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- PDB-5hjd: AF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hjd
タイトルAF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K18
要素
  • Protein AF-9
  • peptide of Histone H3.1
キーワードTRANSCRIPTION/PEPTIDE / AF9 YEATS / histone peptide / crotonyllysine / H3K18 / TRANSCRIPTION-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / Chromatin modifying enzymes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex ...modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / Chromatin modifying enzymes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / transcription elongation factor complex / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / : / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromosome / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / molecular adaptor activity / Estrogen-dependent gene expression / histone binding / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
YEATS domain / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. ...YEATS domain / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Protein AF-9 / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.806 Å
データ登録者Li, Y.Y. / Zhao, D. / Guan, H.P. / Li, H.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China91519304 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Molecular Coupling of Histone Crotonylation and Active Transcription by AF9 YEATS Domain.
著者: Li, Y.Y. / Sabari, B.R. / Panchenko, T. / Wen, H. / Zhao, D. / Guan, H.P. / Wan, L. / Huang, H. / Tang, Z. / Zhao, Y. / Roeder, R.G. / Shi, X. / Allis, C.D. / Li, H.T.
履歴
登録2016年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9
C: Protein AF-9
E: Protein AF-9
G: Protein AF-9
K: Protein AF-9
N: Protein AF-9
Q: Protein AF-9
T: Protein AF-9
L: peptide of Histone H3.1
M: peptide of Histone H3.1
B: peptide of Histone H3.1
D: peptide of Histone H3.1
F: peptide of Histone H3.1
H: peptide of Histone H3.1
I: peptide of Histone H3.1
J: peptide of Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,31334
ポリマ－139,71416
非ポリマー1,59918
水73941
1
A: Protein AF-9
C: Protein AF-9
E: Protein AF-9
G: Protein AF-9
L: peptide of Histone H3.1
B: peptide of Histone H3.1
D: peptide of Histone H3.1
F: peptide of Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,81619
ポリマ－69,8578
非ポリマー95911
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: Protein AF-9
N: Protein AF-9
Q: Protein AF-9
T: Protein AF-9
M: peptide of Histone H3.1
H: peptide of Histone H3.1
I: peptide of Histone H3.1
J: peptide of Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,49715
ポリマ－69,8578
非ポリマー6407
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.264, 101.573, 102.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 16554.107 Da / 分子数: 8 / 断片: YEATS domain, UNP residues 1-138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42568
#2: タンパク質・ペプチド
peptide of Histone H3.1


分子量: 910.115 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M copper chloride dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 - 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
211
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 49686 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 52.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Χ2: 1.612 / Net I/av σ(I): 16.207 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 321423
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.853.80.88198.1
2.85-2.93.80.689198.2
2.9-2.963.80.632198.1
2.96-3.023.80.522198.4
3.02-3.083.80.455198.3
3.08-3.153.80.351198.4
3.15-3.233.80.277198.3
3.23-3.323.80.222198.2
3.32-3.423.80.204198.4
3.42-3.533.80.158198.3
3.53-3.653.80.14198.7
3.65-3.83.80.123198.5
3.8-3.973.80.109198.2
3.97-4.183.80.095198.4
4.18-4.443.80.085198.5
4.44-4.793.80.075198.4
4.79-5.273.70.071197.8
5.27-6.033.70.077196.6
6.03-7.593.80.071199.7
7.59-503.80.062199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMP

4tmp


解像度: 2.806→48.29 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 2233 5.04 %
Rwork0.2417 --
obs0.2433 44285 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.806→48.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9660 0 74 41 9775
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84413473
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5993843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041750
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8059-2.86690.35811290.30652427X-RAY DIFFRACTION93
2.8669-2.93360.37011630.30912609X-RAY DIFFRACTION100
2.9336-3.0070.38841320.31512643X-RAY DIFFRACTION100
3.007-3.08820.3921420.3052634X-RAY DIFFRACTION100
3.0882-3.17910.31721440.29452605X-RAY DIFFRACTION100
3.1791-3.28170.30081190.27252668X-RAY DIFFRACTION100
3.2817-3.3990.30591180.27032642X-RAY DIFFRACTION100
3.399-3.5350.29651470.26282617X-RAY DIFFRACTION100
3.535-3.69580.28241370.26142642X-RAY DIFFRACTION100
3.6958-3.89060.25661420.24972652X-RAY DIFFRACTION100
3.8906-4.13420.27221420.23882630X-RAY DIFFRACTION100
4.1342-4.45320.23261370.22352658X-RAY DIFFRACTION100
4.4532-4.9010.22171430.18412625X-RAY DIFFRACTION100
4.901-5.60930.22341360.19542655X-RAY DIFFRACTION100
5.6093-7.06360.27181610.23922657X-RAY DIFFRACTION100
7.0636-48.29760.24881410.22132688X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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