PDB-5hjy: Structure function studies of R. palustris RubisCO (I165T mutant;...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hjy

タイトル

Structure function studies of R. palustris RubisCO (I165T mutant; CABP-bound)

要素

Ribulose bisphosphate carboxylase

キーワード

LYASE / RubisCO / hexamer

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Shin, A. / Cascio, D. / Satagopan, S. / North, J.A. / Tabita, F.R.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure function studies of R. palustris RubisCO.
著者: Arbing, M.A. / Satagopan, S. / Varaljay, V.A. / Shin, A. / Tabita, F.R.

履歴

登録	2016年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hjy.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hjy.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hjy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hjy_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hjy_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5hjy_validation.xml.gz	102.7 KB	表示
CIF形式データ	5hjy_validation.cif.gz	145.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hjy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5haoC 5hatC 5hjxC 5hk4C 5hqmC 5kozC 4lf1S 5han 5hql C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lf2-d 5hao-d 5hk4-d 5han-2 5c2g-d 5hjx-d 5hqm-1 5han-1 5hql-d 5hat-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Ribulose bisphosphate carboxylase

B: Ribulose bisphosphate carboxylase

C: Ribulose bisphosphate carboxylase

D: Ribulose bisphosphate carboxylase

E: Ribulose bisphosphate carboxylase

F: Ribulose bisphosphate carboxylase

ヘテロ分子

319 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.860, 100.020, 103.560
Angle α, β, γ (deg.)	107.84, 113.77, 96.09
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B
3	1	1	CHAIN C
4	1	1	CHAIN D
5	1	1	CHAIN E
6	1	1	CHAIN F

#1: タンパク質	Ribulose bisphosphate carboxylase / RuBisCO 分子量: 52745.289 Da / 分子数: 6 / 変異: I165T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6N0W9, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 糖	ChemComp-CAP / 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸タイプ: saccharide / 分子量: 356.115 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₃P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 16 mg/ml. Reservoir solution: 20-24% PEG 3350, 200 mM sodium sulfate, ...詳細: Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 16 mg/ml. Reservoir solution: 20-24% PEG 3350, 200 mM sodium sulfate, 100 mM Bis-Tris Propane pH 7-8. PH範囲: 7.0-8.0

結晶

マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.52 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Protein concentration: 16 mg/ml. Reservoir solution: 20-24% PEG 3350, 200 mM sodium sulfate, ...
PH範囲: 7.0-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→91.85 Å / Num. obs: 103448 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8.99
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / % possible all: 90

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LF1

4lf1

解像度: 2.3→91.85 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	10342	10 %	Random selection
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.187	103417	93.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→91.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21068	0	133	1372	22573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	21785
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.844	29459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.954	7809
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	3061
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3904

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	16150	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	16150	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	16150	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	4	D	16150	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	5	E	16150	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	6	F	16150	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2992-2.3253	0.2984	318	0.2446	2859	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3253-2.3527	0.2777	345	0.2253	3107	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3527-2.3814	0.2834	348	0.2245	3131	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3814-2.4115	0.2633	343	0.2176	3083	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4115-2.4433	0.2806	343	0.2217	3091	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4433-2.4767	0.2859	328	0.2297	2955	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4767-2.5121	0.2603	325	0.2151	2926	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5121-2.5496	0.2594	354	0.2134	3176	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5496-2.5895	0.2506	349	0.2176	3145	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5895-2.6319	0.293	355	0.2166	3198	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6319-2.6773	0.2335	355	0.2101	3188	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6773-2.726	0.2692	351	0.2134	3163	X-RAY DIFFRACTION	95
2.726-2.7784	0.2715	350	0.2115	3148	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7784-2.8351	0.2763	351	0.2066	3166	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8351-2.8968	0.2595	346	0.203	3117	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8968-2.9642	0.2755	350	0.2076	3155	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9642-3.0383	0.2414	347	0.2044	3124	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0383-3.1205	0.2584	340	0.1998	3062	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1205-3.2123	0.2476	332	0.1963	2985	X-RAY DIFFRACTION	90
3.2123-3.316	0.2387	329	0.1935	2956	X-RAY DIFFRACTION	89
3.316-3.4345	0.223	355	0.186	3197	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4345-3.572	0.2277	357	0.1767	3207	X-RAY DIFFRACTION	96
3.572-3.7346	0.1999	351	0.1635	3161	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7346-3.9315	0.1969	352	0.1559	3168	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9315-4.1778	0.1798	350	0.1471	3147	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1778-4.5004	0.1698	339	0.1445	3052	X-RAY DIFFRACTION	92
4.5004-4.9532	0.1607	326	0.1386	2937	X-RAY DIFFRACTION	88
4.9532-5.6699	0.19	357	0.1509	3217	X-RAY DIFFRACTION	97
5.6699-7.143	0.1914	356	0.1652	3196	X-RAY DIFFRACTION	96
7.143-91.85	0.1841	340	0.1697	3058	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.195	-0.3614	-0.1064	0.6777	0.09	0.561	-0.018	-0.1527	0.2099	0.0386	0.0636	-0.1013	-0.1114	0.1229	-0.0444	0.2406	-0.0094	-0.0048	0.1851	-0.0545	0.157	31.4928	5.2372	-1.8819
2	1.4302	0.0805	-0.0161	0.5076	0.1436	0.5268	-0.005	0.1626	0.2127	-0.1474	-0.001	0.0337	-0.1317	0.0195	0.0045	0.2573	0.0133	-0.0037	0.1356	0.0174	0.1486	18.4158	4.5603	-26.4645
3	0.9586	0.129	0.0886	0.9892	0.0784	0.5247	-0.0455	0.3081	-0.0842	-0.3618	0.0575	-0.0311	0.0292	0.0431	-0.0141	0.3427	0.0086	0.0051	0.216	-0.0291	0.142	20.058	-30.8112	-41.7163
4	1.4298	-0.2119	-0.391	0.8604	0.1295	0.6273	-0.0124	0.1123	-0.2706	-0.0894	-0.0017	0.1138	0.1232	-0.0691	0.0137	0.2502	-0.001	-0.046	0.1368	-0.0098	0.1979	7.4276	-49.1215	-25.0879
5	1.5316	0.0226	-0.1901	0.5535	0.1785	0.5695	0.0033	-0.2556	-0.2669	0.2042	0.0043	0.04	0.2576	0.068	-0.015	0.4341	0.0103	-0.0282	0.1817	0.0543	0.1895	22.0265	-47.4339	10.4286
6	0.8492	0.0783	0.1711	0.6104	0.0225	0.5448	0.0289	-0.333	0.0572	0.3183	-0.0154	0.0533	0.0903	-0.047	-0.0145	0.3778	-0.0239	0.026	0.2882	-0.0288	0.1355	17.7916	-22.237	21.4676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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