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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hmv | |||||||||
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タイトル | Re refinement of 4mwk. | |||||||||
![]() | Lysozyme C | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Structural dynamics cisplatin histidine protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Helliwell, J.R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Comment on "Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein" [Struct. Dyn. 1, 034701 (2014)]. 著者: Tanley, S.W. / Helliwell, J.R. #1: ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2014 タイトル: Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein Struct. Dyn. 1, 034701 (2014) 著者: Tanley, S.W.M. / Helliwell, J.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5hq1C ![]() 5i5qC ![]() 5iddC ![]() 4mwk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14218.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 175分子 








#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NO3 / #4: 化合物 | ChemComp-PT / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.68 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: batch mode / pH: 4.7 詳細: 40MG HEWL CO-CRYSTALLISED WITH 2.6MG CISPLATIN, WITH THE PLATINUM COMPOUNDS BEING IN A 3-FOLD MOLAR EXCESS TO THE PROTEIN. 462.5 MicroL OF A 0.02M NAAC SOLUTION ALONG WITH 462.5 MicroL OF A 0. ...詳細: 40MG HEWL CO-CRYSTALLISED WITH 2.6MG CISPLATIN, WITH THE PLATINUM COMPOUNDS BEING IN A 3-FOLD MOLAR EXCESS TO THE PROTEIN. 462.5 MicroL OF A 0.02M NAAC SOLUTION ALONG WITH 462.5 MicroL OF A 0.5M NANO3 SOLUTION WAS USED WITH 75 MicroL DMSO ADDED, BATCH, PH 4.7, EVAPORATION, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月7日 |
放射 | モノクロメーター: CONFOCAL MIRROR OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.98→29.28 Å / Num. obs: 48959 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 0.98→1.02 Å / 冗長度: 0.6 % / Rmerge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 49.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4mwk ![]() 4mwk 解像度: 0.98→29.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.537 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.98→29.28 Å
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拘束条件 |
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