+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hna | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate synthase complexed with BPH-1251 | ||||||
![]() | Farnesyl pyrophosphate synthase, putative | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, Y.-L. / Zhang, Y. / Oldfield, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dynamic Structure and Inhibition of a Malaria Drug Target: Geranylgeranyl Diphosphate Synthase. 著者: G Ricci, C. / Liu, Y.L. / Zhang, Y. / Wang, Y. / Zhu, W. / Oldfield, E. / McCammon, J.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 291.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 234.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43784.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: Salvador I / 遺伝子: PVX_092040 / プラスミド: P15-TEV-LIC / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-63D / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100MM TRIS, 200MM LITHIUM SULFATE, 22% PEG 3,350, PH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.693→50 Å / Num. obs: 46114 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Net I/σ(I): 11.16 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3LDW 解像度: 2.693→39.961 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 26.45
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.03 Å2 / Biso mean: 40.3228 Å2 / Biso min: 12.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.693→39.961 Å
|