184	4.3788	1.1059	5.1039	-0.103	-0.3924	-0.1539	0.5873	0.1058	-0.4164	0.3803	0.2887	-0.0034	0.5038	0.0148	0.018	0.4943	0.061	0.48	-17.5501	-25.2435	-32.7442
6	4.3078	-1.6898	-0.596	8.0441	3.6229	5.5461	-0.0749	0.145	-0.0828	-0.4316	0.0311	-0.2324	0.0432	0.067	0.0588	0.3996	0.0338	-0.0003	0.3859	0.0623	0.4438	-17.3463	-23.4662	-47.2789
7	4.3163	-0.534	-4.1969	3.8175	3.5416	6.8171	0.118	0.1922	-0.3349	-0.2669	-0.4102	-1.2627	0.0457	0.2352	-0.0373	0.5376	-0.0004	0.0287	0.4877	-0.043	0.5335	-17.8819	-0.0274	-27.103
8	4.8565	-0.0396	-1.8384	5.8306	0.1569	6.3357	0.4085	0.4448	0.6504	-0.9912	0.2516	-1.0115	-2.6268	0.6645	-0.4776	0.7527	0.0872	-0.1654	0.414	0.0315	0.5272	-17.705	8.6994	-27.9935
9	2.9642	1.0661	-3.9224	5.3056	3.0045	9.2733	1.334	0.3407	-0.3289	-0.2807	-0.3627	-1.5234	-2.0875	0.9112	-0.828	0.8555	0.0083	0.0237	0.6	-0.0738	0.7102	-20.9788	13.7904	-23.0586
10	4.7012	1.8394	-0.123	7.477	0.7118	6.1017	0.0223	-0.9761	0.7843	1.3426	0.0254	0.7764	0.1672	0.0988	-0.021	0.4992	0.0215	-0.0526	0.5143	-0.1073	0.366	-30.5462	10.6045	-9.108
11	6.0675	-1.0679	0.9776	4.409	1.0742	5.571	0.2231	-0.086	-0.0779	-0.1136	-0.0598	0.1298	0.0722	0.2015	-0.1223	0.4191	-0.0606	-0.0132	0.4531	0.0038	0.5036	-27.6074	0.851	-23.2884
12	9.0339	3.0644	0.6271	7.8522	2.4088	3.3383	-0.5872	-0.8051	-0.8062	-0.758	-1.3121	-0.398	-0.6262	0.6583	1.0961	0.4217	-0.0105	-0.063	0.5402	0.2636	0.6112	-31.8147	-1.1125	-63.8602
13	4.3124	-0.205	2.5101	4.7834	-0.4685	5.6333	-0.0414	0.216	0.9449	0.0593	-0.055	-0.3234	-0.9738	0.1457	0.2224	0.765	-0.0932	-0.0791	0.4044	0.0201	0.4825	-31.0864	8.5118	-60.8973
14	5.9421	2.1937	-1.1263	2.8642	1.7163	2.4454	-0.5251	1.3592	0.6148	-0.1952	0.1132	-0.6679	-1.0639	0.1088	0.2052	0.5594	-0.0441	0.1004	0.716	0.0922	0.7413	-13.9086	12.1782	-55.4162
15	6.0387	0.7588	-0.016	2.5169	1.3501	7.8396	-0.25	-0.3333	0.9277	2.0195	0.3011	-0.5477	-0.4634	0.9019	0.2107	0.6436	-0.0525	-0.0654	0.6506	-0.0375	0.6522	-13.9587	12.4094	-45.2688
16	6.3045	-1.169	-0.5409	3.6937	3.5913	3.5642	0.0907	0.2504	0.9739	-0.9359	0.0557	-0.6241	-0.3021	0.0812	-0.0359	0.5946	0.003	-0.0737	0.6583	0.0696	0.4915	-22.1699	4.999	-51.7218
17	5.7421	5.336	0.8235	8.6071	-2.6109	8.3003	-0.4238	-0.0049	-0.4519	0.0041	0.0399	1.212	0.1842	-0.1454	0.1714	0.3125	-0.0037	0.0323	0.4699	-0.0286	0.6232	-28.3936	-0.6844	-51.4809

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 96 through 113 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 159 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 160 through 271 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 99 through 159 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 160 through 271 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 97 through 123 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 124 through 143 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 144 through 159 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 160 through 207 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 208 through 271 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 96 through 113 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 114 through 143 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 149 through 181 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 182 through 207 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 208 through 233 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 234 through 271 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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