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- PDB-5hkq: Crystal structure of CDI complex from Escherichia coli STEC_O31 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hkq
タイトルCrystal structure of CDI complex from Escherichia coli STEC_O31
要素
  • CdiI immunity protein
  • Contact-dependent inhibitor A
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / toxin / antitoxin / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes / UC4CDI / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / toxin activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CDI immunity protein / CDI immunity protein / Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat ...CDI immunity protein / CDI immunity protein / Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA nuclease CdiA / Immunity protein CdiI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Michalska, K. / Stols, L. / Eschenfeldt, W. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes (UC4CDI)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102318 米国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2018
タイトル: Functional plasticity of antibacterial EndoU toxins.
著者: Michalska, K. / Quan Nhan, D. / Willett, J.L.E. / Stols, L.M. / Eschenfeldt, W.H. / Jones, A.M. / Nguyen, J.Y. / Koskiniemi, S. / Low, D.A. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Hayes, C.S.
履歴
登録2016年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Contact-dependent inhibitor A
I: CdiI immunity protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9402
ポリマ－30,9402
非ポリマー00
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.431, 89.431, 76.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Contact-dependent inhibitor A / CdiA toxin


分子量: 15483.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The CdiA toxin was coexpressed with CdiI immunity protein with the dual pMCSG58 vector. The CdiA/CdiI complex sample was treated with subtilisin, which removed N-terminal fragment of the CdiA ...詳細: The CdiA toxin was coexpressed with CdiI immunity protein with the dual pMCSG58 vector. The CdiA/CdiI complex sample was treated with subtilisin, which removed N-terminal fragment of the CdiA protein. For Matthews coef. calculations only the visible fragments of both, CdiA and CdiI were taken into account.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: STEC_O31 / プラスミド: pMCSG58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4NYE3*PLUS
#2: タンパク質 CdiI immunity protein


分子量: 15456.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: STEC_031 / プラスミド: pMCSG58, pMCSG88 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4NYE4*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris/HCl pH 8.0,10.7% PEG4000, 8.6% PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 23397 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 17.03
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.839 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.957 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20761 1140 4.9 %RANDOM
Rwork0.16744 ---
obs0.16938 22180 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.588 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2093 0 0 192 2285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192176
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4871.9582948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92734651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6425269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.90625.586111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09115358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.025157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022517
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.881.6551070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8781.6531069
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4672.4721341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4672.4751342
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3481.8031106
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3471.8051107
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0382.6511608
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.12414.2392545
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.12314.2492546
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 88 -
Rwork0.238 1630 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6980.3445-0.48122.1778-0.45024.2235-0.12030.2842-0.0069-0.21790.02640.1144-0.2071-0.15170.09390.0782-0.0112-0.0420.0240.00330.024-12.572650.36796.1096
210.40254.445.9815.62376.638710.1075-0.1091-0.0668-0.2839-0.4472-0.03390.4539-0.0401-0.74360.14290.2233-0.0835-0.0550.35650.08530.2724-29.867645.270511.6028
36.01294.1157-4.6366.0534-4.22014.40730.25410.03640.35940.1918-0.06340.3331-0.49750.0215-0.19070.1894-0.0147-0.05230.00950.00340.0508-8.154452.1659.3438
46.7835-3.41013.1899.9803-1.57835.23330.33260.0340.3005-0.1018-0.0298-0.1322-0.3093-0.0281-0.30280.1298-0.02030.01150.09870.01990.13242.30653.2827-2.5465
53.7841-0.6873-1.87055.2839-0.79573.3502-0.14230.0311-0.2366-0.13130.0031-0.06480.1320.11890.13920.022-0.02870.00850.08140.00690.01823.291439.08752.5167
610.44010.61922.44563.4834.26548.0011-0.29040.0567-0.5362-0.25530.2592-0.17390.17220.38190.03120.13810.01010.10470.09540.04960.11590.245427.182611.0668
73.6212-0.37541.12692.5367-0.96073.4669-0.0796-0.246-0.29740.00250.02370.14050.2511-0.11160.0560.0354-0.00550.0270.03550.02590.0541-11.500731.253117.1533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A181 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2A241 - 252
3X-RAY DIFFRACTION3A253 - 271
4X-RAY DIFFRACTION4A272 - 276
5X-RAY DIFFRACTION5A277 - 323
6X-RAY DIFFRACTION6I1 - 21
7X-RAY DIFFRACTION7I22 - 120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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