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- PDB-5hm1: Llama VHH 2E7 in complex with gp41 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hm1
タイトルLlama VHH 2E7 in complex with gp41
要素
  • gp41
  • lama VHH antibody 2E7
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / gp41 / gp120 / antibodies
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.962 Å
データ登録者Hock, M. / Caillat, C. / Haffke, M. / Weissenhorn, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of HIV neutralizing VHH 2E7 in complex with gp41 peptide
著者: Strokappe, N.M. / Hock, M. / Rutten, L. / McCoy, L.E. / Back, J.W. / Caillat, C. / Haffke, M. / Weiss, R.A. / Chen, L. / Kwong, P. / Weissenhorn, W. / Verrips, T.
履歴
登録2016年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lama VHH antibody 2E7
D: gp41
B: lama VHH antibody 2E7
E: gp41
C: lama VHH antibody 2E7
F: gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9276
ポリマ－43,9276
非ポリマー00
水00
1
A: lama VHH antibody 2E7
D: gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6422
ポリマ－14,6422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6990 Å2
手法PISA
2
B: lama VHH antibody 2E7
E: gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6422
ポリマ－14,6422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6950 Å2
手法PISA
3
C: lama VHH antibody 2E7
F: gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6422
ポリマ－14,6422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.950, 121.260, 132.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体 lama VHH antibody 2E7


分子量: 12808.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド gp41 / Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 1834.123 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HIV-1 M:B_HXB2R (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.0 30% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→44.6874 Å / Num. obs: 12538 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 34.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B50

4b50


解像度: 2.962→44.6874 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 604 4.83 %Random selection
Rwork0.1942 ---
obs0.1967 12504 93.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.962→44.6874 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3087 0 0 0 3087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063153
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2564272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0811128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005555
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9617-3.25960.38161360.29312361X-RAY DIFFRACTION77
3.2596-3.73110.28281510.23343109X-RAY DIFFRACTION99
3.7311-4.70.23521510.16823157X-RAY DIFFRACTION99
4.7-44.68740.20041660.16773273X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.26161.83544.22872.49444.53359.087-1.06660.42191.5882-0.646-0.18690.3264-1.3730.68311.2710.74440.0773-0.14850.44340.04670.81332.196640.4527159.0869
22.6645-0.71350.19833.6844-1.38961.82870.2542-0.093-0.38510.17990.45980.410.22370.3091-0.02770.31980.2617-0.17890.5148-0.28770.726817.356822.945155.221
35.77520.02070.96963.67431.84011.44510.09550.9183-0.2163-0.45780.2598-0.6442-0.44990.6439-0.38770.56530.03860.06580.5638-0.06040.350434.636533.1376161.9362
47.2638-0.54461.21952.8601-0.59960.58690.23220.10020.3883-0.07450.09570.8795-0.7157-0.4341-0.08320.26340.12870.04840.5138-0.03430.415717.637335.9347167.2611
57.6916-0.61791.59521.2575-0.34472.4842-0.4967-1.1462-0.54580.56470.317-0.01320.3472-0.41070.1180.4524-0.0501-0.02430.4264-0.13770.385824.58527.6029173.842
63.64870.9632-3.22254.0858-1.83954.7785-0.071-0.6216-0.2937-0.22090.0347-0.45350.30531.22940.18210.38430.104-0.03650.5344-0.08080.497335.217127.5134166.2147
71.20420.52830.33273.63320.82242.94690.2789-0.0848-0.46130.42-0.10020.0886-0.01520.307-0.01320.42460.0668-0.0520.3011-0.17510.522521.269224.9058163.4214
81.5057-0.77260.97012.14590.77334.24810.06120.2531-0.4434-0.49690.20840.1726-1.12660.6107-0.05050.4727-0.14240.10940.1173-0.39160.320130.585839.8971166.7682
94.10343.57894.70655.91342.37737.1893-0.8970.03620.8476-0.8855-0.2190.0187-0.57220.41390.51610.41130.02650.04260.4755-0.04770.366233.145145.3379166.9137
105.14573.931-4.07953.1333-3.19833.2802-0.6883-0.4060.1748-0.99150.37160.404-0.11490.38920.34390.2820.0514-0.29260.6227-0.08140.60616.348529.5844156.5303
112.55222.01292.51673.29311.55983.15521.09540.51470.40810.465-0.59440.1540.57810.2775-0.32550.47220.05250.1060.4462-0.110.398333.126137.9145179.6461
121.32521.5726-0.05842.31940.10180.0687-1.07260.97130.2837-0.92530.71010.2551-0.88520.76050.19550.6684-0.0066-0.03860.53020.01870.72539.15038.0471142.0033
132.2330.85490.52212.4911-0.85074.56350.4331-0.16620.24330.5654-0.15770.40010.13160.8017-0.26940.4630.0931-0.03860.4615-0.13760.560119.513114.0271154.4395
144.6448-3.34271.8692.4314-1.28330.81740.0602-0.18730.0617-0.12260.28560.7081-0.2364-0.2514-0.2680.71650.9856-0.20820.40410.17730.79221.31425.8585146.9822
153.4001-0.2422-2.08153.6848-0.92082.15870.35141.2489-0.2848-0.58970.4752-0.63410.65560.5556-0.21840.36860.16910.07810.6114-0.11610.415623.06490.7147148.7539
166.21612.0174-1.69153.98581.28122.23970.2641-1.1241-0.99770.5377-0.1164-0.14110.41720.6309-0.01740.54160.2054-0.1280.5155-0.07110.392816.1564-0.8693159.7304
170.313-1.4171-0.0216.9294-1.18173.84440.17420.03240.72220.5520.13661.6078-0.6938-1.2778-0.3970.49770.20470.04380.94410.03060.7936.41576.6128157.378
182.64042.1667-0.29782.68641.15892.05890.0883-0.28880.5914-0.0006-0.00750.18330.22660.2638-0.09490.49350.1872-0.05820.3258-0.05680.448615.55285.1372151.8137
193.45794.37681.6815.59881.21612.6672-0.70130.3537-0.2136-1.1520.6179-0.06990.06180.35660.18590.52860.1056-0.03270.3765-0.02410.427813.29533.3503144.0072
202.23212.2122-0.28092.86790.68982.59070.3754-0.2569-0.14580.1412-0.14550.3268-0.1111-0.4567-0.0960.58280.15520.03790.37610.13370.48776.0474-9.1694153.2425
219.12281.63473.43182.86621.26876.4644-0.3979-0.19370.23310.47660.28590.3144-0.395-0.06850.37380.44580.0802-0.06490.438-0.04940.41359.40128.6221138.7755
224.41341.5623-5.40484.1414-2.19666.6461-0.48660.840.458-0.63180.3219-0.8978-0.33670.2738-0.14620.2082-0.44590.18080.8502-0.09440.57520.714426.0029129.7969
233.80220.49013.01893.1018-0.06192.5891-0.03440.3211-1.1041-0.37310.6361-0.63430.55960.5844-0.30940.4068-0.0276-0.00460.4564-0.09150.422316.140814.9145134.6409
247.47471.925-0.70687.46230.19358.25390.32740.60360.52310.64750.22431.4982-0.2969-1.5122-0.74220.46940.00570.1150.56180.06650.77315.516419.2246140.3328
258.00022.49821.8095.0775-1.51675.03760.39-0.43790.1152-0.03690.4489-0.2788-0.16940.5699-0.5470.41110.106-0.0020.628-0.18060.298419.549922.7683141.8836
267.53460.94164.20161.42461.33253.8618-0.43010.45290.6755-0.05670.17780.1073-0.67480.68210.27010.5234-0.1297-0.08950.4138-0.00750.42039.146128.136129.446
278.76081.7451.37144.20981.4684.20530.92230.55570.51980.5155-0.14140.09230.412-0.0329-0.55810.5725-0.05740.00710.36630.06030.28596.094214.0614124.2042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 7 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 8 through 16 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 17 through 33 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 34 through 45 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 46 through 66 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 67 through 76 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 77 through 90 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 91 through 102 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 103 through 112 )
10X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 582 through 596 )
11X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 7 )
12X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 8 through 24 )
13X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 25 through 33 )
14X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 34 through 45 )
15X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 46 through 66 )
16X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 67 through 76 )
17X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 77 through 102 )
18X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 103 through 112 )
19X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 582 through 596 )
20X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1 through 33 )
21X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 34 through 45 )
22X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 46 through 66 )
23X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 67 through 76 )
24X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 77 through 90 )
25X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 91 through 112 )
26X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 582 through 596 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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