PDB-5hnp: The structure of the kdo-capped saccharide binding subunit of the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hnp

タイトル

The structure of the kdo-capped saccharide binding subunit of the O-12 specific ABC transporter, Wzt

要素

ABC transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / O antigen export / carbohydrate binding subunit / ABC transporter

機能・相同性

abc- transporter (atp binding component) like domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Raoultella ornithinolytica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Mallette, E. / Mann, E. / Whitfield, C. / Kimber, M.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: The Klebsiella pneumoniae O12 ATP-binding Cassette (ABC) Transporter Recognizes the Terminal Residue of Its O-antigen Polysaccharide Substrate.
著者: Mann, E. / Mallette, E. / Clarke, B.R. / Kimber, M.S. / Whitfield, C.

履歴

登録	2016年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月16日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.3	2016年7月6日	Group: Other
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hnp.cif.gz	202.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hnp.ent.gz	164.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hnp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hnp_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hnp_full_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示
XML形式データ	5hnp_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	5hnp_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/5hnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/5hnp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hnoSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hno-2 1hes-d 5fpi-d 1bxx-d 3h85-d 4m6d-5 1upl-2 5z2m-2 5z8x-3 5z8x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC transporter

B: ABC transporter

ヘテロ分子

41.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.780, 104.070, 106.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ABC transporter 分子量: 20855.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Raoultella ornithinolytica (バクテリア) 遺伝子: TE10_19180 / プラスミド: pWQ284 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pEEM003) / 参照: UniProt: A0A0B5INH8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.19 % / 解説: Prisms up to 600 micrometers in length
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris.Cl pH 8.5, 0.3 M sodium acetate, 20% w/v PEG 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.03321 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 27614 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.5 Å² / CC_1/2: 0.803 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 20.06
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 7.52 % / R_merge(I) obs: 0.885 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HNO

5hno

解像度: 2.2→46.739 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.16 / 詳細: TLS employed. Hydrogen atoms in riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2189	1381	5 %	Random
R_work	0.1928	-	-	-
obs	0.1941	27604	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.739 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2505	0	1	201	2707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2547
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.889	3427
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.315	969
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	439

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2786	0.337	136	0.2931	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2786-2.3699	0.2582	136	0.2549	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3699-2.4777	0.2608	135	0.2335	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4777-2.6083	0.2572	137	0.2138	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6083-2.7717	0.2432	136	0.2193	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7717-2.9857	0.2591	137	0.2239	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9857-3.2861	0.2497	137	0.2023	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2861-3.7614	0.2016	139	0.1865	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7614-4.7383	0.1758	140	0.134	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7383-46.749	0.161	148	0.1625	2796	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7885	0.6671	-1.4215	0.9287	0.0121	2.3298	-0.3919	1.1806	0.3564	-1.2706	0.101	0.4619	-0.3127	-0.6682	-0.1911	0.777	-0.1495	-0.037	0.633	0.1796	0.0668	21.0418	-20.9969	-26.1758
2	0.9988	-0.3363	0.2041	3.9601	-3.9885	4.4033	-0.3041	0.3207	0.6707	-0.3257	0.0885	0.6921	-0.5344	-0.6663	-0.1591	0.2325	0.0178	-0.1504	0.2911	0.0272	0.3956	7.2495	-19.0089	-8.0335
3	2.9049	0.6543	-0.5508	2.1093	-0.0165	2.7834	-0.2318	0.4098	0.1646	-0.5209	0.1109	-0.0508	0.1634	-0.118	0.1106	0.2229	-0.0423	0.0078	0.173	0.0312	0.1358	23.1706	-22.8419	-12.2318
4	3.2001	-0.6727	-1.9675	3.411	1.6212	4.4258	-0.1045	0.5309	0.3161	-0.6689	-0.0305	-0.14	-0.1068	-0.1282	0.0092	0.3243	-0.0386	-0.0159	0.2795	0.1269	0.2425	25.0701	-17.6035	-17.0324
5	4.9947	0.6561	-1.6516	2.6518	1.6901	4.0903	0.2006	-0.7512	0.6367	0.2356	-0.1776	0.6615	-0.3388	-0.4807	-0.0521	0.1712	0.0152	0.0122	0.3188	-0.1553	0.5117	19.1682	-7.0754	8.4689
6	1.6216	-0.0577	0.1841	3.9664	1.5178	3.0957	0.0055	-0.4514	0.4452	0.2866	-0.1251	0.0735	-0.5146	0.3511	-0.0016	0.4037	-0.1033	-0.0397	0.387	-0.2102	0.4001	36.7057	7.1093	19.2637
7	4.8528	0.5973	1.2853	4.3524	1.8322	7.0701	0.021	-0.9475	-0.1823	0.7975	-0.0441	-0.0062	0.0106	0.0967	0.0403	0.2852	0.0179	0.0227	0.2836	-0.0319	0.1723	35.6653	-14.5948	15.4449
8	1.1691	-0.3073	0.4236	2.6758	1.48	2.8637	-0.0136	-0.5304	0.5225	0.2329	-0.2452	0.5243	-0.4224	-0.3561	0.0361	0.2865	-0.0014	0.073	0.3536	-0.231	0.4674	25.5463	1.1603	16.0916
9	0.3198	-0.1724	0.1817	4.5641	3.2217	4.1508	0.0542	-0.618	0.2159	0.6007	-0.1352	0.5298	0.0415	0.1936	0.1857	0.2557	-0.0412	0.1208	0.3722	-0.1503	0.2904	27.7064	-6.8587	16.864
10	0.6798	0.5061	0.0281	2.7743	0.562	2.87	-0.0581	-0.1055	0.5473	-0.0688	-0.322	0.6924	-0.9675	-0.1512	-0.0526	0.4172	0.0671	-0.082	0.2246	-0.1743	0.5442	28.4474	6.3831	11.8137
11	3.0932	1.7572	1.4193	4.3612	2.1518	3.6771	-0.0329	-0.0581	-0.0814	-0.0715	-0.0044	-0.0025	0.0645	0.0674	0.0002	0.0646	0.0254	0.033	0.1374	0.0123	0.1663	31.586	-18.3895	1.5435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 276:311 )	A	276 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 312:322 )	A	312 - 322
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 323:401 )	A	323 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 402:422 )	A	402 - 422
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 423:438 )	A	423 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 275:312 )	B	275 - 312
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 313:328 )	B	313 - 328
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 329:375 )	B	329 - 375
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 376:390 )	B	376 - 390
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 391:414 )	B	391 - 414
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 415:440 )	B	415 - 440

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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