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- PDB-5hm2: Crystal structure of the 3C protease from South African Territori... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hm2
タイトルCrystal structure of the 3C protease from South African Territories type 2 foot-and-mouth disease virus
要素3C proteinase
キーワードHYDROLASE / picornavirus / 3C protease / trypsin-like protease
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-protein covalent cross-linking / virion component => GO:0044423 / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding ...RNA-protein covalent cross-linking / virion component => GO:0044423 / viral capsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases ...Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3C proteinase / p2/P3 polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus - type SAT 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yang, J. / Leen, E.N. / Curry, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustTBD 英国
引用ジャーナル: Peerj / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the 3C protease from Southern African Territories type 2 foot-and-mouth disease virus.
著者: Yang, J. / Leen, E.N. / Maree, F.F. / Curry, S.
履歴
登録2016年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22016年5月25日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C proteinase
B: 3C proteinase
C: 3C proteinase
D: 3C proteinase
E: 3C proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,0355
ポリマ－112,0355
非ポリマー00
水00
1
A: 3C proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4071
ポリマ－22,4071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3C proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4071
ポリマ－22,4071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 3C proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4071
ポリマ－22,4071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 3C proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4071
ポリマ－22,4071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: 3C proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4071
ポリマ－22,4071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.980, 53.980, 318.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
3C proteinase


分子量: 22406.910 Da / 分子数: 5 / 変異: C142A C163A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gly 1 is a vec
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type SAT 2 (ウイルス)
株: SAT2/GHA/8/91 / 遺伝子: 3C / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1EF85, UniProt: X5CZS0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% (w/v) PEG-8000, 0.09 M Na-cacodylate pH 7.0, 0.27 M Ca-acetate, 0.01 M Tris pH 8.5, 0.08 M Na-thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→53.1 Å / Num. all: 17168 / Num. obs: 17053 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 66.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2j92

2j92


解像度: 3.2→46.748 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2723 822 4.86 %Random selection
Rwork0.2224 ---
obs0.2247 16906 98.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 119 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→46.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7535 0 0 0 7535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067650
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07910328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.832757
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.40050.32811500.29672676X-RAY DIFFRACTION99
3.4005-3.6630.30851330.26922649X-RAY DIFFRACTION99
3.663-4.03140.31521260.24262667X-RAY DIFFRACTION99
4.0314-4.61430.25261220.1962715X-RAY DIFFRACTION99
4.6143-5.81180.24741460.19432682X-RAY DIFFRACTION99
5.8118-46.7530.24831450.20672695X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.61216.2341-0.73964.0036-0.83393.47650.0240.14350.64190.07460.26740.7504-0.76030.3473-0.2031.72940.2044-0.07790.84010.00030.6804-10.577120.6037-34.3034
22.6974-0.577-2.79292.3465-1.15049.39640.11381.04330.6475-0.02880.17150.55930.5508-1.54210.03771.3007-0.1249-0.18550.76930.06840.7073-15.6979.9998-35.5368
32.06671.0160.56840.5936-0.02992.8244-0.7050.7622-0.4556-1.57170.43560.4535-0.4022-0.24080.2941.49160.0426-0.1110.826-0.03240.8675-13.89446.4048-36.9796
48.8619-3.2617-0.79037.2942.02836.4542-1.38450.8656-0.42260.8688-0.50591.12560.8033-0.70161.19841.6103-0.0701-0.23341.3249-0.04610.5703-15.80587.323-45.2829
51.9828-6.60738.68753.9554-5.14696.924-0.24753.1724-1.0927-0.8157-0.2533-0.3861-1.15281.44490.53331.3926-0.01420.13411.04330.00210.65486.62051.0502-35.999
66.60810.94780.35412.24260.3563.1038-0.54670.43691.1054-1.5440.5279-0.0487-0.9076-0.7423-0.13531.80260.09830.12290.88160.1160.7687-6.3816.0728-43.1629
72.9464-1.1919-0.80591.44710.36176.48-0.6359-0.32250.2236-0.94590.9006-1.02620.59051.3271-0.23881.0615-0.06180.2640.9896-0.10170.894910.191217.4761-28.9791
81.9679-0.63930.02786.2441.41752.6581-0.08640.56750.43480.2744-0.4713-0.3762-0.0738-0.56910.55881.70040.14290.06871.13680.02830.524-4.42917.4368-24.2439
96.92813.73020.57262.10790.85241.8745-0.09210.08560.3494-0.2520.14230.5037-0.631-0.6049-0.13841.29380.22570.14450.82770.09810.5054-0.60213.761-24.5157
102.4798-1.52222.1973.19460.82095.2019-0.514-0.57450.2414-0.29590.8547-0.0136-1.3814-0.0917-0.15371.3554-0.1561-0.05570.71310.01220.54-0.999715.25-26.6538
113.6597-0.34653.51486.72193.43315.5683-0.46842.1952-0.9042-0.6862-1.1025-0.1064-0.53851.42731.26712.1753-0.05820.35491.3414-0.0250.74932.74413.357-47.0725
121.4573-0.78080.63273.05760.18695.3978-0.56620.1915-0.13990.13540.0722-0.9949-0.3539-0.16280.48830.9770.29860.06050.7197-0.03440.91516.173-10.5751-13.1409
133.72933.7175-0.73523.4797-0.91664.1563-0.0439-0.33390.86-0.6974-0.178-0.5519-0.57820.59740.10930.76050.1583-0.00320.9984-0.03410.702315.0055-1.4683-15.5494
145.55961.0902-5.27163.84510.6236.9648-0.8903-0.6250.4952-0.52670.59430.01870.4045-0.20920.31270.69130.1031-0.13840.84830.03470.55255.3575-1.1402-18.7687
151.9661.8822-0.2795.6391-3.76897.9403-0.3472-0.4495-0.2991-0.93610.0570.05080.7285-0.56750.11210.90520.199-0.13450.844-0.14490.73684.4125-15.5031-16.7485
162.8028-1.1313-0.89175.3084-1.70032.22170.0690.1223-0.2920.47550.0896-0.04810.05310.8147-0.18170.850.3023-0.06050.94720.04960.64576.4024-8.9627-2.8047
175.1423-0.08480.34125.1418-0.2788.3864-0.06740.5648-0.32910.54040.51930.24371.97880.1692-0.36310.98650.0698-0.04790.61790.07950.64051.6434-13.6765-12.6629
181.4194-0.5560.09514.1809-0.35032.92260.3797-0.85260.19690.137-0.89480.3001-0.2259-0.81910.00591.04290.64810.24941.27550.06261.0102-16.67769.73499.2471
194.30392.0678-0.92352.4611.57814.83970.19370.9096-1.0064-0.2679-0.40180.7655-0.0673-1.37340.0711.0840.4330.07091.16710.10391.0388-15.27441.79152.4916
202.05160.47122.05091.3393-0.11862.4043-0.34270.5448-0.3799-0.74420.2621-0.2764-1.84970.58110.41340.8707-0.04640.04850.8204-0.09770.74616.77512.80536.0436
213.92551.90551.88815.54323.54616.9747-0.9352-0.12310.4763-0.33230.46110.0142-1.59680.18320.38171.21980.28170.06871.02520.05810.5199-5.118115.68195.2239
224.5529-1.78360.7285.1111.65876.1119-0.0105-0.05140.61190.59170.08220.2451-0.1834-1.0112-0.1181.26130.37750.21250.93460.07260.6569-6.30619.37218.8116
234.0157-0.1092-0.11472.80110.12998.1422-0.4221-0.21520.28020.64020.7323-0.0017-0.82490.7503-0.12631.24140.20820.1040.6421-0.05780.6316-2.371514.86188.8911
241.37110.5221.06463.00110.68174.0320.52750.66470.04070.0846-0.2052-1.46391.24120.95711.42531.80121.2633-0.30922.53640.0285-1.229420.7521-9.440329.5956
253.20661.47732.71025.58032.23448.1282-0.7956-0.4413-0.38950.31940.2947-1.1222-0.89472.21640.42170.74720.6482-0.07831.83430.29420.77119.11331.05129.0288
266.94450.09831.10883.7095-0.86875.2091-1.06770.44311.32750.57280.3421-0.62990.17432.29750.36231.10530.5854-0.05621.90120.03220.746316.6952.597522.9603
273.43162.679-4.43613.1128-1.83528.28851.07440.78710.51-0.3572-0.14290.07671.261-1.1094-0.97111.05540.2583-0.01591.08180.06080.7869-3.2177-3.019427.6426
283.63111.2704-0.25249.3403-2.38313.9429-0.25830.1067-1.0872-0.2205-0.6115-1.79511.80881.84370.51391.60430.73730.0581.6728-0.18070.832815.9072-10.361719.6634
296.30050.4822-1.04243.82961.08720.4993-1.15840.6064-1.03831.04060.41840.53921.1753-0.89890.06891.36020.1611-0.03631.21340.06730.95571.1253-19.079135.3022
303.2635-0.79940.08942.9860.00092.00260.1650.3039-0.31580.460.1273-0.11730.43020.9185-0.34581.62370.5715-0.10861.89790.00080.667713.5756-10.788939.665
316.8254-1.48321.17298.7697-0.24892.79650.13221.32870.1048-0.00630.713-0.47220.61560.1392-0.92351.26520.5619-0.06171.5222-0.04540.51763.0509-1.232639.0942
323.8137-1.7679-2.17862.0186-1.42385.9058-0.0917-1.1531-0.95550.0203-0.28470.07560.34141.37340.24421.31190.5954-0.07471.19870.15090.775111.664-13.81637.2953
332.08460.12450.03892.3765-0.25834.1768-0.1830.1266-0.1608-0.4202-0.6137-0.00821.50680.42040.31081.32820.6294-0.0781.16170.1220.83756.4719-9.607728.262
340.989-0.25920.05271.253-1.09553.36340.12310.2540.22040.1559-0.31370.37720.0422-0.951-0.18650.72780.28020.03441.45260.08020.7283-19.74161.281749.225
354.99755.7821.49016.58892.19195.32960.05210.3437-0.49530.56520.4207-0.15270.722-1.201-0.49561.11240.37990.08971.77360.08930.6914-13.64-5.65346.7534
364.33593.75894.494.86421.33266.7887-0.83541.9097-1.1614-0.92231.0363-0.4594-0.25310.6036-0.03661.00140.23860.04351.4832-0.04040.5817-5.4472-0.154443.8526
370.9792-0.1254-0.51224.562.77745.72460.2261-0.1450.4056-0.0087-0.14260.1832-0.4496-0.1982-0.06041.05370.31180.14891.43490.1360.6902-11.594411.31147.1814
385.8739-1.4901-0.89193.54150.95874.1833-0.0169-0.16710.38710.91970.1730.19010.031-0.893-0.1811.20050.31260.11991.20310.02730.6338-11.28366.163660.0868
394.76940.217-1.22314.6772-0.40182.076-0.05010.11610.303-0.3013-0.4042-0.3299-1.47790.53220.51051.46390.22390.0071.23270.07740.6012-8.1399.888650.0756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 59 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 60 through 70 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 71 through 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 83 through 102 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 103 through 113 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 114 through 138 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 139 through 155 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 156 through 195 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 196 through 207 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 7 through 39 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 40 through 59 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 60 through 84 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 85 through 113 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 114 through 165 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 166 through 207 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 7 through 37 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 38 through 70 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 71 through 82 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 83 through 113 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 114 through 165 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 166 through 207 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 7 through 23 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 24 through 37 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 38 through 70 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 71 through 84 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 85 through 102 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 103 through 113 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 114 through 138 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 139 through 155 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 156 through 176 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 177 through 207 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 7 through 39 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 40 through 59 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 60 through 82 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 83 through 113 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 114 through 173 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 174 through 207 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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