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万見
- PDB-5hjl: Crystal structure of class I tagatose 1,6-bisphosphate aldolase L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hjl
タイトルCrystal structure of class I tagatose 1,6-bisphosphate aldolase LacD from Streptococcus porcinus
要素Tagatose 1,6-diphosphate aldolase
キーワードLYASE / tagatose 1 / 6-bisphosphate aldolase / LacD
機能・相同性Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Streptococcus porcinus str. Jelinkova 176 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Freichels, R. / Kerff, F. / Herman, R. / Charlier, P. / Galleni, M.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
National Fund for Scientific Research ベルギー
FRS-FNRSIISN 4.4503 ベルギー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Characterization of a new class I Tagatose-1,6-bipshosphate aldolase from Streptococcus porcinus : switch in specificity directed by an Arginine
著者: Freichels, R. / Delmarcelle, M. / Van der Heiden, E. / Herman, R. / Colarusso, A. / Wathelet, B. / Kerff, F. / Galleni, M.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase
B: Tagatose 1,6-diphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5028
ポリマ－73,9262
非ポリマー5766
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area26990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.660, 93.750, 88.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 5 - 326 / Label seq-ID: 5 - 326

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB

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要素

#1: タンパク質 Tagatose 1,6-diphosphate aldolase / D-tagatose-1 / 6-bisphosphate aldolase / Tagatose-bisphosphate aldolase


分子量: 36962.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus porcinus str. Jelinkova 176 (バクテリア)
遺伝子: lacD, STRPO_0644 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F3L835, tagatose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Small crystals grow in 25% PEG 3350, 0.1M bistris pH 5.5, 0.2 M Ammonium Sulfate. The crystal used for data collection was obtained after micro seeding in the same condition.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.7101 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7101 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→46.88 Å / Num. obs: 14194 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.296 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IV3

3iv3


解像度: 3→46.87 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 710 5 %
Rwork0.1744 16583 -
obs-14194 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.76 Å2 / Biso mean: 61.6768 Å2 / Biso min: 38.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→46.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5016 0 30 8 5054
Biso mean--83.58 55.31 -
残基数----644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9146946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006886
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1951882
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2936X-RAY DIFFRACTION4.865TORSIONAL
12B2936X-RAY DIFFRACTION4.865TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.23160.31771400.25672670X-RAY DIFFRACTION100
3.2316-3.55670.30111420.21642699X-RAY DIFFRACTION100
3.5567-4.07110.221420.16692688X-RAY DIFFRACTION100
4.0711-5.12810.21131410.14922689X-RAY DIFFRACTION99.9
5.1281-46.88070.18731450.15612738X-RAY DIFFRACTION99.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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