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- PDB-5hiu: Structure of the TSC2 N-terminus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hiu
タイトルStructure of the TSC2 N-terminus
要素GTPase activator-like protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TSC1-TSC2 complex / negative regulation of TOR signaling / regulation of small GTPase mediated signal transduction / GTPase activator activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tuberin-type domain / Tuberin, N-terminal / Tuberin / Domain of unknown function (DUF3384) / Tuberin/Ral GTPase-activating protein subunit alpha / Rap/Ran-GAP domain / Rap/Ran-GAP superfamily / Rap/ran-GAP / Rap GTPase activating proteins domain profile. / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GTPase activator-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zech, R. / Kiontke, S. / Kummel, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationKU 2531/2-1 ドイツ
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure of the Tuberous Sclerosis Complex 2 (TSC2) N Terminus Provides Insight into Complex Assembly and Tuberous Sclerosis Pathogenesis.
著者: Zech, R. / Kiontke, S. / Mueller, U. / Oeckinghaus, A. / Kummel, D.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the TSC2 N-terminal domain provides insight into TSC complex assembly and tuberous sclerosis pathogenesis
著者: Zech, R. / Kiontke, S. / Mueller, U. / Oeckinghaus, A. / Kummel, D.
履歴
登録2016年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月17日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase activator-like protein
B: GTPase activator-like protein
C: GTPase activator-like protein
D: GTPase activator-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,1894
ポリマ－206,1894
非ポリマー00
水1629
1
A: GTPase activator-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5471
ポリマ－51,5471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTPase activator-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5471
ポリマ－51,5471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: GTPase activator-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5471
ポリマ－51,5471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: GTPase activator-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5471
ポリマ－51,5471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.730, 78.100, 153.750
Angle α, β, γ (deg.)89.90, 89.85, 78.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 88 - 527 / Label seq-ID: 21 - 460

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12CC
22DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999994, 0.000949, 0.003322), (-0.000939, -0.999995, 0.003068), (0.003324, 0.003065, 0.99999)28.52246, 234.65594, 76.41638
3given(1), (1), (1)
4given(-0.999995, 0.001858, 0.002542), (-0.001853, -0.999997, 0.001865), (0.002546, 0.00186, 0.999995)43.33321, 311.39493, 76.52258

-
要素

#1: タンパク質
GTPase activator-like protein / TSC2


分子量: 51547.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0061860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SFF5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM Tris (pH 7.0), 14 % PEG 6000, 15 % Glycerol, 200 mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→41.9 Å / Num. obs: 83768 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rrim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.5 % / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化解像度: 2.5→41.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 36.566 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.627 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26323 3326 5.1 %RANDOM
Rwork0.22369 ---
obs0.22577 62038 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.99 Å23.32 Å20.53 Å2
2--3.82 Å2-0.31 Å2
3----5.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12803 0 0 9 12812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01913060
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2261.96317711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.769329576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62951595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.51423.972569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.364152303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4761581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.22083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022948
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3055.0536446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3045.0526445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0027.5718019
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0027.5718020
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.435.4026614
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.435.4036615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4367.9629693
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.73440.86215657
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.73440.86415658
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A64271.89
22C63551.82
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 241 -
Rwork0.347 4608 -
obs--97.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6816-1.37431.95772.3376-3.01678.3844-0.06090.06140.1104-0.13030.10450.16690.3486-0.4051-0.04360.0588-0.0458-0.00970.0440.01970.099414.0989106.365116.7125
21.6764-1.4228-2.00942.32733.05338.529-0.0240.0594-0.0905-0.15250.1051-0.1566-0.38770.4005-0.08110.1009-0.0477-0.03440.0434-0.02010.124914.623128.44839.703
32.0448-1.27881.53141.6121-1.94696.62970.30660.091-0.1854-0.05350.1294-0.09210.21580.0501-0.4360.2879-0.0026-0.09640.0826-0.08450.256911.914156.2743103.7538
42.0437-1.2793-1.58561.59731.91956.58410.32790.08720.1766-0.0570.12620.0808-0.2377-0.0716-0.45410.31550.01250.01450.08530.0780.257631.8859155.044926.7447
519.4561-22.82539.083627.0271-10.54124.3274-0.34320.07570.923-0.0305-0.0972-1.1202-0.37220.14710.44040.765-0.0259-0.00290.40720.05940.45-24.3855141.9665101.1729
618.9824-23.3535-3.071430.69954.61970.8571-0.6692-0.5094-0.59530.33090.21981.5584-0.0838-0.10190.44940.6215-0.0148-0.09980.426-0.06010.457253.256992.899723.8955
72.3583-7.68993.330925.5559-12.06229.6406-0.0431-0.1711-0.0020.08140.70040.3191-0.2967-0.3843-0.65730.0902-0.0394-0.06680.3243-0.00430.271141.8898113.4388121.0973
83.911-8.2874-4.733626.6977.86996.3439-0.3101-0.34340.37140.00571.1173-0.07280.48420.3898-0.80720.09880.01680.01470.3388-0.0490.45521.9284198.041744.1933
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A88 - 463
2X-RAY DIFFRACTION1A489 - 527
3X-RAY DIFFRACTION2B88 - 463
4X-RAY DIFFRACTION2B489 - 527
5X-RAY DIFFRACTION3C88 - 466
6X-RAY DIFFRACTION3C484 - 527
7X-RAY DIFFRACTION4D88 - 466
8X-RAY DIFFRACTION4D484 - 527
9X-RAY DIFFRACTION5A477 - 482
10X-RAY DIFFRACTION6B476 - 482
11X-RAY DIFFRACTION7C475 - 483
12X-RAY DIFFRACTION8D475 - 483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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