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万見
- PDB-5hit: Crystal Structure Analysis of Ca2+-calmodulin and a C-terminal EA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hit
タイトルCrystal Structure Analysis of Ca2+-calmodulin and a C-terminal EAG1 channel fragment
要素
  • Calmodulin
  • Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / calmodulin / potassium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Voltage gated Potassium channels / CH domain binding / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / nuclear inner membrane / phosphatidylinositol bisphosphate binding / parallel fiber to Purkinje cell synapse / myosin binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis ...Voltage gated Potassium channels / CH domain binding / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / nuclear inner membrane / phosphatidylinositol bisphosphate binding / parallel fiber to Purkinje cell synapse / myosin binding / regulation of synaptic vesicle exocytosis / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / cellular response to calcium ion / postsynaptic density membrane / disordered domain specific binding / myelin sheath / regulation of cell population proliferation / presynaptic membrane / early endosome membrane / perikaryon / calmodulin binding / axon / dendrite / calcium ion binding / centrosome / protein-containing complex / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage-dependent, EAG / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...Potassium channel, voltage-dependent, EAG / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / : / PAS repeat profile. / PAS domain / RmlC-like jelly roll fold / PAS domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin / Voltage-gated delayed rectifier potassium channel KCNH1 / Voltage-gated delayed rectifier potassium channel KCNH1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Marques-Carvalho, M.J. / Morais-Cabral, J.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Molecular Insights into the Mechanism of Calmodulin Inhibition of the EAG1 Potassium Channel.
著者: Marques-Carvalho, M.J. / Oppermann, J. / Munoz, E. / Fernandes, A.S. / Gabant, G. / Cadene, M. / Heinemann, S.H. / Schonherr, R. / Morais-Cabral, J.H.
履歴
登録2016年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32016年10月19日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
B: Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7024
ポリマ－18,6222
非ポリマー802
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.624, 121.137, 73.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 16592.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CALM, CAM, RCJMB04_24e7 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62149
#2: タンパク質・ペプチド Potassium voltage-gated channel subfamily H member 1


分子量: 2029.433 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 727-743 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnh1 / プラスミド: pRSF Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3USQ9, UniProt: Q60603*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: di-ammonium citrate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日 / 詳細: microfocus beam
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→46.83 Å / Num. obs: 5817 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 62.09 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 23869
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.85-34.20.6132.735408360.7950.33499.4
9.01-46.833.50.01944.67412090.9990.01298.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CFD, 3OXQ

1cfd

3oxq


解像度: 2.85→46.83 Å / FOM work R set: 0.7844 / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 28.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 1017 9.49 %
Rwork0.2047 9694 -
obs0.2107 5814 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.85 Å2 / Biso mean: 52.91 Å2 / Biso min: 13.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→46.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1245 0 2 10 1257
Biso mean--39.74 42.65 -
残基数----161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041276
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4431749
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.12471
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.85-3.00030.38831240.31131419154399
3.0003-3.18820.29471490.27891375152499
3.1882-3.43430.33141560.25011367152399
3.4343-3.77980.27231650.19911373153899
3.7798-4.32640.24431460.16181393153999
4.3264-5.44950.25411300.18341396152698
5.4495-46.83970.2381470.19381371151898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0123-0.0007-0.00070.006-0.0005-0.0007-0.0025-0.0304-0.0385-0.0014-0.0274-0.01990.01490.02250-0.14910.38220.05430.1135-0.050.125363.179627.2328-25.0988
2-0.0083-0.01340.0132-0.0085-0.0055-0.00530.0286-0.0320.01430.0272-0.0170.0158-0.02880.037200.14640.2857-0.15610.09430.03450.214967.588723.4322-9
30.00470.0003-0.00060.0067-0.0040.00290.009-0.0176-0.0511-0.01810.0613-0.03110.0380.0291-00.27420.047-0.0040.136-0.01650.231678.622210.46665.075
40.00210.00010-0.0002-0.00020.00330.0041-0.00630.0030.00710.00020.01020.0044-0.0071-00.34250.0536-0.01420.4777-0.08550.344364.295321.13967.7757
50.00060.00070.00080.0003-0.0006-0.0005-0.01280.00250.00130.0033-0.00690.0014-0.01080.0013-00.3485-0.1433-0.0360.34930.01160.407965.539212.13392.9435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 64 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 92 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 147 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 727 through 735 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 736 through 743 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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