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- PDB-5hlj: Crystal Structure of Major Envelope Protein VP24 from White Spot ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hlj
タイトルCrystal Structure of Major Envelope Protein VP24 from White Spot Syndrome Virus
要素VP24
キーワードVIRAL PROTEIN / WSSV / VP24 / envelope protein
機能・相同性White spot syndrome virus structural envelope protein Vp28 / WSSV envelope protein Vp28 superfamily / White spot syndrome virus structural envelope protein VP / membrane / VP24
機能・相同性情報
生物種White spot syndrome virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.406 Å
データ登録者Sun, L.F. / Su, Y.T. / Zhao, Y.H. / Fu, Z.Q. / Wu, Y.K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31302225 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Major Envelope Protein VP24 from White Spot Syndrome Virus
著者: Sun, L.F. / Su, Y.T. / Zhao, Y.H. / Fu, Z.Q. / Wu, Y.K.
履歴
登録2016年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2561
ポリマ－21,2561
非ポリマー00
水97354
1
A: VP24

A: VP24

A: VP24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7683
ポリマ－63,7683
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area7110 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.735, 139.735, 139.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 VP24


分子量: 21255.947 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-208 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) White spot syndrome virus (ウイルス)
プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q80BF2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 2.75 M NH4AC

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→100 Å / Num. obs: 17758 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.6 % / Biso Wilson estimate: 71.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/av σ(I): 51.361 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.4-2.4420.41100
2.44-2.4922.11100
2.49-2.5322.21100
2.53-2.5922.41100
2.59-2.6422.31100
2.64-2.722.311000.847
2.7-2.7722.311000.72
2.77-2.8522.311000.519
2.85-2.9322.411000.376
2.93-3.0222.111000.278
3.02-3.132211000.207
3.13-3.2621.611000.15
3.26-3.4121.111000.119
3.41-3.5920.411000.096
3.59-3.8119.311000.08
3.81-4.118.611000.068
4.1-4.5217.1199.80.059
4.52-5.1716.611000.054
5.17-6.5117.911000.052
6.51-10018198.80.043

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータ削減
PHENIX位相決定
精密化開始モデル: SAD

解像度: 2.406→31.246 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1926 1760 9.93 %Random
Rwork0.1708 ---
obs0.173 17728 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.406→31.246 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1328 0 0 54 1382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081350
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1251824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.688497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004238
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4064-2.47140.29021360.30181213X-RAY DIFFRACTION100
2.4714-2.54410.34581330.27581213X-RAY DIFFRACTION100
2.5441-2.62620.29731380.26471220X-RAY DIFFRACTION100
2.6262-2.720.2721360.24241207X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.82880.24971300.23891223X-RAY DIFFRACTION100
2.8288-2.95750.25541320.22891217X-RAY DIFFRACTION100
2.9575-3.11330.2451390.21011219X-RAY DIFFRACTION100
3.1133-3.30810.22721360.20191216X-RAY DIFFRACTION100
3.3081-3.56320.20351390.18581252X-RAY DIFFRACTION100
3.5632-3.92120.19821310.17621221X-RAY DIFFRACTION100
3.9212-4.48710.15861380.15151236X-RAY DIFFRACTION100
4.4871-5.64790.13841350.1351244X-RAY DIFFRACTION100
5.6479-31.24830.18971370.14361287X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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