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- PDB-5hnf: Crystal structure of pyrene- and phenanthrene-modified DNA in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hnf
タイトルCrystal structure of pyrene- and phenanthrene-modified DNA in complex with the BpuJ1 endonuclease binding domain
要素
  • DNA (5'-D(*GP*(YPE)P*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*(YPF)P*C)-3')
  • Restriction endonuclease R.BpuJI
キーワードHYDROLASE / Phenanthrene / Pyrene / DNA / Endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2080 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2090 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #180 / Restriction endonuclease, type II, BpuJI, N-terminal / Protein NO VEIN, C-terminal / Restriction endonuclease BpuJI - N terminal / Protein NO VEIN, C-terminal / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease R.BpuJI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.546 Å
データ登録者Probst, M. / Aeschimann, W. / Chau, T.-T.-H. / Langenegger, S.M. / Stocker, A. / Haener, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural insight into DNA-assembled oligochromophores: crystallographic analysis of pyrene- and phenanthrene-modified DNA in complex with BpuJI endonuclease.
著者: Probst, M. / Aeschimann, W. / Chau, T.T. / Langenegger, S.M. / Stocker, A. / Haner, R.
履歴
登録2016年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Restriction endonuclease R.BpuJI
L: DNA (5'-D(*GP*(YPE)P*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*(YPF)P*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6343
ポリマ－40,6343
非ポリマー00
水8,629479
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.723, 59.278, 44.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-419-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Restriction endonuclease R.BpuJI


分子量: 33766.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: bpuJIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3FMN7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*(YPE)P*AP*CP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*A)-3')


分子量: 3470.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*GP*TP*(YPF)P*C)-3')


分子量: 3397.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Ammonium citrate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.546→43.93 Å / Num. obs: 61076 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.17 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 3.12 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VLA

2vla


解像度: 1.546→43.93 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 19.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1955 5615 5 %
Rwork0.1706 --
obs0.1719 61042 91.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.546→43.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2319 460 0 479 3258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112906
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2364000
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6121122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5464-1.56390.26041430.25112690X-RAY DIFFRACTION68
1.5639-1.58230.29251860.2473465X-RAY DIFFRACTION90
1.5823-1.60160.29841880.25053549X-RAY DIFFRACTION91
1.6016-1.62190.2861810.23273478X-RAY DIFFRACTION91
1.6219-1.64330.22991830.22943575X-RAY DIFFRACTION92
1.6433-1.66580.27491810.22063496X-RAY DIFFRACTION91
1.6658-1.68960.2421940.21323604X-RAY DIFFRACTION91
1.6896-1.71480.23681810.21373538X-RAY DIFFRACTION92
1.7148-1.74160.251850.21083537X-RAY DIFFRACTION91
1.7416-1.77010.22151890.20323546X-RAY DIFFRACTION92
1.7701-1.80070.20781800.19433473X-RAY DIFFRACTION90
1.8007-1.83340.19621780.18653501X-RAY DIFFRACTION90
1.8334-1.86870.20581860.18553457X-RAY DIFFRACTION90
1.8687-1.90680.21721810.1823483X-RAY DIFFRACTION89
1.9068-1.94830.22091840.18143410X-RAY DIFFRACTION90
1.9483-1.99360.17912030.16953732X-RAY DIFFRACTION95
1.9936-2.04350.20271900.16193645X-RAY DIFFRACTION95
2.0435-2.09870.17911940.16463691X-RAY DIFFRACTION95
2.0987-2.16050.18791900.16073665X-RAY DIFFRACTION96
2.1605-2.23020.19761930.16993709X-RAY DIFFRACTION96
2.2302-2.30990.2221960.16683717X-RAY DIFFRACTION95
2.3099-2.40240.22021960.16883613X-RAY DIFFRACTION95
2.4024-2.51170.19551950.17153651X-RAY DIFFRACTION94
2.5117-2.64410.19991970.1693755X-RAY DIFFRACTION96
2.6441-2.80970.2091950.16723686X-RAY DIFFRACTION96
2.8097-3.02660.20421860.16743579X-RAY DIFFRACTION93
3.0266-3.33110.1871740.15043356X-RAY DIFFRACTION86
3.3311-3.81290.1671860.14513554X-RAY DIFFRACTION92
3.8129-4.80290.14171940.14993819X-RAY DIFFRACTION98
4.8029-43.94760.17222060.16333784X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1377-0.2396-0.03320.80220.04690.7874-0.0518-0.1923-0.06460.07480.0346-0.0820.00830.1457-0.0020.08920.0125-0.00120.13050.01020.1056-20.6311-31.727830.9002
20.6301-0.4904-0.00910.4490.07880.4560.03250.0750.0921-0.0509-0.0388-0.0007-0.13430.0231-0.10710.11260.00090.00370.06720.00410.082-32.343-19.562817.0798
30.8898-0.3408-0.14270.484-0.13190.4093-0.00520.1182-0.0623-0.0402-0.04040.0629-0.0213-0.0998-0.01190.12140.012-0.01970.1198-0.00250.101-39.458-24.366515.8277
40.2544-0.09620.22940.35740.00670.23310.003-0.01850.34280.09920.0042-0.0231-0.07460.1259-0.00530.1253-0.0225-0.02150.13780.00270.1963-16.1677-14.429824.231
50.206-0.2253-0.00950.2852-0.13480.2174-0.0234-0.0571-0.1735-0.096-0.0511-0.21880.06140.0709-00.12320.00530.02560.1434-0.01760.1822-17.6856-38.942416.3805
60.1227-0.16010.10690.27580.03210.4719-0.19550.10530.0373-0.14130.1004-0.06050.0620.1191-0.00060.1316-0.00510.01730.12930.00370.1655-19.3764-38.271417.365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 101 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 102 through 176 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 177 through 248 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 249 through 281 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 101 through 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'M' and (resid 201 through 211 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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