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- PDB-5hpd: Solution Structure of TAZ2-p53TAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hpd
タイトルSolution Structure of TAZ2-p53TAD
要素CREB-binding protein,Cellular tumor antigen p53 fusion protein
キーワードTRANSCRIPTION / intrinsically disordered protein / binding motif / transcriptional coactivator / protein-protein interaction / tumor suppressor / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription ...Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / TRAF6 mediated IRF7 activation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Attenuation phase / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / cAMP response element binding protein binding / Notch-HLH transcription pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / germ-line stem cell population maintenance / negative regulation of viral process / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / CD209 (DC-SIGN) signaling / peptide lactyltransferase (CoA-dependent) activity / outer kinetochore / negative regulation of interferon-beta production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / MRF binding / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / face morphogenesis / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / protein-lysine-acetyltransferase activity / T cell lineage commitment / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / mitochondrial DNA repair / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TFIIB-class transcription factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of execution phase of apoptosis / Transcriptional Regulation by VENTX / histone acetyltransferase complex / replicative senescence / cellular response to UV-C / general transcription initiation factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / : / Histone acetyltransferase p300-like, PHD domain / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / Zinc finger ZZ-type signature. / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellular tumor antigen p53 / Histone lysine acetyltransferase CREBBP
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Krois, A.S. / Ferreon, J.C. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA096865 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Recognition of the disordered p53 transactivation domain by the transcriptional adapter zinc finger domains of CREB-binding protein.
著者: Krois, A.S. / Ferreon, J.C. / Martinez-Yamout, M.A. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.02024年5月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein,Cellular tumor antigen p53 fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9074
ポリマ－17,7111
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10240 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CREB-binding protein,Cellular tumor antigen p53 fusion protein / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 17711.236 Da / 分子数: 1 / 断片: p53TAD, TAZ2 domain of CBP / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Crebbp, Cbp, TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) [DNAY]
参照: UniProt: P45481, UniProt: P04637, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
222isotropic13D 1H-13C NOESY
131isotropic23D HN(CA)CB
165isotropic23D 1H-15N TOCSY
2107isotropic13D 1H-13C NOESY
1115isotropic13D 1H-15N NOESY
2128isotropic13D 1H-13C NOESY
1136isotropic13D 1H-15N NOESY
2143isotropic23D (H)CCH-COSY
2154isotropic23D (H)CCH-COSY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.75 mM [U-13C; U-15N] TAZ2-p53TAD, 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2O1.5-2mM 15N labeled TAZ2-p53TAD fusion protein15N/13C_TAZ2-p53TAD_H2O90% H2O/10% D2O
solution21.75 mM [U-13C; U-15N] TAZ2-p53TAD, 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 1 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2O1.5-2mM 15N labeled TAZ2-p53TAD fusion protein15N/13C_TAZ2-p53TAD_D2O99% D2O, 1% H2O
solution31 mM [U-13C] TAZ2, 1 mM p53(13-37, 1 mM p53(38-61), 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 20 mM [U-2H] TRIS, 99% D2O, 1% H2OMixture of 13C TAZ2 with isolated p53TAD constructs (13-37 and 38-61)13C_TAZ2:p53(13-37/38-61)99% D2O, 1% H2O
solution41 mM TAZ2, 1 mM [U-13C] p53(13-37), 1 mM [U-13C] p53(38-61), 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2OMixture of TAZ2 with isolated 13C p53TAD constructs (13-37 and 38-61)13C_p53(13-37/38-61):TAZ299% D2O, 1% H2O
solution51 mM TAZ2, 1 mM [U-15N] p53(13-61), 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2OMixture of TAZ2 with isolated 15N p53TAD (residues 13-61)15N_p53(13-61):TAZ290% H2O/10% D2O
solution71 mM TAZ2, 1 mM [U-13C] p53(13-61), 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2OMixture of TAZ2 with isolated 13C p53TAD (residues 13-61)13C_p53(13-61):TAZ299% D2O, 1% H2O
solution61 mM [U-15N] TAZ2, 1 mM p53(13-61), 20 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 10 % [U-2H] D2O, 90% H2O/10% D2OMixture of 15N TAZ2 with isolated p53TAD (residues 13-61)15N_TAZ2:p53(13-61)90% H2O/10% D2O
solution81 mM [U-13C] TAZ2, 1 mM p53(13-61), 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 2 mM [U-2H] DTT, 99 % [U-2H] D2O, 99% D2O, 1% H2OMixture of 13C TAZ2 with isolated p53TAD (residues 13-61)13C_TAZ2:p53(13-61)99% D2O, 1% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.75 mMTAZ2-p53TAD[U-13C; U-15N]1
20 mMTRISnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
10 %D2O[U-2H]1
1.75 mMTAZ2-p53TAD[U-13C; U-15N]2
20 mMTRIS[U-2H]2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMDTT[U-2H]2
99 %D2O[U-2H]2
1 mMTAZ2[U-13C]3
1 mMp53(13-37natural abundance3
1 mMp53(38-61)natural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
2 mMDTT[U-2H]3
99 %D2O[U-2H]3
20 mMTRIS[U-2H]3
1 mMTAZ2natural abundance4
1 mMp53(13-37)[U-13C]4
1 mMp53(38-61)[U-13C]4
20 mMTRIS[U-2H]4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
2 mMDTT[U-2H]4
99 %D2O[U-2H]4
1 mMTAZ2natural abundance5
1 mMp53(13-61)[U-15N]5
20 mMTRISnatural abundance5
50 mMsodium chloridenatural abundance5
2 mMDTTnatural abundance5
10 %D2O[U-2H]5
1 mMTAZ2natural abundance7
1 mMp53(13-61)[U-13C]7
20 mMTRIS[U-2H]7
50 mMsodium chloridenatural abundance7
2 mMDTT[U-2H]7
99 %D2O[U-2H]7
1 mMTAZ2[U-15N]6
1 mMp53(13-61)natural abundance6
20 mMTRISnatural abundance6
50 mMsodium chloridenatural abundance6
2 mMDTTnatural abundance6
10 %D2O[U-2H]6
1 mMTAZ2[U-13C]8
1 mMp53(13-61)natural abundance8
20 mMTRIS[U-2H]8
50 mMsodium chloridenatural abundance8
2 mMDTT[U-2H]8
99 %D2O[U-2H]8
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mMH2O_conditions6.81 atm305 K
250 mMD2O_conditions6.4 pD1 atm305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRView5.0.4Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber12Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Initial structure generation, Refinement of CYANA structures
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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