PDB-5hk6: Bacterial sodium channel neck 3G mutant, SAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hk6

タイトル

Bacterial sodium channel neck 3G mutant, SAD

要素

Ion transport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Bacterial voltage gated sodium channel

機能・相同性

Voltage-gated cation channel calcium and sodium / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / metal ion binding / identical protein binding / Ion transport protein

機能・相同性情報

生物種

Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 5.5 Å

データ登録者

Rohaim, A. / Minor, D.L.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Unfolding of a Temperature-Sensitive Domain Controls Voltage-Gated Channel Activation.
著者: Arrigoni, C. / Rohaim, A. / Shaya, D. / Findeisen, F. / Stein, R.A. / Nurva, S.R. / Mishra, S. / Mchaourab, H.S. / Minor, D.L.

履歴

登録	2016年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hk6.cif.gz	206.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hk6.ent.gz	170.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hk6_validation.pdf.gz	453.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hk6_full_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示
XML形式データ	5hk6_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	5hk6_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/5hk6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5hj8C 5hk7C 5hkdC 5iwnC 5iwoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hj8-d 5hkd-d 1kke-d 3okt-d 6wrn-1 2ckm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

C: Ion transport protein

D: Ion transport protein

70.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.350, 150.190, 167.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	153 - 278
2	1	B	153 - 278
1	2	A	153 - 283
2	2	C	153 - 283
1	3	A	153 - 283
2	3	D	153 - 283
1	4	B	150 - 278
2	4	C	150 - 278
1	5	B	150 - 278
2	5	D	150 - 278
1	6	C	150 - 286
2	6	D	150 - 286

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Ion transport protein / sodium channel 分子量: 17600.592 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 143-288 / 変異: A112G, E113G, D114G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌) 遺伝子: Mlg_0322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0ABW0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.91 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 30% PEG400, 100 mM MES, pH 6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 5.5→50 Å / Num. all: 5848 / Num. obs: 5848 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 5.5→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 394.502 / SU ML: 1.654 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26423	297	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25574	-	-	-
obs	0.25618	5551	94.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 280.736 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	31.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-24.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 5.5→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3697	0	0	4	3701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	3836
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	3590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.705	1.965	5230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.958	3	8139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.66	5	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.803	22.901	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.195	15	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.919	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4248
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	917
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	20.746	25.087	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	20.723	25.093	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	34.54	37.448	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	34.539	37.448	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	20.064	26.316	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	20.059	26.314	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	34.258	39.024	2794
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	50.269		4598
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	50.266		4599
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5969	0.08
1	2	B	5969	0.08
2	1	A	6142	0.07
2	2	C	6142	0.07
3	1	A	6005	0.09
3	2	D	6005	0.09
4	1	B	6051	0.06
4	2	C	6051	0.06
5	1	B	5960	0.08
5	2	D	5960	0.08
6	1	C	6216	0.08
6	2	D	6216	0.08

LS精密化シェル

解像度: 5.5→5.623 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.487	24	-
R_work	0.364	375	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5924	1.0582	1.8615	0.8007	1.048	2.6438	-0.2384	0.0825	0.2419	-0.2277	0.0927	0.159	-0.1562	0.1495	0.1457	0.2221	0.0305	-0.0067	0.3377	-0.1504	0.233	173.1662	23.0556	205.1975
2	0.2211	-0.0086	0.1131	0.1186	-0.2997	0.8379	-0.1941	0.0416	0.3576	-0.0339	-0.0056	-0.0127	-0.0619	-0.0533	0.1997	0.3058	0.0486	-0.329	0.2904	-0.0082	0.5993	183.0011	21.4806	189.5402
3	1.1273	1.554	1.6085	2.2936	2.2788	2.3797	0.0236	-0.1077	0.1417	0.0423	-0.1742	0.0632	-0.0626	-0.0679	0.1506	0.2248	-0.0913	-0.0069	0.2887	0.0057	0.137	175.0005	37.0351	184.33
4	1.8727	0.2219	1.3795	0.6461	-0.7586	2.4044	0.4369	-1.1733	-0.3898	0.0522	-0.1288	-0.1578	0.454	-1.0374	-0.3081	0.5642	-0.1154	-0.237	0.9262	0.088	0.3409	163.4355	37.0013	197.9408

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	149 - 284
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	153 - 279
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	153 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	153 - 286

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関連情報:EMDBヘッダ

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