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- PDB-5hmm: Crystal Structure of T5 D15 Protein Co-crystallized with Metal Ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hmm
タイトルCrystal Structure of T5 D15 Protein Co-crystallized with Metal Ions
要素Exodeoxyribonuclease
キーワードHYDROLASE / Metal ion complex / flap endonuclease / alternative conformations
機能・相同性
機能・相同性情報


viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / viral DNA genome replication / 5'-3' exonuclease activity ...viral replication complex / exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / late viral transcription / DNA replication, Okazaki fragment processing / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA exonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / viral DNA genome replication / 5'-3' exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 ...Flap endonuclease D15-like / Flap endonuclease / 5'-nuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia phage T5 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Flemming, C.S. / Sedelnikova, S.E. / Rafferty, J.B. / Sayers, J.R. / Artymiuk, P.J.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Direct observation of DNA threading in flap endonuclease complexes.
著者: AlMalki, F.A. / Flemming, C.S. / Zhang, J. / Feng, M. / Sedelnikova, S.E. / Ceska, T. / Rafferty, J.B. / Sayers, J.R. / Artymiuk, P.J.
履歴
登録2016年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22016年6月22日Group: Database references
改定 1.32016年7月20日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease
B: Exodeoxyribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,68715
ポリマ－62,2672
非ポリマー42113
水10,773598
1
A: Exodeoxyribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3397
ポリマ－31,1331
非ポリマー2066
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exodeoxyribonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3488
ポリマ－31,1331
非ポリマー2157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.831, 58.591, 59.729
Angle α, β, γ (deg.)66.880, 79.400, 73.780
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease / 5'-exonuclease / T5FEN / Exonuclease (flap endonuclease)


分子量: 31133.252 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-290 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T5 (ファージ) / 遺伝子: D15 / プラスミド: pJONEX4
詳細 (発現宿主): pUC19 derivative with a lambda promoter/operator system
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M72
参照: UniProt: P06229, exodeoxyribonuclease (lambda-induced)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PACT H2: 0.2M Na bromide, 0.1M Bis Tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350
PH範囲: 8.0-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97836 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97836 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→54.735 Å / Num. all: 83343 / Num. obs: 83343 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.093 / Rsym value: 0.083 / Net I/av σ(I): 6.202 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 313085
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.582.20.3221.625799118120.2960.3222.590.4
1.58-1.682.20.2223.424543112490.2030.2223.290.4
1.68-1.792.20.1594.622972105170.1460.159490.6
1.79-1.942.20.1162.72135497940.1060.1165.390.4
1.94-2.124.50.173.84208893000.0820.178.293.7
2.12-2.375.80.1364.65048386540.0610.13611.996
2.37-2.745.60.0956.74337976880.0440.0951596.7
2.74-3.355.90.078.53828765280.0310.0721.497.3
3.35-4.745.60.05610.42831450380.0260.05634.297.7
4.74-38.735.70.03915.31586627630.0180.03938.197.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EXN

1exn


解像度: 1.5→38.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.193 / WRfactor Rwork: 0.1505 / FOM work R set: 0.8622 / SU B: 3.501 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.0894 / SU Rfree: 0.0777 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1967 4123 5 %RANDOM
Rwork0.1477 ---
obs0.1501 79049 92.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.88 Å2 / Biso mean: 19.387 Å2 / Biso min: 5.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.37 Å20.58 Å2
2--0.12 Å2-0.21 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→38.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4349 0 16 598 4963
Biso mean--25.94 29.53 -
残基数----537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.966134
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.81539943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2945556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.0324.192229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.60915815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9351530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7781.352194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7291.3492193
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0662.0322754
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr11.79438855
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.0095175
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded27.76759194
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 274 -
Rwork0.253 5448 -
all-5722 -
obs--86.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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