PDB-5hn7: Crystal structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hn7

タイトル

Crystal structure of Plasmodium vivax geranylgeranylpyrophosphate synthase complexed with BPH-1158

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Liu, Y.-L. / Zhang, Y. / Oldfield, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Dynamic Structure and Inhibition of a Malaria Drug Target: Geranylgeranyl Diphosphate Synthase.
著者: G Ricci, C. / Liu, Y.L. / Zhang, Y. / Wang, Y. / Zhu, W. / Oldfield, E. / McCammon, J.A.

履歴

登録	2016年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月21日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hn7.cif.gz	577 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hn7.ent.gz	474.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hn7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hn7_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hn7_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5hn7_validation.xml.gz	117.4 KB	表示
CIF形式データ	5hn7_validation.cif.gz	155.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/5hn7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/5hn7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hn8C 5hn9C 5hnaC 3mys PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cc9-1 3ph7-1 3rbm-2 5hna-2 5hn9-2 3dyh-d 3ez3-2 5ahu-d 3ryw-1 3ez3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

B: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

C: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

D: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

E: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

F: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

G: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

H: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

ヘテロ分子

354 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

E: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

C: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

G: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

F: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

H: Farnesyl pyrophosphate synthase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.783, 108.378, 140.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase, putative 分子量: 43784.188 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 株: Salvador I / 遺伝子: PVX_092040 / プラスミド: P15-TEV-LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5K4U6
#2: 化合物	ChemComp-04M / 5-(morpholin-4-ylsulfonyl)-2-{[3-(octyloxy)benzyl]oxy}benzoic acid / BPH-1158 分子量: 505.624 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₅NO₇S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1070 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE AUTHORS STATE THAT THEY HAVE DETERMINED THE CONTENT OF THE GENE BY DNA SEQUENCING

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100MM TRIS, 200MM LITHIUM SULFATE, 22% PEG 3,350, PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 170179 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.6 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MYS

3mys
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.15→36.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 5.54 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	8484	5 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.2	169798	96.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→36.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22371	0	280	1070	23721

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	23123
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.953	1.966	31304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.981	5	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.455	24.902	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.943	15	3877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.778	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	3500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	17201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.477	1.5	13860
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.555	2	22237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.331	3	9263
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.522	4.5	9067
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	582	-
R_work	0.234	11089	-
obs	-	-	90.71 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)