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- PDB-5hly: Structure of Pro-Activin A Precursor at 2.3 A Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hly
タイトルStructure of Pro-Activin A Precursor at 2.3 A Resolution
要素Inhibin beta A chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / Growth factor / Precursor / Signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


activin A complex / inhibin A complex / cardiac fibroblast cell development / negative regulation of B cell differentiation / regulation of follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of ovulation / GABAergic neuron differentiation / Antagonism of Activin by Follistatin / negative regulation of follicle-stimulating hormone secretion / progesterone secretion ...activin A complex / inhibin A complex / cardiac fibroblast cell development / negative regulation of B cell differentiation / regulation of follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of ovulation / GABAergic neuron differentiation / Antagonism of Activin by Follistatin / negative regulation of follicle-stimulating hormone secretion / progesterone secretion / type II activin receptor binding / striatal medium spiny neuron differentiation / Glycoprotein hormones / negative regulation of macrophage differentiation / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / cellular response to oxygen-glucose deprivation / hemoglobin biosynthetic process / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to cholesterol / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / negative regulation of phosphorylation / SMAD protein signal transduction / Signaling by Activin / mesodermal cell differentiation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to angiotensin / odontogenesis / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / response to aldosterone / roof of mouth development / eyelid development in camera-type eye / endodermal cell differentiation / peptide hormone binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon production / hair follicle development / positive regulation of collagen biosynthetic process / hematopoietic progenitor cell differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / positive regulation of protein metabolic process / erythrocyte differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / cytokine activity / growth factor activity / hormone activity / negative regulation of cell growth / defense response / cytokine-mediated signaling pathway / autophagy / male gonad development / cell-cell signaling / nervous system development / cellular response to hypoxia / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Inhibin, beta A subunit / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Inhibin beta A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Wang, X. / Fischer, G. / Hyvonen, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure and activation of pro-activin A.
著者: Wang, X. / Fischer, G. / Hyvonen, M.
履歴
登録2016年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibin beta A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6992
ポリマ－43,6641
非ポリマー351
水45025
1
A: Inhibin beta A chain
ヘテロ分子

A: Inhibin beta A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3994
ポリマ－87,3282
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area5760 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area31570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.561, 46.561, 444.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Inhibin beta A chain / Activin beta-A chain / Erythroid differentiation protein / EDF / Pro-Activin A


分子量: 43664.020 Da / 分子数: 1 / 変異: C35S, C38S, deletion:K259-D282 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INHBA / プラスミド: pUBS520 / 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08476
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: rods
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% w/v polyethylene glycol 1000, 100 mM MES pH 6.5; cryo: 15% v/v PEG 400 added

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97866 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月25日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97866 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→74.15 Å / Num. obs: 11247 / % possible obs: 79.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 37.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10pre_2084: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: experimental phases from separate dataset

解像度: 2.302→74.15 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 22.9 / 詳細: anomalous Se signal used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2524 977 5.17 %Random selection
Rwork0.2025 ---
obs0.2049 11167 79.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.302→74.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2372 0 1 25 2398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032424
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7243262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5341515
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3022-2.42360.2752790.25261206X-RAY DIFFRACTION38
2.4236-2.57550.4056940.25221616X-RAY DIFFRACTION50
2.5755-2.77430.28541330.24642195X-RAY DIFFRACTION69
2.7743-3.05350.24421860.21693146X-RAY DIFFRACTION98
3.0535-3.49540.24051730.20593248X-RAY DIFFRACTION100
3.4954-4.40370.24081540.17813252X-RAY DIFFRACTION100
4.4037-74.1920.2431580.19823260X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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