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- PDB-5hmb: Crystal structure of S. sahachiroi AziG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hmb
タイトルCrystal structure of S. sahachiroi AziG
要素Azi13
キーワードHYDROLASE / azinomycin biosynthesis / polyketide synthase / thioesterase / naphthoate
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA thioesterase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces sahachiroi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Erb, M.S. / Zhang, Y. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Polyketide Ring Expansion Mediated by a Thioesterase, Chain Elongation and Cyclization Domain, in Azinomycin Biosynthesis: Characterization of AziB and AziG.
著者: Mori, S. / Simkhada, D. / Zhang, H. / Erb, M.S. / Zhang, Y. / Williams, H. / Fedoseyenko, D. / Russell, W.K. / Kim, D. / Fleer, N. / Ealick, S.E. / Watanabe, C.M.
履歴
登録2016年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月17日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azi13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6083
ポリマ－15,4161
非ポリマー1922
水43224
1
A: Azi13
ヘテロ分子

A: Azi13
ヘテロ分子

A: Azi13
ヘテロ分子

A: Azi13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,43312
ポリマ－61,6654
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation15_645y+1,x-1,-z1
Buried area7930 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area19380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.466, 68.466, 139.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-415-

HOH

21A-420-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Azi13


分子量: 15416.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sahachiroi (バクテリア)
遺伝子: azi13 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4XYA6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.25 M ammonium sulfate and 0.1 M cacodylate pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9183 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 9373 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 42.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 2.92 / Net I/av σ(I): 37.312 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 62888
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.15-2.195.70.3864592.074100
2.19-2.2360.3454621.94100
2.23-2.276.40.2754452.104100
2.27-2.3270.3544592.046100
2.32-2.3770.2844672.196100
2.37-2.427.10.2424682.224100
2.42-2.487.10.2344512.383100
2.48-2.5570.2014642.45699.8
2.55-2.627.10.1924682.487100
2.62-2.7170.1524522.653100
2.71-2.8170.1294692.93499.8
2.81-2.9270.1184673.107100
2.92-3.056.80.1044683.46100
3.05-3.216.80.0974673.79899.8
3.21-3.416.60.0784713.94799.4
3.41-3.686.40.0764724.22399.8
3.68-4.056.70.0784794.03898.8
4.05-4.636.60.0754714.26499.2
4.63-5.836.70.0774893.24899
5.83-506.10.085252.63896

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S4K

3s4k


解像度: 2.151→29.908 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2289 447 4.79 %Random selection
Rwork0.2073 8886 --
obs0.2084 9333 99.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.18 Å2 / Biso mean: 52.063 Å2 / Biso min: 30.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.151→29.908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数926 0 10 24 960
Biso mean--67.11 53.08 -
残基数----125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006985
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7661350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.798338
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1514-2.46260.24681510.241128853036100
2.4626-3.10210.291430.256129473090100
3.1021-29.9110.20971530.18653054320799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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