PDB-5hk8: Crystal structure of a methylesterase protein MES16 from Arabidopsis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hk8

タイトル

Crystal structure of a methylesterase protein MES16 from Arabidopsis

要素

Probable pheophorbidase

キーワード

HYDROLASE / methylesterase protein / MES16 / hydrolase superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

chlorophyll a catabolic process / pheophorbidase activity / primary fluorescent dioxobilin-type chlorophyll catabolite methylesterase activity / chlorophyll catabolic process / methyl indole-3-acetate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / leaf senescence / oxylipin biosynthetic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Li, H. / Pu, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a methylesterase protein MES16 from Arabidopsis
著者: Li, H. / Pu, H.

履歴

登録	2016年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月9日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / struct Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.title ..._citation.journal_id_CSD / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct.title
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hk8.cif.gz	569.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hk8.ent.gz	476.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xklS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5vu8-d 9014 6is7-1 5vu6-d 5omv-d 4fxd-1 4ii4-d 5xow-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable pheophorbidase

B: Probable pheophorbidase

C: Probable pheophorbidase

D: Probable pheophorbidase

E: Probable pheophorbidase

F: Probable pheophorbidase

197 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable pheophorbidase

B: Probable pheophorbidase

C: Probable pheophorbidase

D: Probable pheophorbidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Probable pheophorbidase

F: Probable pheophorbidase

E: Probable pheophorbidase

F: Probable pheophorbidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.642, 176.362, 168.445
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-302- HOH

#1: タンパク質	Probable pheophorbidase / AtPPD / FCC methylesterase / Methylesterase 16 / AtMES16 分子量: 32873.176 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPD, MES16, At4g16690, dl4370c, FCAALL.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O23512, EC: 3.1.1.82
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium acetate trihydrate, PEG 4000, isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 54972 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 73.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 15.1 % / R_merge(I) obs: 0.676 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XKL

1xkl

解像度: 2.8→48 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	2788	5.08 %
R_work	0.206	-	-
obs	0.208	54904	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11166	0	0	217	11383

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	11496
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.91	15678
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.632	4104
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1980

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8005-2.8488	0.323	131	0.2741	2529	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8488-2.9006	0.3491	136	0.2759	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9006-2.9563	0.3466	138	0.2864	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9563-3.0167	0.3286	142	0.2893	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0167-3.0823	0.3517	124	0.2634	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0823-3.154	0.3223	129	0.2589	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.154-3.2328	0.3208	148	0.2542	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2328-3.3202	0.2953	150	0.2534	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3202-3.4179	0.3225	150	0.254	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4179-3.5282	0.2633	121	0.2293	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5282-3.6542	0.2396	144	0.2131	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6542-3.8005	0.2803	162	0.2098	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8005-3.9734	0.2202	123	0.1973	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9734-4.1827	0.2246	145	0.1852	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1827-4.4446	0.1986	131	0.1645	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4446-4.7875	0.2037	144	0.1637	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7875-5.2687	0.1998	141	0.1652	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2687-6.0299	0.2351	133	0.1927	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0299-7.5922	0.238	152	0.204	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5922-48.0049	0.2203	144	0.204	2731	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 38.7389 Å / Origin y: -31.2933 Å / Origin z: 45.4491 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.185 Å²	-0.1468 Å²	0.0923 Å²	-	0.1521 Å²	0.0544 Å²	-	-	0.1449 Å²
L	0.5182 °²	0.2302 °²	-0.1642 °²	-	0.4776 °²	-0.3374 °²	-	-	0.4076 °²
S	-0.0902 Å °	0.282 Å °	-0.0915 Å °	0.1151 Å °	-0.0572 Å °	0.0549 Å °	-0.4498 Å °	0.3107 Å °	-0.1082 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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